バリー・アレン（グラント・ガスティン）がまだ11歳の時、不可解で恐ろしい事件で母が殺される。しかも殺人の容疑を掛けられ無実の罪で逮捕されたのはバリーの父（ジョン・ウェズリー・シップ）だった。バリーの人生は、この悲惨な事件を境に一変し、彼は、親友であるアイリス（キャンディス・パットン）の父、ジョー・ウェスト刑事（ジェシー・Ｌ・マーティン）に引き取られる。時は経ち、聡明で快活な青年に成長したバリーは、現在、科学捜査官として熱心に働いている。母の不可解な死にまつわる謎を解き明かそうとするバリーは、未だ解明されない都市伝説から先進的な科学技術に至るまで、深く調査を進めていく。 バリーが最近興味を持っているのは最先端の粒子加速器。これは、先見性のある物理学者ハリソン・ウェルズ博士（トム・キャバナー）と、彼のＳＴＡＲラボで研究員を務めるケイトリン・スノー（ダニエル・パナベイカー）、シスコ・ラモン（カルロス・バルデス）が開発したものだ。ウェルズ博士は、粒子加速器が、エネルギーと医学の分野で想像を絶する発展をもたらすと確信している。だが、その披露会で加速器に不具合が生じ大爆発したため、異常な嵐が起こり多大な死者が出てしまう。その時、バリーも雷に打たれていた。９カ月後、昏睡状態から目覚めたバリーは、自分の人生が再び激変したことを知る――雷に打たれたことにより、閃光のような速さで動く能力を身につけていたのだった。新たな能力を手に入れ大喜びのバリーは、ウェルズ博士とＳＴＡＲラボ研究員たちの協力を得て、力を制御する方法を学んでいく。新しい能力のことは大親友のアイリスにも秘密にしていたが、彼女がウェストの新たなパートナー、エディ・ソーン（リック・コスネット）と付き合い始めると、それは次第に難しくなっていった。だがある日、ついに、バリーが自分の力、そして自分自身を試す時がやって来る。バリーと同じメタヒューマン（チャッド・ルーク）が街を襲ったのだ。

アイリスに付き添い、ある授賞式に参加していたバリーは、銃を持った男６人が会場に乱入した時、フラッシュに変身して彼らを止めようとする。彼は一人の男性の命を救うものの、男たちを捕まえる前に気絶してしまう。ウェルズ博士は気絶の原因を探り、ウェスト刑事は、命の危険を冒してまで悪を裁こうとしたバリーを叱責する。そんな中、バリーは、６人の男が、メタヒューマン、ダントン・ブラックの分身だったことに気づく。一方アイリスは“赤い閃光”にますます興味を抱いていく。

バリーは、ＳＴＡＲラボの研究員たちと協力し、毒ガスを操る新たなメタヒューマン、ザ・ミストことカイル・ニンバスを捕まえようとしていたが、加速器の爆発でケイトリンの婚約者ロニーが死んだ夜のことを何度も思い返していた。一方ウェストは、長い年月を経てやっとヘンリーに面会しに刑務所へ行くが、そこに、数年前ウェストに逮捕され恨みを持ち続けているカイルが現れる。そんな中、アイリスとエディは、自分たちの関係をウェストに隠し続けていた。

フラッシュはある強盗を阻止するが、撃たれた警備員を救おうとしたため、犯人たちに逃げられてしまう。その後バリーは、容疑者リストの中に、主犯格レナード・スナートの名を発見する。スナートはカーンダック王朝のダイヤを盗む計画を練り直し、フラッシュを倒すため“コールドガン”を入手していた。一方ウェルズは、シスコが内緒でコールドガンを造ったことに激怒するが、ガンそのものは行方不明だった。フラッシュは、ついにキャプテン・コールドことスナートと壮大な対決をする。

街の中心部で爆弾事件が発生するが、警察の捜査がなぜか軍に引き継がれ、ウェストは驚きと不信感を募らせる。やがて、エイリング大将が、軍人たちを超人兵士にするために実験をしていたこと、現場にいた彼の部下ベティは、触れた物が爆発物になるメタヒューマンだったことが明らかになる。一方アイリスが“閃光”について書いていることを知ったウェストは、彼女をやめさせてくれとバリーに頼む。アイリスが自分の言うことなど聞かないと思ったバリーは、彼女をフラッシュと会わせることにする。

体を自由自在に鉄に変化させられるトニーという新たなメタヒューマンが、フラッシュの前に現れる。ウェルズ博士とケイトリンがバリーの身の安全を心配する中、シスコはトニー（ＤＣコミック、悪党のガーダー）を倒す計画を思いつく。一方アイリスがフラッシュについて書いたブログが問題を引き起こす。エディはトニーの能力を自分の目で直接見てしまい、ウェストが答えを知りたくないような質問をし始める。そして、ウェストは、ノラ・アレンの殺人事件を解決するため、ウェルズ博士に協力を要請する。

フラッシュが、電気を操るメタヒューマン、ブラックアウトことファルークと対決する。ファルークは、フラッシュに電気ショックを与え、電流を吸い取り、高速移動の能力を奪う。ウェルズ博士たちはフラッシュの能力を取り戻そうとするが、彼に阻止される。ファルークは自分がメタヒューマンになったのはウェルズ博士のせいだと思っているのだ。一方トックマンは、ウェスト刑事とアイリスを含む数名の人質をとって警察署内に立てこもる。アイリスはフラッシュが助けに来ると信じ、エディは彼が持つ切り札を信じていた。

「フラッシュ」と「アロー」の壮大なクロスオーバー・イベント、パート１。オリバーとフェリシティとディグルが、ある事件の調査でセントラル・シティへやって来る。バリーはオリバーとの再会を喜び “怒り”を操り銀行強盗を行うメタヒューマン、ロイ・Ｇ・ビボロの追跡に協力してほしいと頼む。だが、二人のスーパーヒーローの連携は思うようにいかず、ビボロはバリーを怒りで荒れ狂わせ、人類を危機に陥れる。そんなバリーを止められるのは、もはやアローしかいなかった。

クリスマスムード一色のセントラル・シティに、リバース・フラッシュと呼ばれる男が現れ、バリーは、彼こそが母を殺した“黄色いスーツの男”なのだと知る。バリーとウェルズ博士たちは、リバース・フラッシュを捕まえるためにマーキュリー・ラボのクリスティナ・マギー博士に協力を要請する。一方クリスマスを祝うウェスト家では、アイリスがエディからびっくりするようなプレゼントをもらい、人生を変えるような質問を受けていた。そんな中、ケイトリンは死んだはずの恋人ロニーの姿を発見する。

スナートが、気の短い相棒ミックと共にセントラル・シティに再び現れる。高価な絵画を盗もうと計画している二人は、フラッシュを罠に陥れるために、まず彼の身近な人物を誘拐し、火と氷の戦いに応じなければ人質を殺すと脅す。だが、対決に向かおうとするバリーに待ったが掛かる。ウェルズ博士たちは、バリーがトレーニングを強化してリバース・フラッシュとの対決に集中すべきだと言うのだ。そんな中、シスコは、セントラル・シティ警察署を新たなシェルターにする。

以前ＳＴＡＲラボの研究員だったハートリー・ラサウェイが、復讐のためウェルズ博士の前に現れる。ラサウェイは、粒子加速器の爆発により被害を被ったが、音波を操るメタヒューマンとなった現在、ウェルズとフラッシュにとって大きな脅威だ。一方、アイリスはピクチャー・ニュースという新聞社に記者として採用され喜んでいたが、ベテラン記者メイソンと組まされたため、出番が少なくがっかりする。そんな中、シスコはＳＴＡＲラボへ初出勤した日のことを思い出していた。

ケイトリンは、自分とバリーがロニーとアイリスのことを割り切り、新たな恋に生きるべきだと考え、バリーを誘って地元のカラオケバーへ行く。バリーはそこでスポーツ記者リンダと出会いデートに誘うが、アイリスは、バリーからその話を聞いた時の自分の気持ちに戸惑う。一方、シスコはハートリーからの危険な申し出のことを考える。そんな中、ＳＴＡＲラボの研究員たちはテレポート能力を持つメタヒューマン、ショーナの追跡に翻弄される。ショーナは恋人クレイを刑務所から脱獄させていた。

ケイトリンの婚約者ロニーが物理学者を襲う。バリーとＳＴＡＲラボの研究員たちは、危険なメタヒューマンとなったロニーをこれ以上自由にしておけないことを悟り、彼を追跡するため、かつて“ファイヤーストーム”というプロジェクトに携わったシュタイン教授を捜す。一方バリーは、フラッシュとしての責務とリンダとの関係を両立させようと奮闘する。ウェストはノラの殺害事件を再捜査するためシスコに協力を求める。そんな中、エイリング大将がセントラル・シティに再び現れる。

核爆発により融合が解かれ、分離に成功したロニーとシュタイン教授。ケイトリンは婚約者の無事を喜び、再び一緒に人生を歩もうとする。シュタイン教授もまた妻のもとへ帰っていく。だが、エイリング大将はファイヤーストームの技術を手に入れようと狙い、ロニーとシュタイン教授は融合か分離かの選択を迫られる。一方、メイソンはアイリスにＳＴＡＲラボで極秘に進行するプロジェクトの存在を明かす。そんな中、シュタイン教授はバリーにタイムトラベルに関する貴重な情報を教える。

天気を操るメタヒューマン、マーク・マードンが、弟のクライドを殺した刑事に復讐するためセントラル・シティに現れ、刑事の名はジョー・ウェストだということを突き止める。ウェストは、バリーの制止を振り切って、復讐に燃えるマークを自分一人で捕まえようとするが、重大な危機に陥ってしまう。一方シスコは、ウェルズ博士が何かを隠していることに気づき、彼に不信感を抱く。そんな中、バリーとリンダ、エディとアイリスが気まずいダブルデートをする。

“トリックスター”と呼ばれる模倣殺人犯がセントラル・シティで次々と爆弾事件を起こす。バリーとウェストは、この悪党を止めるために、数々の犯罪の首謀者であり20年間服役中の元祖トリックスターことジェームズ・ジェシーに会いにいく。だが、新旧トリックスターが団結しヘンリーを人質に取ると事態は急激に悪化する。一方アイリスは、ある問題についてエディに助けを求めるが、その時、ウェルズ博士がどのように粒子加速器のアイデアを思いついたかがフラッシュバックする。

フェリシティが、スターリング・シティから恋人のレイと共にやって来てバリーを驚かす。レイはアトム・スーツで飛んできたのだ。二人はレイのスーツの件でＳＴＡＲラボに助けを求めていたが、偶然にもＳＴＡＲラボからは人が総動員していた。メタヒューマンのブリー・ラーバンが何百ものハチロボットを放ち、元同僚たちを攻撃し殺そうとしていたからだ。そして、バリー、フェリシティ、レイ、アイリス、エディの５人で出掛けた食事は、大変なことになる。

ウェストとシスコは、ウェルズ博士の調査を続けるため、スターリング・シティへ出向く。そこで二人はランス警部に助けを求め、シスコはブラックキャナリーに出会い、頼み事をされる。一方セントラル・シティでは、ハンニバル・ベイツが大騒動を起こしていた。彼は、触った人なら誰にでも変身できるメタヒューマン。その人に触りさえすれば、エディやアイリス、ケイトリン、そしてフラッシュにも変身できるのだ。ベイツを捕まえるためバリーは必死に追跡する。

バリーとケイトリン、シスコ、ウェストは、ウェルズ博士に罠を仕掛ける。だが、おとりとなったシスコは、ひどく危険な状態に追い込まれてしまう。一方エディは、アイリスについてある決断を下すが、少し不安になっていた。

リバース・フラッシュがチームの一員に新たな脅威をもたらし、バリーはその対応に追われる。その間に、ウェルズ博士は、バリーとチームの注意を逸らし混乱させるため、ゴリラのグロッドを街に放つ。ウェストとバリー、シスコは、グロッドを捕獲するため下水道に向かうが、グロッドはウェストを誘拐したため、たちまち優勢になる。そんな中、アイリスとバリーは心ゆくまで本音で話し合う。

ウェルズ博士が、再びＳＴＡＲラボより優位に立つ。大きな方向転換が必要だと感じたバリーは、敵だったはずのキャプテン・コールドに助けを求めるが、ジョーとケイトリンに、彼は信用できない人物だと忠告される。懸念どおり、キャプテン・コールドには、ＳＴＡＲラボ内の刑務所に閉じ込められているメタヒューマンを巻き込んだ恐ろしい計画があった。事態がますます悪化する中、フラッシュのもとへ頼もしい援軍がやって来る。アローとファイヤーストームだ。

ウェルズ博士が、バリーに、拒めないような申し出を提示する。だがそれを受け入れれば、バリーの人生は激変し、あるものを手に入れ何かを確実に失うことになる。バリーが、究極の選択にもだえ苦しむ中、ＳＴＡＲラボチームは、悪との最終決戦に挑もうとする。そして、彼らを援護するために、マーティン・シュタイン博士とファイヤーストームことロニー・レイモンドが戻ってくる。ファースト・シーズンの壮大なるフィナーレ。バリーが時空と運命の渦に翻弄される。