Впечатленный сниженной более чем наполовину статистикой преступлений, мэр идет на сделку с Пингвином и разрешает тому распространять лицензии на все виды преступлений, одновременно предупреждая полицию о невмешательстве в дела лицензированных бандитов. Однако не всем преступникам приходится по душе идея с официальными разрешениями, что заставляет одну из банд использовать разработку Крейна для свершения своих темных дел. Воспользовавшись ситуацией, Гордон настраивает Освальда и нелегальных разбойников друг против друга, в то время как Джонатан сливается с собственным страхом, а Брюс попадает в переделку.

В ответ на несговорчивость Гордона Пингвин прилюдно ставит детектива перед ультиматумом: поймать Джонатана в течение суток или уступить ему право в наведении порядков в городе. Тем временем, выйдя из-за решетки после снятия обвинений, Брюс получает новую экипировку, которую решает тут же опробовать. Табиту и Селину ждет сюрприз в лице восставшей из мертвых знакомой. Последняя предлагает девушкам объединиться против общего врага. В это время Айви решается на необратимый шаг ради могущества, Гордон отправляется в психиатрическую лечебницу и, едва выбравшись оттуда живым, обращается за поддержкой к старому неприятелю.

Аравия, 125-й год нашей эры. Стараниями могущественного незнакомца Ра’с аль Гул побеждает смерть и узнает о своем предназначении. Наши дни. Попытка Гордона заручиться поддержкой дона Фальконе оканчивается немного не так, как предполагал детектив. Брюс, спугнув вора, пытающегося ограбить Пингвина, узнает за чем тот охотился. Это заставляет юношу начать соревнование за предмет, интересующий слишком многих в городе. Освальда между тем ждет неприятный сюрприз.

Брюс, пытаясь понять, что за редкий артефакт он приобрел, оставляет покупку на изучение историку и его не по годам умному внуку. Однако Ра’с аль Гулу не составляет труда вычислить нынешнее местоположение ножа. Лишь благодаря роковой случайности он не находит нужную ему вещь. Узнавший о трагедии Уэйн просит Гордона присоединиться к расследованию убийства и пропажи его покупки, делясь с детективом своими знаниями о возможном преступнике. Тем временем София наносит Пингвину визит, а ведомый жаждой мести Загадочник всеми силами пытается взять реванш и отомстить своему тюремщику.

Через полгода после госпитализации Бутча сотрудники больницы решают избавиться от находящегося в коме мужчины, скинув его тело в болото, но не учитывают, что водоем перенасыщен токсичными отходами. Тем временем Брюс разгадывает предназначение ножа, что заставляет его сделать непростой выбор — переходить ли черту, отделяющую его от зла, способного поглотить и изменить юношу навсегда. Между тем Нигма обзаводится неожиданно выгодным другом, а София использует все возможные уловки, чтобы найти уязвимое место Пингвина.

Гордон берется за новое дело — таинственный преступник в маске из свиной головы начинает планомерно расправляться с работающими на Освальда продажными копами. Кроме всего прочего, детектив раскрывает неприятную информацию о своем начальнике, в то время как у Пингвина появляется повод усомниться в искренности намерений Софии. Между тем Эдвард встречает старую знакомую, способную помочь в его беде. У нее, несмотря на нежелание иметь дело с Нигмой, вскоре появляется причина заключить с ним сделку.

Когда профессор Свин преподносит полиции очередной подарок, Освальд выделяет Гордону помощника в поимке убийцы, а вскоре и сам присоединяется к ловле маньяка, что оказывается не лучшим решением. У преступника же оказываются свои планы на Джима, с которым он начинает общаться напрямую. Тем временем, несмотря на заявление Барбары о прекращении совместного бизнеса, Селина решает доказать последней значимость их союза. А переживающий из-за случившегося накануне Брюс меняет привычный образ жизни и снимает с себя груз тяжких воспоминаний с помощью новых знакомств и развлечений.

Нигма с Гранди устраивают на арене собственное шоу, серьезно подрывающее авторитет Пингвина. Прознав про это, Освальд приказывает Барбаре и ее подопечным доставить Эдварда к нему, однако в процессе выполнения задания Табиту ждет шокирующий сюрприз. Между тем Лесли неожиданно для себя вступает в новую должность, а Гордону предлагают занять место капитана центрального отделения полиции города, сместив на посту его друга Харви. Пингвин же, прислушавшись к совету Софии, находит отдушину в воспитательной деятельности, занятие которой вновь заставляет мужчину поставить под вопрос искренность дружеских чувств девушки.

Не успевает Гордон заступить на новую должность, как Свин присылает ему послание. Когда детектив раскрывает место подготовки профессора к грандиозному финалу, тому приходится применить ответные меры. Тем временем Пингвин, желая проверить подозрения насчет неискренности Софии, находит беспроигрышный способ сделать это, не вызывая подозрений. Мисс Фальконе же готовится к благотворительному ужину в честь открытия приюта, не подозревая, что ее интрига окажется мелочью по сравнению с готовящимся безумием. Между тем отношения Брюса и Альфреда становятся все хуже, несмотря на старания последнего помочь подростку справиться с произошедшим.

Разгадав обман Софии, Пингвин решает уничтожить предательницу, не учтя, как долго та готовилась к захвату власти. Между Кобблпотом и молодой Фальконе вспыхивает настоящая война, в то время как на другом конце города Томпкинс приходится противостоять покушающемуся на ее землю конкуренту. Узнав о том, что Свин полностью изменил свою внешность, Гордон решает раскрыть истинный облик преступника, однако немного запаздывает с результатами, что выводит их конфронтацию на новый уровень.

Попытки поймать Свина оканчиваются провалом — Гордон обнаруживает, что тот вновь поменял внешность и покинул город. Однако у капитана полиции появляются более важные дела, когда противостояние Пингвина и Софии начинает перерастать в полномасштабную войну. Стороны стремительно теряют, а потом вновь приобретают власть друг над другом и над мегаполисом. Между тем очередная попытка Альфреда вернуть Брюса на путь добра приводит к печальному результату, София ставит Гордона перед выбором, а Табита делает все, чтобы вернуть Гранди память.

Возродившись в новом теле, Айви использует появившиеся у нее силы для устранения врагов, а также обзаводится помощницей для реализации своих амбициозных планов. Тем временем переехавший в криминальный район Альфред тут же находит неприятности на свою голову, став подозреваемым в преступлении, которого не совершал. Джим же начинает расследование дела о взрыве в одном из зданий на окраине города и вскоре раскрывает инкогнито несостоявшейся жертвы покушения. Табиту же ждут приятные новости, а Нигма узнает ранее скрытые от него детали злодеяний его темной половины.

Айви начинает воплощать в жизнь свой план уничтожения компании Уэйна по разработке пестицидов. Узнав правду о секретном изобретении, девушка решает использовать созданное вещество в своих целях. Между тем отравленный ею Брюс погружается в пучину кошмаров, которые показывают юноше его возможное будущее. Джим продолжает расследование странных смертей и вскоре узнает о новой злодейке Готэма. Освальд же становится объектом интереса другого заключенного, в то время как София находит еще один способ контролировать Гордона.

Используя украденное вещество, Айви передает послание Буллоку, а также готовится к масштабному отмщению людям за издевательство над растениями. Тем временем, узнав о требованиях Софии, Лесли решает выдвинуть ей встречное, более заманчивое предложение. Гордону предстоит сразиться с бывшим боссом, а Нигма решается на отчаянный поступок, не подозревая о планах своего альтер эго. Селину между тем ждет напряженный разговор с бывшей подругой, а Брюс попытается вернуть расположение Альфреда.

Чтобы разобраться с Софией, Гордон восстанавливает Буллока в должности и встречается с бывшим счетоводом Пингвина, работавшим на два фронта и имеющим компромат на мисс Фальконе. Тем временем Загадочник со сбежавшим Оскаром заручаются поддержкой Лесли, а также разрабатывают план перехвата власти и уничтожения соперницы. Селине же приходится обратиться к Брюсу за помощью в деликатном деле, а Барбара начинает замечать за собой странные изменения.

Расследуя, кого и зачем так упорно пытается найти Валеска, Гордон с Буллоком раскрывают темную тайну его прошлого, а также узнают о планах Джерома насчет Готэма. Тем временем Лесли бросает вызов Загадочнику, вступая с ним в опасную игру. Освальд же, посетив званый обед сбежавших фриков, решает заручиться поддержкой Гранди в будущей борьбе за возвращение власти. Он обещает Соломону решить его проблему в обмен на защиту от посягательств соперников.

Не успевает новый мэр начать работу, как он вместе с членами совета становится пленником Джерома и его приспешников. Выступая в прямом эфире на сцене городского музыкального фестиваля, Валеска вызывает на разговор Гордона, выдвигая ему условия спасения заложников, в то время как Буллок узнает о второй части плана психа, помешать которому сможет лишь один человек, случайно оказывавшийся в нужном месте. Между тем Барбара получает подтверждение своей уникальности, а поставившая под сомнение её высказывания Табита попадает в неприятности.

В ответ на изгнание мужчины Лиги Теней принимают единственное, по их мнению, верное решение – воскресить владыку, чтобы тот прекратил самовольства получившей могущество Барбары. Однако когда помогающей им Табите становятся известны планы Ра’с аль Гула, ей срочно приходится сменить сторону ради спасения подруги. Тем временем стараниями Освальда Загадочник переосмысливает свои последние действия, согласившись на сотрудничество с Кобблпотом в целях всеобщего обогащения. Барбару же ждет непростая битва за право сохранить новый статус, а также нелегкий выбор между верностью и властью.

Не успевает Гордон решить по поводу наказания для Лесли, как на полицейский участок нападает банда приспешников Джерома, получившая от того посмертное задание. Уилл в попытках убедить Джеремайю, что его брат в действительности мертв, предлагает тому убедиться в этом лично, не подозревая, что тем самым он запустит цепочку неожиданных и кошмарных событий. Джим же получает зловещее предупреждение, в то время как Загадочник разрабатывает план по спасению любимой, а Освальд пытается воспользоваться ситуацией для осуществления собственных целей.

Узнав о происшествии с Гордоном, Буллок берет на себя управление департаментом полиции, а также становится ответственным за спасение жителей города от намерений целеустремленного Джеремайи. Эд по просьбе Лесли объединяется с Джимом для разгадки замысла Валески, в то время как Освальд решает воспользоваться ситуацией, чтобы завоевать расположение горожан, освободив их от ига злоумышленника. Между тем Брюс, в попытках найти плененного Альфреда, попадает в ловушку психопата.

Заключенный под стражу Джеремайя предлагает Гордону заключить соглашение – разговор с Брюсом в обмен на сведения об остальных спрятанных им бомбах. Тем временем Бутч наконец-то добивается желаемого, однако вскоре его и Табиту ждет удар в спину. Губернатор же ставит во главе полиции своего человека, несгибаемость которого приводит к конфликту с представителями власти. Эд между тем решает расставить все точки над и в его любовном треугольнике с Лесли и Джимом, Барбара получает заманчивое предложение и выдвигает собственное, а Валеска с новым союзником исполняют задуманное, заставляя Уэйна пересмотреть свое предназначение.