Ryuko Matoi foi transferida para a Academia Honnouji. Seus motivos, bem específicos, envolvem descobrir quem assassinou seu pai e deixou uma arma no local. Sem muito tato para negociar, ela arruma confusão com a figura mais importante da Academia. A situação foge do controle logo no primeiro episódio.

Ryuko é ajudada pelo seu professor quando a luta com a Capitã do Clube de Tênis não termina bem. O professor promete explicar mais do seu uniforme de marinheiro, se ela derrotar a Capitã. Enquanto sua amiga Mako continua se metendo em encrenca, Ryuko continua a salvando.

O professor conta a Ryuko sobre a relação que seu pai e o clã Kiryuin tem. Ryuko se depara com Satsuki na Academia Honnouji, mas Satsuki preparou uma surpresa. Ambas estão vestindo Kamui e uma batalha intensa está esperando por elas. Ryuko compreende o que é vestir um Kamui e acaba fazendo uma promessa um tanto quanto ousada.

O dia do Sem-Atraso finalmente chegou. Os estudantes precisam percorrer um caminho cheio de armadilhas e chegar a tempo do sinal para a primeira aula. Quem se atrasar é expulso. Para piorar, o uniforme da Ryuko está sendo lavado. Será que Ryuko e Mako dão conta desse desafio?

Ryuko está sendo perseguida por um cara que sabe como neutralizar o poder do Kamui. Além disso, Satsuki seleciona alguns clubes para perseguir Ryuko e seu inimigo. No meio dessa confusão toda, Senketsu mostra que não é só uma peça de roupa e Mako faz uma campanha de doações de roupa para Ryuko.

Ryuko é desafiada por um membro do Clube de Kendo. Essa mesma pessoa foi trazida para a Academia Honnouji pela própria Satsuki quando ela ainda era do colegial. Satsuki demonstra que o trabalho árduo merece recompensa e novas oportunidades. Ryuko começa a perceber que os Quatro Maiores de Honnouji são realmente bons.

Ryuko e Mako ficam paradas sem combustível na estrada, afinal a vida não está fácil para ninguém. Então Gamagoori aparece e, na corrida até o posto, ele acaba contando sobre seu passado. Enquanto isso, a Academia Honnouji está um verdadeiro inferno por causa das mudanças que Satsuki instaurou. Agora, mais do que nunca, todos querem o pescoço da Ryuko.

Ryuko vai enfrentar Gamagoori, e esta luta sobre motivações levará Ryuko a considerar o que realmente importa. Gamagoori mostra sua determinação e parece que vai acabar com Ryuko de todo o jeito. Todos já perderam a esperança que Ryuko passe pelos Quatro Maiores, mas o que o destino reserva?

Ryuko é desafiada, agora, pelo chefe de informações da Academia Honnouji. Ele só está interessado nos dados para encontrar uma forma de vencê-la. Nos bastidores, a presidente do clube musical, atual top 2, está em conflito com o top 1 dos Quatro Maiores. O que Satsuki quer com todas essas disputas?

Ryuko está tendo sérios problemas com Nonon até que uma reviravolta acontece. Muita gente começa a se mexer e tornar a história interessante. Eis que finalmente aparece quem realmente matou o pai de Ryuko.

Ryuko perde o controle do Kamui e a ajuda vem do lado que menos se espera. Segredos são revelados e quando parece que tudo está perdido, uma nova esperança brilha. O que é que Satsuki quer ao conquistar outras escolas?

Ryuko está de cama, decepcionada com o que aconteceu na última luta. Até que um garoto aparece pedindo sua ajuda porque está encrencado. É um garoto inteligente que sabe como tirar Ryuko do seu desespero. Enquanto isso, Kiryuin vai tirar satisfação com sua mãe pela aparição de Nui. A incursão está para começar e a guerra voltará à juventude desses jovens.

Ryuko está recuperada e determinada a recuperar as partes do Senketsu. O problema é que cada parte do Senketsu foi parar em uniformes diferentes, os quais estão espalhados entre as três brigadas da Incursão Escolar. E tem mais um problema... O último pedaço do Senketsu está com a rival inimiga de Ryuko.

Ryoko vai enfrentar Kiryuin novamente, mas ela surpreende a todos com uma estratégia. E Senketsu também não fica para trás, ela dá um jeito de superar obstáculos e mostrar o valor da amizade para Ryoko. Enquanto isso, Kiryuin tem apoio dos Quatro Maiores da Academia Honnouji. Afinal, qual o objetivo da Incursão das Três Cidades?

Os segredos são finalmente para Ryuko, desde quem é seu pai, até a organização que ele fundou. Em meio a isso tudo, Ryuko descobre que seu Kamui não passa de uma ferramenta para livrar o mundo das outras Fibras de Vida. Será que Senketsu se voltará contra os outros da própria espécie? E se Ryuko não quiser cooperar com a Nudist Beach?

O Festival Cultural e Esportivo finalmente chegou e há um plano sendo executado por trás. É o experimento final de Ragyo e de Satsuki. Quando Ryuko descobre, ela parte à toda velocidade para o estádio. Ela só não esperava pelo desfecho surpreendente do festival. O jogo vira e o destino em curso se revela promissor.

Satsuki revela seus verdadeiros planos e sua mãe não gosta nada do que ouve. Enquanto isso, Nui tenta conter os Quatro Maiores e Ryuko juntos. O poder dos COVERS é finalmente revelado e Ragyo veste um Kamui, demonstrando o poder das Fibras de Vida.

Em um último golpe, Satsuki manda o estádio pelos ares. Um mês depois, as forças de resistência estão se reunindo novamente para tentar conter o avanço das Covers. O maior perigo está para ser revelado: enquanto Ragyo aprisionou Satsuki, Nui costura um novo Kamui.

Ryuko acordou e está enfurecida. Ela não quer ajuda de Senketsu, e vai procurar Ragyo e Nui para derrotá-las. Enquanto a Nudist Beach fica sem ajuda de Ryuko, uma nova informação aparece eles traçam novos planos!

A fúria de Ryuko continua liberada e graças a Ragyo e Nui, ela tem um aliado inesperado. Com Satsuki se tornando um alvo, será que os Quatro Maiores e a Nudist Beach se unirão?

Uma mudança de eventos pega Nui Harime distraída e dá a chance da Nudist Beach se reorganizar e planejar a luta contra Ragyo. Mas será que Ryuko e Satsuki vão conseguir acertar as contas antes?

A batalha continua a caminho da Academia Honnouji, mas Ragyo e a Fibra de Vida Original estão no caminho. Ryuko e Satsuki vão enfrentá-las, mas quem fica na defesa é a Mako. Enquanto isso, Nui continua trabalhando.

Ryuko está preparada para enfrentar Ragyo, mas Ragyo descobre como utilizar outro meio para enviar os comandos às roupas REVOCS espalhadas pelo mundo. Com o apoio de todos, Ryuko parte para a batalha final.