L'episodio si apre 391 giorni dopo che Gotham è stata dichiarata off limits dal governo: Jim Gordon, Oswald Cobblepot, Harvey Bullock e Edward Nygma si preparano in separate sedi, per poi incontrarsi nello stesso posto. Armati si dirigono su una barriera dove sono già raccolti numerosi poliziotti GCPD e, dopo la proclamazione di Gordon "Per Gotham", iniziano tutti una sparatoria contro un altro esercito sotto la barriera.

Il bambino giunto al GCPD, Will Thomas, racconta che numerosi bambini rimasti orfani, tra cui appunto lui, sono stati sequestrati da un gruppo di criminali capitanati da un certo "Sykes" che li sfruttano con il folle intento di scavare un tunnel che li colleghi alla terraferma per poter iniziare un giro di affari. Gordon intende dirigersi sul posto per liberare i ragazzini, sebbene Bullock sia riluttante in quanto consapevole che hanno pochi proiettili e che tutti i criminali della città vogliono uccidere il capitano per la taglia messa da Oswald. Gordon chiede aiuto a Barbara per poter passare sul suo territorio e la donna glielo permette, sebbene sia ancora furiosa con lui per quanto successo con Cobblepot.

L'Haven attira sempre più sfollati provenienti da ogni parte di Gotham, ma Gordon sceglie di accoglierli tutti nonostante siano sempre più a corto di cibo e munizioni e sapendo che le bande i cui prigionieri si sono nascosti lì sarebbero potuti venire a riprenderseli. Nel frattempo, Oswald si accorge che anche gran parte del suo staff sta migrando verso il posto sicuro; subisce un attacco di alcune bande che pensano abbia ucciso alcuni loro membri, ma lui li sconfigge facilmente. Selina è afflitta da incubi nei quali ricorda quando Jeremiah le ha sparato, così torna in piedi e informa Bruce che vuole andare a cercarlo per vendicarsi.

Dopo la distruzione dell'Haven, Gordon investiga per trovare il colpevole, mentre la gente di Gotham mostra segni di furia incontrollabile per quanto successo. Gordon sospetta prima di Oswald poi di Barbara, nonostante entrambi neghino con fermezza di centrare qualcosa, non potendo mai fare una cosa simile; Cobblepot decide di collaborare con la polizia al fine di trovare il responsabile dell'esplosione. Seguendo una pista trovata da Barbara, viene quindi catturato Victor Zsasz, nonostante lui affermi di non c'entrare nulla. Nel frattempo Edward ha un altro blackout e si sveglia con una scritta semicancellata sulla mano. Cercando di riconoscerla, giunge alla conclusione sia un indizio relativo a un detenuto del Blackgate ma, mentre cerca di recuperare i suoi fascicoli al GCPD, viene sorpreso da Lucius; quest'ultimo accetta di dargli la cartella se prima lo aiuterà a far luce sulla distruzione dell'Haven.

Eduardo Dorrance, un soldato che anni fa lavorava con Gordon nell'esercito, giunge a Gotham con una squadra di soldati d'élite chiamata "Delta Force" per ordine dell'agente del governo Theresa Walker, in modo da eliminare tutte le minacce. Gordon, Bullock e Dorrance scoprono che è stato Edward a far esplodere l'Haven, quindi vanno a cercarlo, mentre Nygma non si capacita di come abbia potuto fare una cosa del genere a persone innocenti e bambini. Edward viene trovato da Gordon e Dorrance che intendono arrestarlo, ma lui riesce a fuggire intrappolando Dorrance su un piedistallo esplosivo, affermando poi di voler capire cosa gli sia successo. Jim riesce a salvare la vita all'amico e dopo la fuga Ed, inizia una caccia all'uomo contro di lui in quanto tutti i cittadini vogliono ucciderlo per vendicare l'assalto all'Haven.

Gordon riesce a scappare da Edward e a farlo tornare in sé con una scarica elettrica. I due vanno quindi da Barbara per chiedere aiuto ma vengono rintracciati da Dorrance, fuggendo quindi nuovamente. Intanto, al GCPD, la task force di Eduardo si impossessa dell'edificio con la dichiarazione di uccidere tutti i criminali di Gotham, imprigionando Bullock e gli altri poliziotti. Bruce e Alfred si liberano dalla custodia di due militari e raggiungono Gordon e gli altri. Lucius rimuove il microchip dalla testa di Edward, che contiene diversi file e registrazioni che possono incriminare la Walker, come l'ordine a Nygma di far saltare in aria l'Haven.

Il governo accetta di riunificare Gotham con la terraferma, a patto che non ci siano inconvenienti; intanto Alfred è scomparso da cinque giorni e Bruce, ignorando l'avviso di Gordon, va a cercarlo e si imbatte in una coppia identica ai suoi genitori. Seguendola, il ragazzo si ritrova in un tunnel sotterraneo che lo porta a Villa Wayne dove, oltre la coppia, trova Jeremiah: quest'ultimo, infatti, ha ipnotizzato, con l'aiuto di Jervis Tetch, Alfred, un uomo e una donna a cui ha fatto modificare chirurgicamente i tratti per renderli identici ai suoi genitori. Il criminale vuole ancora stringere un legame con Bruce e, se non può con l'amicizia come desiderava, lo avrebbe fatto con l'odio, facendogli rivivere il ricordo più importante della sua vita, ovvero l'uccisione dei suoi genitori, ma facendone parte come assassino.

Al The Sirens vengono brutalmente assassinati due uomini. Barbara li riconosce come ex poliziotti e sceglie quindi di chiamare Gordon e Bullock; inoltre un testimone afferma che l'assassino doveva essere amico dei due, poiché si erano messi a parlare. L'omicida viene indicato come Dix, vecchio partner di Bullock, ma il poliziotto non crede possa essere lui perché è bloccato sulla sedia a rotelle da quindici anni, laddove l'uomo al The Sirens camminava. Gordon e Bullock vanno comunque a parlare con Dix e sorprendono quello che sembra un suo sosia, strappandogli anche una sorta di maschera fatta di pelle umana.

Gordon indice una riunione con le bande criminali di Gotham al municipio, nella speranza di convincerle a una tregua per accelerare i processi di riunificazione da parte del governo prima che finisca l'acqua potabile. Tuttavia, nel mezzo dell'incontro, qualcuno spara al capitano ferendolo e mandandolo in coma. Mentre l'uomo viene operato da Lee, si ritrova in una realtà onirica dove viene messo sotto processo per i crimini che avrebbe commesso nei confronti delle persone che non ha salvato. Intanto Bruce ha un appuntamento con Selina e le comunica che sta pensando di lasciare Gotham dopo la riunificazione, perché memore di tutte le disgrazie giunte in città a causa sua (tra cui Galavan e Ra's Al Ghul).

Eduardo Dorrance, trasformato dal Dottor Strange in superumano, fa irruzione durante la visita del Generale Wade e lo rapisce insieme a Bruce e Gordon.

Con i cittadini rifugiati al GCPD, Bane mette in atto il suo piano finale per distruggere Gotham e Gordon raduna i suoi ex nemici per salvare la città.

Dopo dieci anni, Gotham si prepara ad accogliere il ritorno di Bruce Wayne in città, per l'inaugurazione della nuova Wayne Tower, mentre Pinguino esce di prigione e Nygma evade.