De vils personnages revendiquent leur territoire au cœur du chaos de Gotham, où Gordon et Bruce tentent d'assurer la sécurité et Selina fait face à un avenir incertain.

Quand Bruce cherche une supposée sorcière, Gordon et Bullock suivent une piste vers une usine où sont parqués des enfants. De son côté, Nygma affronte certains démons.

Les réfugiés de Gotham sont en sécurité... jusqu'à ce que le Pingouin vienne chercher son monde. Déterminée, Selina recrute Bruce pour l'aider à retrouver Jeremiah.

Après une attaque explosive, le Pingouin offre son aide à Gordon. Lucius et Nygma concluent un marché, pendant que Selina précise ses recherches.

Les militaires arrivent à Gotham pour rétablir l'ordre. Dans sa quête de réponses, Nygma se trouve face au Pingouin – et vit des retrouvailles avec Hugo Strange.

Des alliances improbables se tissent quand Gordon forme une équipe pour reconquérir Gotham. Un nouveau venu rusé garde le Pingouin et Selina sur le qui-vive.

Gordon s'empresse de démasquer les forces criminelles qui nuisent à la réunification de Gotham. Une vipère bien connue est de retour avec l'aide de Jervis Tetch.

Un méchant polymorphe qui cible des policiers de Gotham fait le lien entre Bullock et des fantômes de son passé. Bruce et Alfred explorent les égouts de la ville.

Bruce et Gordon tombent face à face avec Eduardo, qui a subi une importante transformation, et Barbara demande l'aide de Lee.

Pendant que Bane et Nyssa resserrent leur emprise sur la ville, Gordon demande l'aide de son ancien ennemi. Une décision importante mène Bruce vers sa destinée.

Une décennie après avoir quitté Gotham, Bruce est de retour pour l'ouverture de la nouvelle tour Wayne... et découvre une ville sombre qui a besoin de son chevalier.