Barry Allen a tout juste 11 ans lorsque sa mère meurt dans de mystérieuses circonstances. Son père, reconnu comme étant responsable de cette tragédie, est envoyé derrière les barreaux. Le gamin est alors élevé par le détective Joe West, le père de sa meilleure amie, Iris. Désormais adulte, le jeune homme n'abandonne pas l'espoir de découvrir la vérité sur la mort étrange de celle qui lui a donné la vie. Pour l'heure, devenu un brillant expert de la police scientifique de Central City, il aide à reccueillir les preuves qui permettront de coincer les criminels. En véritable geek, sa dernière obsession est un accélérateur de particules activé par l'équipe de S.T.A.R. Labs. Dirigée par un physicien visionnaire du nom d'Harrison Wells, la société entend faire une avancée historique qui aura d'incroyables répercussion sur la science et la médecine. Malheureusement, une anomalie provoque une explosion qui déclenche une terrible tempête. De nombreuses vies sont perdues cette nuit-là, et Barry perd connaissance après avoir été frappé par la foudre alors qu'il se trouvait dans son laboratoire. Après 9 mois de coma, il se réveille sans se douter que son existence va prendre un nouveau virage. L'accident semble l'avoir doté d'étonnants pouvoirs.

Barry et Iris se rendent à une cérémonie en l’honneur de Simon Stagg. Soudain, six hommes armés viennent perturber l’événement. Barry se change alors en Flash et tente de les arrêter. Il sauve ainsi la vie d’un homme et décide de partir à la poursuite de ces fauteurs de troubles. Cependant, il s’évanouit avant de pouvoir les rattraper, ce qui est très frustrant pour lui. Le docteur Wells, Caitlin et Cisco essaient de comprendre pourquoi Barry s’évanouit. Dans le même temps, Joe en veut à Barry. Il refuse que celui-ci fasse la loi lui-même, ni qu’il risque sa vie. Barry se rend compte qu’il ne s’agissait pas de six hommes armés, mais d’un scientifique, Danton Black, capable de se cloner.

Barry et l'équipe de Star Labs affrontent un dangereux criminel qui peut se transformer en gaz mortel depuis l'explosion de l'accélérateur de particules.

Flash parvient à arrêter un casse mais les coupables s'échappent, laissant derrière eux un garde blessé. Flash décide de sauver la victime au lieu de se lancer à la poursuite des criminels. Joe montre à Barry les photos d'éventuels suspects et Barry identifie Leonard Snart comme le meneur du groupe.

Suite à l’explosion d’une bombe en ville, l’armée, dirigée par le général Eiling, reprend l’affaire. Joe suggère à Barry et ses amis de S.T.A.R. Labs de s'intéresser de plus près à l’implication de l’armée dans cette affaire. Le docteur Wells explique à l’équipe qu’Eiling tentait de faire de ses hommes des "super-soldats". Cisco confirme que l’un des soldats d’Eiling, Bette Sans Souci, se trouvait sur le lieu de l’explosion. Flash la retrouve et découvre qu’elle ne pose pas les bombes. Elle est, en fait, méta-humaine et peut faire exploser ce qu’elle touche.

Flash combat un nouveau méta-humain, Tony, qui peut transformer son corps en acier. Barry découvre que Tony est le garçon qui le tyrannisait à l’école où Iris et lui-même étaient scolarisés. Tony rend visite à Iris au sujet de l’article qu’elle a écrit sur Flash et l'enlève. Entre-temps, l’équipe du docteur Wells cherche une façon de combattre Tony. Flash doit courir plus vite qu’il ne l’a jamais fait. Il parvient ainsi à combattre Tony, sauver Iris et emprisonner Tony chez S.T.A.R. Labs. Joe demande au docteur Wells de l’aider à enquêter sur le meurtre de Nora, mais le scientifique se rend rapidement compte que Joe le considère comme un suspect.

Flash combat Farooq, alias Blackout, un méta-humain capable de maîtriser l’électricité. Au cours de la lutte, Farooq absorbe toute l’électricité de Flash, le privant ainsi de ses pouvoirs. Le docteur Wells, Caitlin et Cisco tentent de trouver une méthode pour rendre ses pouvoirs à Barry, mais leurs réflexions sont interrompues lorsque Farooq fait irruption chez S.T.A.R. Labs. Il est à la recherche du docteur Wells, qu’il tient responsable de son accident.

Oliver Queen et les siens arrivent à Central City pour glaner des informations sur un mystérieux boomerang. Cependant, l'archer et son équipe vont profiter de leur séjour pour aider Barry à arrêter un nouveau méta-humain, Rainbow Raider. Celui-ci est capable de faire ressortir la colère des personnes en les regardant. Flash se fait contaminer par Rainbow Raider. Il devient alors colérique et arrogant. Il s’en prend à tous ceux qui l’entourent, notamment Eddie. Un combat entre Flash et Arrow a alors lieu.

Iris prépare son emménagement avec Eddie. Barry s’entraîne à améliorer sa vitesse en vue d’un affrontement avec "L’homme en jaune". Snart, alias Captain Glaçons, et Mick cherchent à affronter Flash.

Hartley, un ancien collaborateur du docteur Welles, refait surface. Il lui en veut et menace de révéler l’un de ses secrets : le docteur était au courant du danger d’explosion potentiel de l’accélérateur qui avait fait voler en éclats le Star Labs. Hartley finit par être arrêté par l’équipe et enfermé dans une cellule. Il révèle à Cisco qu’il sait où se trouve Ronnie. Iris est engagée au sein d’un journal et peine à s’imposer face à ses collègues. Son directeur lui demande d’enquêter sur Flash.

Cisco continue à chercher Ronnie et libère Hartley pour qu’il l’aide dans sa quête. Mais ce dernier parvient, finalement, à s’échapper du laboratoire. Shawna réussit à faire sortir de prison son petit ami, Clay, grâce à son don de téléportation. Clay refuse de quitter la ville avec Shawna avant d’avoir remboursé l’argent qu’il doit à Marcus Stockheimer.

Barry débute une relation avec Linda, ce qu’Iris ne voit pas d’un très bon œil. West et Cisco décident de réexaminer la maison où la mère de Barry a été tuée et ils y découvrent de nouveaux indices. Le professeur Stein, coincé dans le corps de Ronnie, demande de l’aide à l’équipe du Star Lab afin de les séparer l’un de l’autre. De plus, la fusion des deux hommes risque d’entraîner une explosion nucléaire.

Ronnie et le professeur Stein sont parvenus à défaire la fusion. Cependant, des restes de la fusion semblent subsister et leur connexion s’accroît avec le temps. Le général Eiling enlève Stein afin que ce dernier l’aide à fabriquer des soldats aux pouvoirs redoutables. Iris se doute que "La torche humaine" est Ronnie.

Iris semble avoir des sentiments pour Barry, ce que lui reprochent Linda et Eddie. Mark Mardon revient pour venger son frère, mort à cause de Joe West. Cisco doute de l’innocence du docteur Wells dans l'affaire de la disparition de Stagg, mais aussi dans celle de la mort de la mère de Barry.

Barry se rend compte qu’il est remonté dans le temps. Le docteur Wells lui déconseille de tenter de modifier l’avenir, sans quoi il y aurait de graves conséquences. Néanmoins, Barry l’ignore et décide de capturer Mardon afin d’éviter les catastrophes qu’il a déjà vécues. Cisco tombe dans un piège tendu par Snart et sa sœur, Lisa. Pour sauver son frère, Cisco leur construit des armes et révèle la véritable identité de Flash. Barry menace Snart et celui-ci promet de ne pas révéler son identité pour l’instant. Le négatif de Flash s’empare des documents que Mason possède sur le docteur Wells. Barry commence à douter de ce dernier.

Barry et Joe s’interrogent sur la réelle personnalité du docteur Wells. Barry a du mal à cacher son animosité envers le médecin. En parallèle, Le trickster fait son grand retour à Central City et menace de faire exploser la ville. Il semble, cependant, qu’il s’agisse de l’œuvre d’un usurpateur s’inspirant du malfaiteur ayant commis des crimes, quelques années auparavant. Iris s’inquiète de ne pas avoir de nouvelles de Mason. Barry, Joe et Eddie décident de l’empêcher d’enquêter sur l’affaire, dans le but de la protéger.

Felicity est de retour à Central City avec son petit ami, Ray. Celui-ci s’est construit un costume d’Atom et souhaite que l’équipe de Star Labs l’aide à l’améliorer. Des abeilles tueuses sévissent en ville. Flash et Atom allient leurs forces pour les arrêter. Iris reproche à Eddie de lui cacher des choses. Barry décide de révéler à Cisco et Caitlin ce qu’il a découvert sur le docteur Wells.

Joe et Cisco se rendent à Starling City pour enquêter sur l’accident que le Dr. Wells avait eu quelques années auparavant. Ils y découvrent une forte concentration de tachyons ainsi que le véritable squelette d’Harrison Wells. Pendant ce temps, à Central City, un métamorphe commet des délits sous l’apparence des personnes qu’il touche. Eddie avoue à Iris qu’il a été distant parce qu’il a fait équipe avec Flash.

Dans le Cortex, Barry, Cisco et Caitlin en apprennent plus sur le Négatif de Flash : il revient du futur pour tuer Barry. L’équipe met en place un système pour pénétrer dans les rêves. Celui-ci permettrait d’obtenir les aveux du docteur Wells quant à son implication dans le meurtre de Nora Allen. Eddie demande à Joe la main de sa fille, mais ce dernier refuse de lui accorder sa bénédiction. Iris semble deviner que Barry est Flash.

Le docteur Wells retient Eddie dans sa cachette. Iris a compris que Barry est, en réalité, Flash et lui en veut ainsi qu’à Joe de lui avoir caché la vérité. Cisco, Caitlin et Barry recherchent activement Grodd, un gorille télépathe.

L’équipe retrouve, finalement, Eddie et découvre que Wells a redémarré l’accélérateur de particules. Barry décide donc de transférer les prisonniers du Star Lab en dehors de la ville et demande de l’aide à Captain Cold. Cependant, ce dernier ne respecte pas sa part du marché et libère les criminels. Wells affronte Barry, lui-même aidé d’Oliver Queen et de Ronnie. Eddie rompt avec Iris.

Barry se retrouve face à un dilemme : s’il remonte le temps pour sauver sa mère, il perdra toutes les personnes qu’il connaît et changera totalement de vie. Il décide, finalement, de retourner dans le passé, mais finit par ne rien changer au cours de l’histoire. Eddie se donne la mort afin que son descendant n’ait jamais existé.