Jim Gordon y Bruce Wayne se enfrentan al caos en que se ha convertido Gotham City. Su misión de mantener la seguridad de la ciudad se vuelve más complicada, a medida que los villanos que sobrevivieron al ataque contra la ciudad comienzan a resurgir y reclamar varios territorios. Mientras tanto, Selina Kyle afronta a cómo lidiar con su incierto futuro.

Gordon y Bullock investigan un lugar donde varios niños han sido secuestrados. Barbara demuestra ser una aliada improbable para Gordon. Mientras tanto, Bruce investiga a una presunta bruja con poderes curativos para Selina, y Nygma trata con sus propios demonios.

Con la creación de Cielo como lugar seguro para los refugiados, Gordon espera detener las peleas de pandillas en la ciudad. Selina está decidida a encontrar a Jeremiah y convence a Bruce para que la ayude. Mientras tanto, el Pingüino va a Cielo a reclamar a sus empleados.

Gordon y el Pingüino se ven obligados a trabajar juntos y las alianzas se sacuden cuando Lucius, Nygma y Barbara tienen opiniones diferentes sobre el culpable de los eventos recientes en el Cielo. Mientras tanto, Selina continúa su búsqueda de venganza contra Jeremiah.

Una fuerza de tareas militar, liderada por Eduardo Dorrance, es llamada para brindar alivio a Gotham. Mientras tanto, Nygma busca respuestas del Pingüino, quien lo lleva de regreso con Hugo Strange. Además, Bruce se preocupa el reciente comportamiento de Selina.

Gordon reúne un inusual equipo para proteger a Gotham de Eduardo Dorrance y su Fuerza Delta. Justo cuando Lee Thompkins reaparece, Barbara revela noticias impactantes que cambiarán la vida de Gordon para siempre. Mientras tanto, Selina y el Pingüino se unen para engañar a su compañera villana Magpie.

Gordon se apresura a descubrir el elemento criminal que amenaza con terminar las conversaciones sobre la reunificación de Gotham con el continente. Un Jeremiah muy vivo regresa y organiza una recreación retorcida del asesinato de los padres de Bruce con ayuda de Jervis Tetch, también conocido como el Sombrerero Loco.

El pasado de Bullock vuelve para atormentarlo cuando él y Gordon investigan dos asesinatos en las Sirenas. Mientras tanto, Bruce y Alfred exploran los túneles debajo de la ciudad, y los planes de escape del Pingüino y Nygma se ven frustrados por el sospechoso menos probable.

Después de que Gordon recibe un disparo en un intento por establecer un alto el fuego, él alucina con un juicio por su vida que podría tener verdaderas consecuencias mortales. Mientras tanto, Ivy regresa y lanza su hechizo en Bruce, dejando que Selina se defienda sola. Lee tiene un momento que cambiará su vida, a medida que Barbara y el Pingüino consideran sus próximos movimientos.

En el precipicio de la reunificación de Gotham, Gordon y Bruce se encuentran cara a cara con un recién transformado Eduardo, y descubren a la verdadera mente maestra detrás del caos actual de la ciudad. Mientras tanto, una embarazada Barbara acude a Lee en busca de ayuda.

La serie salta 10 años en el futuro, cuando Bruce Wayne se prepara para regresar a Gotham para la apertura de la nueva Torre Wayne. Una serie de crímenes lleva a Gordon a creer que el Pingüino y Acertijo están haciendo con sus viejos trucos. Sin embargo, cuando Bullock es inculpado injustamente por un asesinato, Gordon comienza a develar una trama más siniestra que amenaza a la ciudad, y una nueva figura emerge desde las sombras para ser el héroe que Gotham necesita desesperadamente.