Ryuko Matoi é uma garota que viaja com uma única lâmina de tesoura vermelho, em busca do que possui a outra lâmina que matou o seu pai. Ela chega Honnōji Academy, uma escola que vive com medo. A escola é governada pelo conselho estudantil temível, liderado pelo presidente do conselho estudantil, Satsuki Kiryuin, que usam uniformes poderosos para esmagar qualquer um em seu caminho. Depois de sofrer uma derrota esmagadora nas mãos de Satsuki, Ryuko se depara com um uniforme escolar possuía chamado Senketsu, que se coloca em Ryuko, a concessão de suas habilidades especiais. Juntando-se a Senketsu, Ryuko se levanta contra Satsuki e do conselho estudantil para libertar Honnōji Academia das suas garras de ferro e descobrir a verdade por trás do assassinato de seu pai.