Gordon przeczesuje ulice Gotham jako łowca nagród szukający szalonego naukowca, Hugo Strange’a, i wskrzeszonej przez niego groźnej Fish Mooney.

Profesor Strange jest wciąż na wolności, ale Fish robi wszystko, by go znaleźć. Tymczasem Gordon i dziennikarka, Valerie Vale, próbują dopaść samą Fish.

Gordon zgadza się pomóc Jervisowi Tetchowi, zwanemu Szalonym Kapelusznikiem, znaleźć jego zaginioną siostrę, Alice. Pingwin postanawia kandydować na burmistrza.

Pingwin jest bliski zostania burmistrzem Gotham. Bruce i Alfred przeczesują miasto w poszukiwaniu sobowtóra Bruce’a, który przejął też jego tożsamość.

Bruce szuka Ivy, a nowo wybrany burmistrz Cobblepot musi rozliczyć się z wyborczych obietnic oraz znaleźć sposób na szaleńczo rosnącą przestępczość.

Sadystyczny Szalony Kapelusznik zmusza Gordona do podjęcia trudnej decyzji. Kochający zagadki Edward Nygma zauważa znajomą twarz.

Niespodzianka przygotowana przez Szalonego Kapelusznika zapewnia Gordonowi wycieczkę w głąb psychodelicznej króliczej jamy. Pingwin ma problem z nowym związkiem Nygmy.

Barnes nie może dojść do siebie i pogrąża się w szaleństwie. Nygma czuje się zagubiony w swoim związku z Isabellą. Falcone urządza przyjęcie zaręczynowe dla Lee i Mario.

Gordon prosi Bullocka o przyjrzenie się Barnesowi. Nygma zwraca się do Pingwina, gdy otrzymuje straszne wieści. Ivy zwierza się Bruce’owi i Selinie.

Przed próbną kolacją Lee i Mario ujawnione zostaje nowe zagrożenie. Bruce zaczyna odkrywać tajemnice związane z Trybunałem Sów.

Wirus rozprzestrzenia się w Gotham, a ktoś włamuje się do laboratorium pracującego nad lekarstwem. Mario postanawia zająć się Gordonem jeszcze przed ślubem.

Gordon i Bullock dowiadują się, że ktoś planuje wskrzesić ich dawnego wroga. Matka Seliny wraca do Gotham, a Pingwin przygotowuje się do ważnego występu w telewizji.

Decyzja Dwighta o wskrzeszeniu Jerome’a wywołuje wielką ekscytację wśród jego wyznawców. Konflikt między Pingwinem a Nygmą robi się coraz ostrzejszy.

Jerome bierze Bruce’a na cel. Stryj Gordona wpada z wizytą. Dochodzi do konfrontacji Pingwina i Nygmy.

Nygma prezentuje swoje alter ego — Pana Zagadkę — co oznacza, że Gotham zyskało kolejnego złoczyńcę. Na jaw wychodzą zatrważające informacje o śmierci ojca Gordona.

Miastu zagraża przerażająca broń. Bruce rozpoczyna nauki u Szamana. Gordon odkrywa zaskakujące powiązania w swoim drzewie genealogicznym.

Atmosferę Gotham przenika chłód i strach. W mieście dochodzi do spotkania najgorszych złoczyńców, z Panem Mrozem na czele, którzy chcą ze sobą współpracować.

Gordon odkrywa straszliwą prawdę oraz żąda, by Kathryn pozwoliła mu wziąć udział w obradach Trybunału Sów. Bruce zwiększa intensywność treningów.

Szaman zdradza swoje intencje. Niezwykłe odkrycie rzuca nowe światło na tajemnice półświatka Gotham. Pingwin i Pan Zagadka są zmuszeni współpracować.

Śmiercionośny wirus zagrażający Gotham sprawia, że najbardziej szaleni złoczyńcy tego miasta łączą siły. Młody Bruce jest gotów zaakceptować swoje przeznaczenie.

Sytuacja w Gotham robi się coraz trudniejsza, ale poszukiwania antidotum trwają. Trójka złoczyńców zdradza swoje plany. Bruce stara się uwolnić z więzów przeszłości.

With the deadly virus spreading throughout the city, the search for the antidote continues, as Fish Mooney, The Riddler and Penguin reveal plans of their own. Bruce meets Ra's al Ghul and completes his last task in order to fulfill his destiny, but realizes he can't let go of his past. Meanwhile, Gordon tries to win back Lee, and past alliances within Gotham City are broken, while new alliances are formed.