Jeremiah és Ra's al Ghul terve sikerrel járt. Gotham-en pedig még sosem látott "sötétség" lett úrrá, amiben a "hőseink", "bűnözőink" és akik ezidáig az árnyékban rejtőztek... próbálnak minden áron életben maradni és kézbe venni az irányítást avagy a hatalmat.

Gordon és Bullock elindulnak a sötét zónába, hogy gyermekeket mentsenek ki, akiket embertelen körülmények között dolgoztat egy banda. Mindeközben Rébusz továbbra is önmagával "harcol", Barbara vérbosszút állna Pingvinen, Bruce Wayne pedig egy nem várt régi ismerőssel "fut" össze, aki a szerencsétlenül járt Selina "megmentője" lehet.

Pingvin támadást indít a Gordon vezette zöld zóna ellen, miután az emberei dezertáltak a "biztonságos Menedék"-be. Mindeközben Bruce és Selina közösen próbálják felkutatni Jeremiah Valeska-t a sötét zónában, aki hosszú idő után ismét "hallat" magáról.

Gordon és Pingvin közösen próbálják meg felkutatni embereikkel azt az elkövetőt, aki több száz ártatlan civil haláláért felel. Ezzel párhuzamosan a kutatást segítve Fox és Rébusz próbálnak valami nyomot találni a merénylet helyszínén. Selina, Bruce és Alfred pedig rég nem látott ismerőssel futnak össze.

A kormány végre hallat magáról. Segítség érkezik Gotham-be Walker miniszter jóvoltából, egy kommandós egység formájában, aminek az első feladata, hogy segítsen rendet teremteni. Mindeközben Rébuszt üldözi az egész város a merénylet miatt, aki ezalatt próbálja kitalálni, hogy a "másik" Ed, miért lépett a mészárosok útjára.

Walker miniszter intézkedéseiről gyorsan lehull a lepel. A várva várt segítség előőrse, a kommandós egység tettei után nyilvánvalóvá vált, hogy Gotham polgárait, hőseit és bűnözőit egy nem várt külső ellenség fenyegeti. Mindeközben Selina új üzlettársat szerez magának, Barbara Kean pedig egy igazán "terhes" dologgal lepi meg Gordon-t.

Hiába sikerült félre Jeremiah terve, amin ő maga is nagyot vesztett… A kormány tudomást szerzett a mérges gáz merényletről és visszaléptek az újraegyesítéstől. Így Gotham továbbra is elzárva marad a külvilágtól, ám az élet nem áll meg… Gordon és Bullock egy rejtélyes gyilkossági ügyet próbálnak meg felderíteni, ami visszanyúlik azokba az időkbe, amikor még Bullock zöldfülű volt a rendőrségnél. Velük párhuzamosan Bruce és Alfred is nyomoznak egy eltűnt személy után, míg az új triumvirátus: Barbara, Pingvin és Rébusz a saját tervükön "dolgoznak".

James Gordon talán eddigi élete legnagyobb "próbatételével", és egy nem mindennapi bírósággal találja szembe magát. Mindeközben Ivy Pepper ismét feltűnik a színen, hogy "önkéntes" szolgáival valósítsa meg a "zöld" tervét.

Pillanatok választják el Gothamet, hogy újra a szárazföldhöz "csatolják". Ám egy már-már elfeledett ellenség leszármazottja és egy nem is oly régi ellenség, de új alakban... keresztül húzzák James Gordon és a kormány számításait.

Nyssa Al Ghul édesapja nyomdokaiba lép. Irányítása alá vonja a hadsereget és megkezdik azt a hadműveletet, aminek a célja Gotham elpusztítása és a lakosság teljes kiirtása.

Már 10 éve, hogy Gotham megmenekült a teljes pusztulástól és hogy újra a szárazföldhöz csatolták… vajon milyen változásokon ment keresztül a város és a lakosság, ha egyáltalán változott is bármi…