Après la vague de folie qui a manqué de ravager Gotham, le Pingouin a mis en place un système de permis pour les hors-la-loi, permettant une régulation du crime dans la ville dont il bénéficie personnellement en corrompant les membres du système judiciaire.

Gordon, Bullock et une poignée de policiers font une descente dans l'ancienne résidence de Crane et découvrent tout un laboratoire et des produits chimiques. Ils trouvent aussi Grady suspendu comme un épouvantail. L'homme affolé les prévient qu'un grand danger arrive.

En l'an 125, dans la péninsule Arabique, un guerrier décédé est pris sur le champ de bataille et placé dans un bassin de guérison, connu sous le nom de Puits de Lazare. Le soldat ressuscité, le futur Ra's, est chargé par son maître de trouver son futur héritier, et a reçu un couteau de cérémonie.

Au musée d'histoire naturelle de Gotham, Bruce accompagné d'Alfred confie la dague au professeur Niles Winthrop et son petit-fils Alex pour une expertise approfondie. Après s'être absenté, c'est au tour de Ra's de venir.

Bruce se sent coupable pour la mort d'Alex. En étudiant la dague, il comprend qu'elle est le seul objet pouvant tuer Ra's mais Alfred lui rappelle sa promesse : pas de meurtre. Lorsque Jim apprend que Ra's va être renvoyé dans son pays grâce à l'immunité diplomatique, il en informe Alfred mais Bruce entend tout et décide de s'introduire à Blackgate en pleine nuit pour tuer Ra's.

Un nouveau criminel apparait dans les rues de Gotham : un tueur exécute des agents corrompus par le Pingouin, le visage recouvert d'une tête de cochon. Les corps s'accumulent et le tueur est insaisissable.

Le Professeur Pyg ayant décidé de s'attaquer de front à tous les policiers corrompus par le Pingouin. Le chef mafieux et son exécuteur temporaire, le chasseur de tête, prend les devants et force le GCPD à collaborer avec ses meilleurs hommes de main, désapprouvé par Gordon et Sofia Falcone, qui prévient Cobblepot de la mauvaise publicité en cas d'échec de l'alliance.

Cobblepot apprend que Nygma est dans les Narrows où il le tourne en dérision entre deux combats d'arène. Il s'associe avec Barbara, Tabitha et Selina, et les charge de le lui ramener. Cobblepot envoie aussi Bridgit Pike pour les tuer au cas où elles échoueraient.

La nomination de Gordon au poste de capitaine du GCPD ne fait pas l'unanimité : Bullock accepte difficilement la nouvelle et Cobblepot soupçonne que Sofia Falcone est derrière le choix du maire, qui a disparu depuis.

Cobblepot en a assez du double jeu de Sofia Falcone et veut se débarrasser de l’héritière, mais celle-ci a constamment un coup d'avance et ne recule devant rien pour faire tomber le Pingouin et prendre sa place. Gordon ne veut plus se mêler de la guerre entre mafieux, trop occupé par découvrir la véritable identité du Professeur Pyg.

Alors que Nygma est hantée par sa double personnalité : l'Homme Mystère, Grundy est enlevé par Tabitha et est frappé à plusieurs reprises sur la tête pour essayer de lui raviver ses souvenirs. Elle abandonne, mais Grundy se réveille rapidement, prononçant un discours avec une mentalité supérieure et se souvenant de sa vie passée en tant que Butch Gilzean.

Nygma finit par succomber à sa double personnalité, l'Homme Mystère, et avec l'intention de renverser Lee en tant que chef des Narrows, il embauche Griffin Krank pour l'assassiner pendant qu'elle donne un discours pour réunifié tout les gangs des Narrows. Cependant, la tentative d'assassinat échoue, incitant un bombardement à la place.

Ivy commence à enquêter sur le "Projet M", menée par Wayne Enterprises et impliquant l'expérimentation et la mort de plusieurs plantes, rendant la jeune femme ivre de colère.

Nygma commence à envisager le suicide afin de tuer sa double personnalité mais opte plutôt de retourner à l'asile d'Arkham. Cependant, alors qu'il est sur le point de se faire interner volontairement, Oswald réapparaît et il lui révèle qu'il a spécifiquement écrit la lettre afin que sa double personnalité la lise et ramène Nygma à Arkham.

Bullock et Gordon tentent de retrouver quelqu'un qui joue un rôle clé dans le contrôle de Sofia sur Gotham. Pendant ce temps, Penguin, Lee et Nygma recrutent un allié improbable alors qu'ils cherchent à se venger, et Selina demande à Bruce une faveur pour l'aider à la débarrasser de sa culpabilité envers Ivy.

Gordon et Bullock tentent de garder une longueur d'avance alors que Jerome se rapproche de sa prochaine cible. Pendant ce temps, Nygma organise un jeu d'énigmes dans les Narrows et fait face à son challenger le plus dur dans Lee Thompkins, et Penguin va voir Butch avec une proposition.

Les détenus d'Arkham courent encore librement à Gotham et ils deviennent de plus en plus difficiles à attraper. Gordon développe un plan, mais à contrecoeur doit se tourner vers Bruce pour obtenir de l'aide. Pendant ce temps, Barbara découvre à quel point ses nouveaux amis sont prêts à aller pour elle.

Gordon et Bullock tentent de découvrir qui est le voleur intelligent derrière les vols de diverses succursales bancaires à Gotham. Pendant ce temps, Barbara est mise en danger, forçant Tabitha à recruter de l'aide.

Le chaos éclate à la GCPD, envoyant Gordon sur une chasse aux oies sauvages pour le coupable derrière la prise de contrôle de masse. Pendant ce temps, un ami de Bruce devient paranoïaque, entraînant un comportement imprudent et destructeur.

Alors que Gotham tombe dans l'anarchie complète, une équipe de héros improbables se lève pour la sauver. Bullock prend la tête à la GCPD et les limites psychologiques de Bruce sont testées car ceux qui sont proches de lui sont mis en danger.

Jérémie prévient un Gordon sceptique de plus de destruction venant de Gotham, et Gordon est forcé de prendre une décision potentiellement dévastatrice. Pendant ce temps, Barbara rassemble une équipe pour assurer sa position, comme des alliances dans le monde souterrain et prouver que personne ne peut faire confiance. Ensuite, Bruce est obligé de se réconcilier avec l'avenir.