Oude schurken eisen het chaotische Gotham op, waar Gordon en Bruce vechten om de stad veilig te houden en Selina een onzekere toekomst tegemoet gaat.

Bruce is op zoek naar een zogenaamde heks. Gordon en Bullock volgen een spoor naar een fabriek vol vermiste kinderen. Elders krijgt Nygma te maken met geesten.

Er is een veilige plek voor de vluchtelingen van Gotham, totdat Pinguïn zijn mensen op komt halen. Een kordate Selina regelt hulp van Bruce bij het vinden van Jeremiah.

In de nasleep van een explosieve aanval biedt Pinguïn aan om Gordon te helpen en sluiten Lucius en Nygma een deal. Ondertussen vernauwt Selina haar zoektocht.

In Gotham arriveert het leger om de orde te herstellen. Nygma's speurtocht naar antwoorden voert hem naar Pinguïn, en naar een hereniging met Hugo Strange.

In een oorlog met onverwachte allianties formeert Gordon een team om Gotham terug te veroveren. Een sluwe nieuwe slechterik houdt Pinguïn en Selina scherp.

Gordon haast zich om de crimineel te vinden die de hereniging van Gotham bedreigt. Een bekende slechterik keert terug met hulp van de Mad Hatter.

Een slechterik die van vorm kan veranderen, heeft het gemunt op de politie van Gotham en roept herinneringen op bij Bullock. Bruce en Alfred verkennen de stadsriolen.

Een getroffen Gordon heeft een zware koortsdroom, waarin hij terechtstaat voor een reeks mislukkingen. Ivy komt terug in het heden en zet haar zinnen op Bruce.

Bruce en Gordon komen oog in oog te staan met Eduardo, die een grote transformatie heeft ondergaan. Een zwangere Barbara vraagt Lee om hulp.

Terwijl Bane en Nyssa hun grip op de stad verstevigen, vraagt Gordon zijn voormalige vijanden om hulp om de stad te redden. Een grote beslissing leidt Bruce naar zijn lot.