Die Verbrecher Gothams nutzen die Notlage der Stadt, um die Macht an sich zu reißen. Komplett abgeschnitten von der Außenwelt, kämpfen die Bewohner ums Überleben. Ohne Hilfe vom Festland werden die Nahrungsreserven bald aufgebraucht sein. Bruce und Gordon müssen schnell handeln, um eine Katastrophe abzuwenden. (Text: ProSieben Fun)

Haven wird von Hilfebedürftigen, aber auch von Kriminellen überflutet – und die Polizei wird der Lage kaum noch Herr. Es fehlt an Verteidigungsmöglichkeiten und Vorräten. Als sich die einzelnen Gangs verbünden, um die Macht an sich zu reißen, sieht sich auch Gordon gezwungen, eine ungewöhnliche Allianz einzugehen: Er kooperiert mit Pinguin, der von seinen Verbrecherkameraden verraten wurde. (Text: ProSieben Fun)

Kaum ist eine Katastrophe überwunden, kämpft Gordon bereits mit der nächsten: Haven fällt einem Sprengstoffanschlag zum Opfer. Es sterben viele Unschuldige, andere werden verletzt oder noch vermisst. Gordon fordert erneut Unterstützung an, wird aber wieder nur vertröstet. Zunächst muss er jedoch den Attentäter aufspüren – das gestaltet sich allerdings schwierig, denn der Hauptverdächtige erhält plötzlich ein Alibi.

Gordons Ruf nach Unterstützung wird endlich erhört, denn ein Delta-Forces-Team taucht auf und bietet, unter der Leitung von Gordons Bekanntem Eduardo, seine Hilfe an. Als sich herausstellt, dass Nygma der Käufer des Raketenwerfers ist, macht die Crew Jagd auf ihn. Zeitgleich arbeitet Nygma daran, sich endlich erinnern zu können. Er hat Gedächtnislücken – trotzdem kann er nicht glauben, dass er für den Sprengstoffanschlag verantwortlich sein soll.

Gordon muss mittlerweile nicht nur gegen die Kriminellen in Gotham kämpfen, sondern auch gegen Eduardo und dessen Team. Diese sind nämlich nicht die langersehnte Hilfe von außen, sondern kaltblütige Killer. Fox hat Nygma derweil von dem Chip in seinem Kopf befreit. Doch Walker hat noch weiteren Personen einen solchen Chip eingepflanzt, der sie die Kontrolle über ihr Bewusstsein verlieren lässt.

Jeremiah hat einen perfiden Plan: Er will den Tod von Bruce’ Eltern nachstellen – mit Lee und Gordon in den Opferrollen. Tetch unterstützt Jeremiah und bereitet einen Giftgasanschlag auf Gotham vor. Pinguin beschließt derweil mit Barbara, Selina und Nygma die Flucht aus der Stadt auf ganz besonderem Wege.

Zu Beginn seiner Polizisten-Laufbahn wurde Bullock mit einer angeblichen Verbrecherin konfrontiert, die ohne fairen Prozess hinter Gittern landete. Das hatte zur Folge, dass ihre kleine Tochter in ein Heim gegeben wurde. Strange benutze das Mädchen für seine Experimente, wodurch es ganz besondere Fähigkeiten entwickelte, die es der mittlerweile erwachsenen Frau nun ermöglichen, die Polizisten von damals zur Strecke zu bringen.

Gordon beruft eine Versammlung ein, bei der er die Verbrecher der Stadt zu einem Waffenstillstand überreden will. Dabei wird er von Zsazs angeschossen und lebensgefährlich verletzt. Sein Kampf ums Überleben gestaltet sich in Gordons Unterbewusstsein wie eine Gerichtsverhandlung, in der er zu all seinen Fehlern Stellung beziehen muss. Dabei wird ihm klar, was er wirklich will.

Endlich scheint Gotham gerettet, denn die Zusammenführung mit dem Festland steht kurz bevor. Dann kommt allerdings alles anders: Walker hat Eduardo zu Dr. Strange gebracht, der ihn zwar am Leben hält, ihn dafür aber für immer in Bane verwandelt. Als er wieder auf den Beinen ist, bringt Bane Bruce und Gordon in seine Gewalt.

Walker hat sich als Nyssa Al Ghul zu erkennen gegeben. Gordon und Bruce wissen nun, dass sie den Mord an ihrem Vater blutig rächen und Gotham in ihre Gewalt bringen will. Nyssa kidnappt Barbara und deren Baby, das sie künftig als ihr eigenes aufziehen will. Gordon ist bereit, alles zu tun, um seine Tochter zu retten.

Die Serie blickt 10 Jahre in die Zukunft, da Bruce zur Eröffnung des neuen Wayne Tower nach Gotham zurückkehren wird. Eine Reihe von Verbrechen führt Gordon zu dem Glauben, dass Pinguin und The Riddler ihre alten Tricks anwenden. Als Bullock jedoch für einen Mord verantwortlich gemacht wird, beginnt Gordon, eine noch finsterere Handlung zusammenzusetzen, die auf die Stadt abzielt, und eine neue Gestalt taucht aus dem Schatten auf, um der Held zu sein, den Gotham dringend braucht.