Kaoottisessa Gothamissa vanhat roistot vaativat saada omansa, kun taas Gordon ja Bruce yrittävät pitää kaupungin turvassa ja Selina kohtaa epävarman tulevaisuuden.

Bruce etsii niin sanottua noitaa. Gordon ja Bullock seuraavat johtolankaa ja päätyvät tehtaalle, joka on täynnä kadonneita lapsia. Nygma kamppailee demonien kanssa.

Gothamin pakolaisilla on turvallinen paikka, kunnes Pingviini tulee hakemaan väkeään. Määrätietoinen Selina värvää Brucen avukseen etsimään Jeremiahia.

Räjähtävän hyökkäyksen jälkeen Pingviini tarjoaa Gordonille apua ja Lucius ja Nygma tekevät sopimuksen. Selina taas rajaa etsintäaluettaan.

Armeijan joukko saapuu Gothamiin palauttamaan järjestystä. Nygman totuudenetsintä johtaa hänet Pingviinin luo ja jälleen yhteen Hugo Strangen kanssa.

Yllättävät liittolaiset käyvät sotaa, ja Gordon kokoaa tiimin vallatakseen Gothamin takaisin. Kiero, uusi roisto pitää Pingviinin ja Selinan varuillaan.

Gordon yrittää paljastaa rikollisen juonteen, joka uhkaa Gothamin yhdistymistä. Vanha tuttu roisto palaa kuvioihin Hullun Hatuntekijän avulla.

Muotoaan muuttava pahis ottaa Gothamin poliisit kohteekseen ja yhdistää Bullockin menneisyyden haamuun. Bruce ja Alfred tutkivat kaupungin viemäreitä.

Loukkaantunut Gordon vaipuu kuumeiseen uneen, jossa hän joutuu tuomiolle epäonnistumisistaan. Nykyhetkessä taas Ivy palaa kuvioihin ja iskee silmänsä Bruceen.

Kun Bane ja Nyssa tiukentavat otettaan Gothamista, Gordon kääntyy entisten vihollistensa puoleen pelastaakseen kaupungin. Tärkeä päätös opastaa Brucen kohtalonsa tielle.

Vuosikymmen lähtönsä jälkeen Bruce palaa Gothamiin uuden Wayne Towerin avajaisiin ja huomaa, että synkkä kaupunki kaipaa pelastajaa.