Gamle fiender dukker opp igjen i et kaotisk Gotham, der Gordon og Bruce kjemper for å holde byen trygg, og Selina står overfor en usikker framtid.

Mens Bruce leter etter en såkalt heks, følger Gordon og Bullock en ledetråd til en fabrikk full av savnede barn. Nygma må takle sine egne demoner.

Det finnes et trygt sted for flyktningene i Gotham – til Pingvinen kommer for å hente folkene sine. En besluttsom Selina får Bruce til å hjelpe seg med å finne Jeremiah.

I kjølvannet av et eksplosivt angrep tilbyr Pingvinen seg å hjelpe Gordon, og Lucius og Nygma inngår en avtale. Selina snevrer inn søket.

En militær spesialtropp ankommer Gotham for å bidra til å gjenopprette ro og orden. Nygmas leting etter svar fører ham til Pingvinen – og et gjensyn med Hugo Strange.

Det blir en krig mellom uvanlige allierte når Gordon samler en gruppe for å ta tilbake Gotham. En listig ny skurk holder Pingvinen og Selina i ånde.

Gordon prøver å avsløre det kriminelle miljøet som truer samlingen av Gotham. En kjent skurk kommer tilbake ved hjelp av Mad Hatter.

En skurk som kan skifte form angriper politibetjenter i Gotham, og gjør at Bullock hjemsøkes av fortiden. Bruce og Alfred utforsker byens kloakksystem.

En skadet Gordon har en feberdrøm der han blir stilt for retten for en rekke feilgrep. I nåtiden kommer Ivy tilbake og ser seg ut Bruce.

Bruce og Gordon havner ansikt til ansikt med Eduardo, som har gjennomgått en stor forandring. Gravide Barbara ber Lee om hjelp.

Ti år etter at Bruce dro fra Gotham, kommer han tilbake til åpningen av det nye Wayne Tower og finner en dyster by som trenger en helt.