Ли собирается незаметно сбежать из Готэма и надеется, что Гордон покинет город вместе с ней. Джиму становится всё тяжелее справляться с вирусом. Барбара и Нигма предлагают полиции обменять Тэтча на Пингвина.

После взрыва бомбы с вирусом жители Готэма начинают превращаться в переполненных яростью чудовищ. Полиции всё сложнее справляться с растущим количеством преступлений, из-за чего в городе воцаряется хаос. Однако у Люциуса Фокса есть хорошая новость по поводу антидота.

Новый наставник Брюса помогает ему отомстить Совиному суду за убийство Томаса и Марты Уэйн. Пока Гордон ищет Ли с вирусом, Буллок и Альфред идут по следам "похитителей" Брюса. Между тем Нигма воссоединяется со старыми союзниками.

Освальд попадает в плен к Суду Сов и к огромному удивлению Нигмы оказывается в соседней с ним клетке. После нескольких вспышек конфликта враги решают на время объединиться, чтобы сбежать от Суда. Тем временем Альфред узнаёт, что Брюса подменили, и сообщает об этом Джиму и Харви.

Ли проводит экспертизу и приходит к выводу, что Фрэнка застрелили. Она приходит к Буллоку, требуя допросить Джима. Харви боится, что Ли может создать проблемы. Тем временем поступает сообщение о таинственном переводе Барнса из больницы Аркхем. Позже детективы выясняют, что этот "перевод" на самом деле был похищением, а оружием Суда Сов должен стать вирус Алисы Тэтч.

Айви предлагает своему новому напарнику создать войско из уродцев. Джим встречается с Кэтрин, и та говорит, что он должен доказать свою преданность Суду сов. Между тем на сцене вновь появляется Загадочник. Он оставляет своему бывшему другу Джиму Гордону особое послание, в котором есть подсказка о следующей жертве.

Джим начинает расследовать обстоятельств смерти своего отца, но внезапно узнает от Фрэнка, что Суд cов хочет уничтожить Готэм. Таким образом Суд планирует «очистить» и отстроить город заново. Тем временем Брюс попадает в ловушку, а Освальд разрабатывает план мести.

Пока Джим Гордон разбирается с семейной драмой, Харви и Фокс пытаются поймать разбушевавшегося Загадочника. После смерти Освальда Нигма хочет найти себе равного по интеллекту, чтобы заполнить образовавшуюся пустоту. Его жертвами становятся светлейшие умы Готэма.

У полиции появляется еще больше проблем, когда Джером призывает жителей Готэма выпустить свою скрытую безумную сущность наружу. Пингвин узнает о заговоре Нигмы и Барбары. Джим подозревает, что Джером отправится к Брюсу, чтобы завершить начатое.

Джим и Харви понимают, что Поллард хочет оживить Джерома, а тем временем сам Поллард испытывает трудности в осуществлении плана. Потерпев неудачу, он решает самостоятельно возглавить толпу несогласных безумцев. Селина узнает правду о своей матери, а Освальд пытается вернуть себе власть.

Лесли и Фальконе решают отомстить Джиму за Марио. Освальд готовится к крайне важному интервью, но ему мешает сосредоточиться возникающий из ниоткуда призрак отца. Тем временем Гордон и Буллок занимаются делом об оживающих трупах.

Барбара намекает Нигме, кто мог бы хотеть гибели его возлюбленной, и наблюдает, как семена подозрения стремительно разрастаются в его душе. Брюс, несмотря на то, что друзья из Украины пропали так же стремительно, как и появились, решает в одиночку выкрасть неизвестно что из хранилища Совиного суда, а заодно разобраться в более важных проблемах — состоит он в отношениях с Селиной или нет. А Джим случайно нападает на след нового убийцы, зараженного вирусом Алисы Тэтч, и даже не подозревает, куда приведет его расследование.

На Кармайна Фальконе внезапно совершают неудачное покушение. Бывший босс мафии, конечно, отошел от дел, но еще имеет достаточно власти, чтобы перевернуть город вверх дном и найти злоумышленников. Опасающийся беспорядков Джим просит Фальконе повременить и предоставить эту работу полиции. Теперь у него есть сутки, чтобы выяснить, кто из многочисленных врагов босса мафии возжелал его смерти настолько, что перешел от мыслей к действию. Тем временем Брюс пытается понять, кто охотится за Айви и таинственным ключом, и случайно знакомится с еще парой страниц криминальной истории Готэма.

Джим понимает, что с Барнсом что-то не так, и решает за ним проследить. А Барнс вдруг сообщает Джиму, что нашел подозреваемого в убийстве доктора Саймона и предлагает задержать его вместе. Тем временем безутешный Эдвард Нигма оплакивает возлюбленную. Освальд, конечно, всегда готов подставить другу плечо. А к Селине неожиданно заваливается подросшая Айви и рассказывает, как забавно мужчины реагируют на взрослых девушек, а заодно съедает всю еду. А потом вслед за ней к Селине заваливаются люди с арбалетами.

Джим возвращается на службу, и теперь ему предстоит работать бок о бок с Ли. Неловкости не заставляют себя ждать. Нигма боится, что темная сторона возьмет над ним верх, и решает расстаться с Изабеллой. А капитан Барнс использует свои способности для самостоятельного расследования дел, но быстро понимает, что очень легко поддаться соблазну забыть о законе и решить все проблемы простым путем.

За похищение Лесли Томпкинс и попытку убийства Валери Вейл, Джарвиса Тэтча теперь разыскивает вся полиция Готэма. Гордона, однако, к расследованию никто допускать не стремится, ведь он больше не полицейский. Мэр Освальд расстроен, что Нигма не собирается сопровождать его на вечер основателей Готэма, предпочтя пышному приему ужин с новой знакомой, и ищет способы расстроить любовь друга. А у Джарвиса Тэтча на вечер основателей свои планы.

Джарвис Тэтч всерьез убежден, что в смерти его сестры Алисы повинен Джим Гордон. Движимый жаждой мести, Тэтч разрабатывает сложный план, наполненный невинными жертвами и стихами собственного сочинения, который должен наполнить дальнейшую жизнь Гордона бесконечными страданиями. А новый мэр Готэма пытается набраться храбрости и признаться своему новому лучшему другу в любви.

Не успел Освальд победить на выборах, как сразу же столкнулся с проблемой, которая не миновала ни одного мэра Готэма во время произнесения фразы «Готэм станет безопасным»: неизвестные в масках с автоматами устраивают показательную акцию устрашения прямо перед зданием мэрии. Для расследования инцидента Освальд отправляет своего руководителя администрации Эдварда Нигму в полицейский участок Готэма. Нигма рад снова увидеть знакомые лица, а вот его появление восторга не вызывает. Брюс нанимает Джима разыскать Селину Кайл, а сам Джим пытается разобраться в своих отношениях с Вейл.

Наступает день выборов мэра Готэма. Нигма пытается убедить Кобблпота, что тот выиграет, не прибегая к взяткам, но Бутч советует подстраховаться. Алиса попадает в полицейский участок, и Тэтч планирует наведаться туда с братьями-рестлерами, чтобы похитить любимую сестру.

В клубе Барбары выступает недавно приехавший в Готэм гипнотизер Джарвис Тэтч, который оказывается невероятно искусен в своем ремесле. Вскоре мистер Тэтч обращается к Джиму Гордону с просьбой найти его сестру Алису, сбежавшую из клиники Стрейнджа. Тем временем Брюс Уэйн встречает свою копию и разрешает двойнику остаться у себя в поместье.

Брюс удостаивается аудиенции с представительницей группы, тайно управляющей всеми темными делами в Готэме. Валери Вейл обещает помочь Джиму поймать Фиш Муни в обмен на сюжет. Тем временем сама Фиш ищет, где спецслужбы прячут доктора Стрейнджа.

Спустя шесть месяцев после событий предыдущего сезона Барнс возвращается на свою должность, а Джим становится охотником за головами, отлавливающим беглецов из Индиан Хилл. Фокс начинает работать в полицейском участке. Фиш Муни возглавляет группу из нескольких бывших пациентов Стрейнджа.