어릴 적 알 수 없는 사건으로 엄마를 잃고 아빠마저 엄마를 죽인 살인누명으로 잡혀가 단짝 친구 아이리스의 아빠인 조 형사의 손에 자란 배리는 똑똑하고 바른 청년으로 자라 경찰서 감식반 보조로 일하고 있다. 그리고 아빠의 누명을 벗기기 위해 평생 불가사의한 사건을 쫓아다녀 조 형사의 속을 태우는데 스타 연구소에서 입자 가속기를 가동한 어느 날 번개에 맞아 혼수상태에 빠지고 9개월 후 깨어나 보니 신비한 능력이 생겼다는 걸 알게 되는데..

시스코의 도움으로 남몰래 사람들을 구해주고 다니던 배리는 어느 날 총포상을 습격한 범인 6명이 남긴 흔적이 신발 사이즈와 모양이 모두 똑같은 이상한 살인사건 현장을 조사하게 된다. 그리고 아이리스와 참석한 올해의 인물 시상식 행사 현장에 수상자인 스태그가 떠난 직후 무장 괴한이 난입한다. 그들을 쫓아가려던 배리는 갑자기 정신을 잃고 쓰러지고 스타 연구소에서 그 원인을 밝혀내려 애쓴다. 한편 배리가 몰래 사람들을 구하러 다닌다는 사실을 알게 된 조 형사는 불같이 화를 내며 말리려 들지만 배리는 말을 듣지 않고 오히려 조 형사에게 대든다. 그러는 사이 스태그의 보안 책임자가 살해당하는 사건이 발생하고 거기서 나온 증거물을 분석하던 배리는 범인이 자기복제 능력이 있는 메타휴먼이라는 사실을 알게 되는데...

시내 음식점에서 범죄 조직이 모두 독가스에 질식해 죽은 채 발견되고 죽은 피해자의 폐에서는 다른 사람의 DNA가 발견된다. 배리 일행이 메타휴먼의 존재를 의심하는 사이 쇼핑몰에서 판사가 독가스 공격으로 질식해 숨지는 사건이 발생하고 배리는 범인을 뒤쫓지만 오히려 공격당해 독가스에 질식할 위험에 처한다. 다행히 케이틀린의 도움으로 목숨을 건진 배리는 범인의 다음 목표가 조 형사라는 사실을 알고 그를 구하려 달려가는데…

배리는 쉬는 날 스타 연구소 동료들과 즐겁게 지내던 중 전시용 다이아몬드를 수송 중인 차량의 신고에 출동해 강도들을 막지만 그 과정에서 경비원이 총에 맞는다. 배리는 강도를 쫓는 대신 경비원을 병원에 데려가고 범행의 주동자인 스나트는 그걸 배리의 약점이라고 생각한다. 한편 스탈링 시티에서 펠리시티가 배리를 찾아오고 아이리스는 그녀가 배리에게 어울리는 짝이라고 생각해 둘을 연결해주려고 노력한다. 그러던 중 시스코가 몰래 만든 총이 도난당해 스나트의 손에 들어가는데 그 총은 사물을 얼리고 배리의 속도를 늦추는 콜드 건이다. 웰스 박사는 그 일로 시스코를 질책하고 그 총에 맞아 경비원을 구하지 못한 배리는 그 총을 만든 게 시스코라는 사실을 알고 엄청난 배신감을 느끼는데...

배리는 스타 연구소 직원들, 아이리스 커플과 어울려 술을 마시며 즐기던 중 한 건물에서 폭발 신고가 들어오자 황급히 현장에 출동해 고층건물에서 일하던 사람을 구한다. 그러던 중 ‘빛줄기’에 대한 취재를 위해 현장에 있던 아이리스와 마주치지만 정체를 숨기고 현장을 벗어난다. 경찰 수사 결과 용의자가 서류를 뒤진 걸로 밝혀졌지만 갑작스레 들이닥친 군인들이 사건을 빼앗아가자 이를 수상하게 여긴 조는 배리에게 사건을 조사하게 한다. 알고 보니 용의자는 또 다른 메타휴먼이었고 아일링 장군이 그녀를 인간 병기로 쓰기 위해 실험하던 중 그녀가 도주했던 것. 배리와 스타 연구소 직원들은 그녀를 돕기 위해 백방으로 노력하지만 그 와중에 웰스 박사는 그녀에게 접근해 은밀히 뭔가 지시하는데...

차량 도주범을 쫓던 배리는 범인의 얼굴을 때리지만 오히려 자신의 손이 부러지고 범인에게 두들겨 맞는다. 알고 보니 범인은 온몸을 강철로 바꾸는 메타휴먼이었던 것. 알고 보니 그는 어린 시절 배리를 괴롭히던 토니였다. 그는 블로그를 보고 카페로 아이리스를 찾아와 ‘빛줄기’에 대해 꼬치꼬치 묻는다. 아이리스가 자신이 지명수배자란 걸 알고 신고하려 하자 토니는 팔을 강철로 변화시켜 아이리스의 전화기를 박살 낸다. 배리는 그를 막고자 하지만 어렸을 때와 마찬가지로 지금도 할 수 있는 게 없다는 사실에 좌절한다. 하지만 에디에게 가르침을 얻어 자신감을 회복한 배리는 아이리스가 토니에게 납치되자 스타 연구소 직원들의 조언대로 토니와 대결하기 위해 초음속으로 달려가는데...

플래시가 되어 몰래 사람들을 돕는 생활에 익숙해진 배리는 변전소에서 수상한 일이 생기자 여느 때와 마찬가지로 출동하지만 거기서 만난 메타휴먼에 의해 스피드를 빼앗긴다. 설상가상으로 경찰서에 있던 조와 아이리스가 호송될 예정이던 죄수 토크맨이 벌인 인질극의 인질이 되고 이들을 구출하려던 에디도 총상을 입고 쓰러진다. 아무것도 할 수 없는 배리가 좌절해있는 사이 그의 능력을 빼앗은 메타휴먼이 연구소로 쳐들어와 배리와 연구소 동료들의 생명을 위협한다. 마지막 방법은 배리에게 번개에 맞먹는 엄청난 양의 전류를 흘리는 것. 하지만 실패하면 배리는 목숨을 잃게 되는데...

은행에서 사람들이 갑자기 서로 죽일 듯 달려들고 그 사이 현금 50만 달러가 사라지는 사건이 발생한다. 범인은 눈을 통해 사람의 잠재된 분노를 일깨우는 메타휴먼이었던 것. 한편 스탈링 시티의 살인 사건 용의자를 찾아 애로우 일행이 센트럴 시티에 오고 그들을 만난 배리는 협력을 제안하지만 애로우는 단칼에 거절한다. 하지만 그는 무력으로 범인의 이름을 알아내 배리에게 알려주고 그 과정을 알게 된 조 형사는 배리에게 그를 멀리하라고 조언한다. 하지만 결국 배리와 협력하기로 한 애로우는 활을 이용해 배리를 거칠게 훈련하고 범인을 쫓다가 최면에 걸린 배리는 끓어오르는 분노를 주체하지 못하고 에디를 공격한다. 그리고 싸움에 끼어든 애로우와 사투를 벌이는데...

크리스마스 시즌이 다가와 모두 들뜬 분위기지만 아이리스와 에디가 같이 살기로 하자 배리는 혼자 가슴 아파한다. 한편 머큐리 연구소에서 노란 슈트를 입은 형체가 나타나 경비원을 죽이는 사건이 발생하고 배리와 스타 연구소 식구들은 그가 노리는 머큐리 연구소의 시제품을 미끼 삼아 그를 잡을 계획을 세운다. 그러던 중 그가 배리를 찾아와 도발한 후 사라지고 배리는 엄마를 죽인 진범을 놓친 것도 모자라 그에게 져서 분을 참지 못한다. 케이틀린은 손과 머리가 불타는 메타휴먼이 죽은 줄 알았던 자신의 약혼자 로니라는 걸 알고 그를 찾아가지만 그는 케이틀린과 시스코의 도움을 완강히 거부한다. 스타 연구소 직원들과 조, 에디 형사는 노란 슈트 사나이를 잡으려던 계획이 실패로 돌아가 위험에 처하게 되고 케이틀린이 사건에서 배제됐던 배리에게 도움을 청하자 한걸음에 달려온 배리는 노란 슈트 사나이와 맞붙지만 그를 이기기엔 턱없이 부족한데...

리버스 플래시에게 패배한 후 배리는 스피드를 향상시키기 위한 훈련에 열중하는 사이 모든 걸 얼리는 콜드 건을 가지고 사라졌던 스나트(캡틴 콜드/ 웬트워스 밀러 분)가 불을 뿜는 히트 건으로 무장한 믹(히트 웨이브/ 도미닉 퍼셀 분)과 함께 플래시를 노리고 돌아온다. 그러나 웰스 박사는 리버스 플래시에 대적하려면 스피드 훈련에 집중해야 한다며 배리를 설득하고 대신 시스코가 콜드 건으로부터 경찰들을 보호하기 위해 경찰의 방패에 특수처리를 해준다. 한편 죽은 줄 알았던 약혼자가 메타휴먼이 된 걸 알게 된 케이틀린은 그를 도울 방법을 찾아 유일한 단서가 될 만한 사람을 만나고 돌아오던 중 스나트에게 납치당하고 그녀를 미끼로 스나트는 모든 방송국 채널을 통해 플래시를 꾀어낸다. 결국 플래시는 그녀를 구하기 위해 자신의 존재를 드러낸 채 대결 장소로 향하는데...

해리슨 웰스 박사의 집이 습격을 당해 경찰이 출동하고 조 형사는 박사가 뭔가 숨기고 있다는 느낌을 받는다. 웰스 박사는 이미 범인을 알고 있다며 배리와 조 형사에게 하틀리 래써웨이에 대해 말해준다. 그는 웰스 박사와 체스를 즐겨 두던 전직 스타 연구소 직원으로 비상한 두뇌로 입자 가속기 건설에 크게 기여한 인물이다. 괴팍하고 비뚤어진 성격으로 동료들과 문제가 많았지만 웰스 박사의 총애를 받다가 가속기에 대해 언쟁을 벌인 후 연구소에서 쫓겨났다. 그는 소리의 충격파를 이용한 무기로 도시를 공격하다가 플래시에게 잡혀 와 연구소 감옥에 갇히지만 그 역시 철저히 계산된 행동이었고 결국 플래시는 그에게 약점을 간파당한다. 웰스 박사를 향한 복수심과 자신의 자리를 차지한 플래시에 대한 질투심으로 그는 박사에게 마지막 게임을 제안하는데...

복수심에 웰스 박사와 플래시에게 음파를 이용해 해코지하려던 악당 하틀리는 결국 스타 연구소의 특수 감옥에 갇히게 됐지만 입자 가속기 폭발 당시 죽은 줄 알았던 케이틀린의 약혼자 로니가 어떻게 메타휴먼이 된 건지 알려주겠다고 시스코를 구슬러 감옥에서 빠져나온다. 한편 아이언 하이츠 교도소 수감자인 클레이 파커가 자신의 감방에서 감쪽같이 사라지는 사건이 발생하고 배리는 그가 갇혀있던 방 안팎에서 낯선 여자의 DNA를 발견한다. 부인을 죽인 누명을 쓰고 복역 중이던 배리의 아빠는 아들을 위해 감옥에서 중요한 정보를 캐내 조 형사에게 알려주고 덕분에 클레이가 현금 수송차를 털 계획이라는 사실을 알아낸다. 이에 플래시는 클레이와 그의 메타휴먼 여자 친구를 제지하기 위해 사건 현장으로 달려가는데...

배리는 린다와의 데이트 도중 몰래 잠깐씩 플래시의 임무를 수행하느라 바쁘지만 즐겁게 지내고 있는데 소위 ‘버닝맨’이라 불리는 파이어 스톰이 또다시 무고한 사람을 해치는 사건이 발생하고 스타 연구소 식구들은 케이틀린의 전 약혼자인 로니의 몸에 마틴 스타인 교수의 정신이 결합한 그를 잡아들이기로 한다. 한편 웰스 박사가 뭔가 숨기는 게 있다고 의심해온 조 형사는 시스코와 비밀리에 만나 배리의 엄마가 살해당한 옛집을 다시 조사하고 시스코의 도움으로 그날의 현장 모습이 고스란히 담긴 거울을 발견해 용의자 두 명의 실체를 발견한다. 그리고 벽에서 발견한 혈액을 데이터베이스에 돌려본 결과 그중 한 명의 신원이 밝혀지는데...

하나로 결합했던 로니와 스타인 교수가 성공적으로 분리되자 케이틀린은 기쁨을 감추지 못한다. 그러나 기쁨도 잠시, 스타인 교수의 파이어 스톰을 인간 병기로 이용하려는 아일링 장군에게 카페에 있던 로니가 습격당하고 플래시의 도움으로 겨우 빠져나오지만 그 과정에서 배리는 온몸에 상처를 입는다. 결국 웰스 박사는 몰래 아일링 장군에게 스타인 교수를 넘기는데 완전히 분리된 줄 알았던 로니와 스타인 교수가 사실 정신적으로 연결되어 있었고 스타 연구소 식수들은 그걸 이용해 교수가 잡혀간 장소를 알아낸다. 한편 15년 전 엄마가 살해당한 현장에 지금의 자신이 있었다는 사실을 알게 된 배리는 시간 여행을 통해서도 엄마를 구하지 못했다는 사실에 절망하지만 마음을 가다듬고 현장 사진을 살펴본 후 이번엔 반드시 엄마를 구하겠다고 다짐하는데...

마크 마던이 일으킨 쓰나미를 막기 위해 최고 속력으로 달리던 배리는 갑자기 하루 전으로 시간 이동을 하게 되고 그날 겪었던 일이 똑같이 되풀이된다. 배리의 이상한 행동을 눈치챈 웰스 박사는 과거를 바꾸면 모든 게 엉망이 된다며 어제와 똑같이 행동할 것을 경고하지만 많은 사람이 다치는 걸 두고 볼 수 없었던 배리는 마던이 쓰나미를 일으키기 전에 특수 감옥에 가둬버리고 그로 인해 현재가 바뀌어 캡틴 콜드가 돌아오고 시스코를 납치해 플래시의 정체를 알아내게 된다. 한편 아이리스도 자기를 좋아한다는 걸 알게 된 배리는 린다와 헤어지지만 과거를 바꾼 바람에 아이리스와의 일도 없던 일이 되어 괴로워한다. 그러던 중 웰스 박사를 파헤치던 기자 메이슨 브리지가 실종되고 배리는 뭔가 수상한 낌새를 알아채는데...

아이들이 뛰어노는 평화로운 공원에 폭탄 테러가 발생하고 자신을 트릭스터라고 칭하는 남자가 도시를 날려버리겠다는 협박 방송을 한다. 그를 20년 전 테러리스트의 모방범이라고 생각한 배리와 조 형사는 종신형을 살고 있는 제임스 제시를 찾아가 단서를 알아내려 하지만 허탕만 치고, 트릭스터는 경찰에 엉뚱한 정보를 흘려 모두가 정신없이 움직이게 한 후 제임스 제시를 탈옥시킨다. 둘은 시청에서 열린 시장 주최의 파티에 잠입해 참석자들에게 독약을 탄 샴페인을 마시게 하고 해독제를 미끼로 돈을 내놓게 한다. 기자 자격으로 파티에 참석했던 아이리스의 연락으로 그 사실을 알게 된 배리는 현장에 출동하지만 트릭스터의 계략으로 팔에 폭탄이 채워지고 터지지 않게 하려면 계속 달려야만 하는 상황에 놓이게 되는데...

'정체 모를 벌떼의 습격에 공학 박사가 사망하는 사건이 일어나고 시신의 체내에서 일반적인 벌에 쏘여서는 절대 나올 수 없는 엄청난 양의 봉독이 검출된다. 스타 연구소 직원들은 메타휴먼의 소행으로 보고 조사하지만 아무런 단서도 찾지 못한다. 한편 스탈링 시티에서 펠리시티와 레이가 갑자기 스타 연구소로 찾아와 도움을 청한다. 그러던 중 또 한 명이 벌떼의 공격을 받고 있다는 신고를 받고 플래시가 현장에 달려가지만 오히려 벌떼에게 공격당한 플래시는 강력한 봉독으로 인한 심장 마비로 쓰러지는데...

웰스 박사를 리버스 플래시로 의심하고 조사를 했으나 수사에 진전이 없자 조 형사는 처음으로 돌아가 보기로 한다. 약혼자가 죽은 교통사고 이후 딴사람이 됐다는 동료 과학자 말에서 힌트를 얻어 스탈링 시티로 간 조 형사와 시스코는 당시의 사고 현장을 조사하던 중 현장 부근에 묻혀있던 시신 한 구를 발견한다. 한편 은행을 턴 강도를 뒤쫓던 에디 형사는 도와주러 온 경관 두 명을 별안간 총으로 쏘고 그 모습이 고스란히 CCTV에 찍혀 경찰에 체포된다. 한편 에디를 구하기 위해 동분서주하던 배리는 케이틀린과 스타 연구소로 가고 메타휴먼을 막을 혈청을 만들던 케이틀린에게 갑자기 키스하는데...

웰스 박사가 리버스 플래시라는 걸 확신하는 배리 일행은 시스코가 꿈을 정확하게 기억해내도록 꿈속에 들어가는 장치를 만들고 그걸 통해 웰스 박사가 배리 엄마를 죽였다고 자백했다는 사실을 알아내 현실에서도 똑같은 상황을 만들어 실제로 웰스 박사가 자백하도록 함정을 판다. 그리고 그를 잡을 만반의 준비를 하지만 웰스 박사인 줄 알고 잡은 인물은 알고 보니 모습을 바꿀 수 있는 메타휴먼 ‘에브리맨’이었다. 모든 상황을 이미 알고 있던 웰스 박사가 ‘에브리맨’을 풀어주겠다고 꼬드겨 이용한 것. 이제 정체를 드러낸 웰스 박사는 스타 연구소에서 사라지고 청혼하려던 에디와 함께 있던 아이리스는 목숨이 위태로워지는데...

웰스 박사에게 납치당한 에디를 찾는 데 아무런 진전이 없는 상태에서 배리는 아이리스에게 정체를 들키고 아빠를 비롯한 모두가 자신을 속였다는 사실에 아이리스는 분노한다. 한편 금 보관소에 무장 괴한이 침입하고 이를 막으러 출동했던 배리는 순간 엄청난 공포를 느끼게 하는 환영에 휩싸여 쓰러지지만 원인을 알 수가 없다. 그러던 중 무장 괴한의 정체가 아일링 장군이라는 게 밝혀지고 그를 메타휴먼 감옥에 가두지만 그는 자신이 아일링이 아니라 그로드라고 하며 이상하게 굴어 모두를 어리둥절하게 한다. 고릴라 그로드를 잡으러 하수구로 내려간 조 형사, 배리, 시스코는 생각보다 엄청난 능력의 그로드에게 속수무책으로 당하고 결국 조 형사가 그로드의 둥지로 잡혀가고 마는데...

갑자기 스타 연구소의 입자 가속기가 켜지고 배리와 동료들은 어디에서도 찾을 수 없던 웰스 박사가 실은 연구소에 숨어 있었다는 걸 알게 된다. 확인을 위해 가속기의 파이프 내부를 살펴보던 배리 일행은 납치당한 에디를 발견하고 구출한다. 배리는 가속기가 다 켜지게 되면 그 안에 가둬둔 메타휴먼들이 죽게 될 것을 우려해 그들을 애로우가 이용하는 ‘리안 유’라는 외딴 섬으로 옮기기로 한다. 하지만 옮기는 과정에서 시민들이 다칠 것을 걱정해 주변에 도움을 청하지만 모두 여의치 않자 캡틴 콜드를 찾아가고 조 형사의 반대에도 그와 손을 잡아 이송 작전을 시작한다. 하지만 이송 중 초능력을 억제하는 장치가 갑자기 말썽을 부리고 메타휴먼들이 하나둘 능력을 되찾기 시작하는데...

웰스를 잡은 배리 일행은 그에게서 과거로 가게 해주겠다는 제안을 받고 고민한다. 과거로 돌아가면 배리의 오랜 염원인 엄마를 구할 수 있게 되지만 지금껏 살아온 현재도 그 영향으로 바뀌게 되면서 가족처럼 끈끈했던 모두의 관계가 어떻게 변할지 모르고 배리가 엄마를 구하는 동안 웰스는 자신이 속해 있던 미래로 도망가려 할 것이 뻔하기 때문이다. 오랜 고민 끝에 배리는 웰스의 제안대로 웜홀을 통해 과거로 시간 여행을 하기로 하지만 스타인 박사의 도움으로 거기엔 커다란 위험이 도사리고 있다는 사실이 밝혀지는데...