Gordon sale a las calles de Gotham como cazador de recompensas para atrapar al supervillano y científico loco Hugo Strange y a la criatura que reanimó, Fish Mooney.

El profesor Strange sigue en fuga, pero Fish está decidida a encontrarlo. Mientras tanto, Gordon y la periodista Valerie Vale intentan hallar a Fish.

Gordon se ofrece para ayudar al recién llegado Jervis Tetch, alias el Sombrero Loco, a encontrar a su hermana Alice. Por otra parte, el Pingüino se propone como alcalde.

Mientras el Pingüino hace campaña para convertirse en alcalde, Bruce y Alfred barren la ciudad para encontrar al doble de Bruce, que ha asumido por completo su identidad.

Mientras Bruce busca a Ivy, el nuevo alcalde Cobblepot se enfrenta a todas las promesas que hizo en campaña y a niveles de crimen nunca antes vistos.

El sádico Sombrerero Loco obliga a Gordon a tomar una decisión agónica. El amante de los acertijos Edward "Ed" Nygma se reencuentra con un rostro del pasado.

Una discusión con el Sombrerero Loco hace que Gordon caiga por un agujero de conejo psicodélico. El Pingüino intenta aceptar la naturaleza de la nueva relación de Nygma.

Mientras Barnes enloquece, Nygma navega por su relación con Isabella. Falcone ofrece una fiesta de compromiso para Lee y Mario.

Gordon le pide a Bullock que investigue a Barnes, y Nygma acude al Pingüino cuando recibe noticias devastadoras. Ivy se sincera con Bruce y Selina.

Surge una nueva amenaza antes de la cena de ensayo de Lee y Mario, Bruce empieza a desentrañar los secretos que rodean a la Corte de los Búhos.

El virus se propaga por la ciudad y el laboratorio de Gotham donde intentan encontrar la cura se ve comprometido. Gordon y Mario se enfrentan antes de la boda.

Gordon y Bullock descubren planes sombríos para revivir a un viejo enemigo. La madre de Selina regresa a Gotham, el Pingüino se prepara para el horario estelar.

La decisión de Dwight para revivir a Jerome pone frenéticos a sus seguidores. La lucha de poder entre el Pingüino y Nygma se intensifica.

Jerome hace de Bruce su próximo objetivo. Por otra parte, el tío de Gordon llega de visita, y el Pingüino y Nygma se enfrentan a sus asuntos.

Gotham se enfrenta a un nuevo villano cuando Nygma se presenta como "el Acertijo". Surgen detalles perturbadores sobre la muerte del padre de Gordon.

Una terrible arma amenaza a la ciudad, Bruce empieza sus lecciones con el Chamán. Mientras tanto, Gordon descubre vínculos desconcertantes en su árbol genealógico.

Gotham tiembla cuando algunos de los más famosos villanos, incluyendo al señor Frío, se reúnen en grandes cantidades.

Mientras las peores verdades salen a la luz, Gordon presiona a Kathryn por un lugar en la Corte de los Búhos. Bruce intensifica su entrenamiento.

Mientras el Chamán muestra su mano, un descubrimiento increíble libera los secretos del bajo mundo de Gotham. El Pingüino y el Acertijo deben trabajar juntos.

Un virus mortal se cierne sobre Gotham, algunos de los villanos más retorcidos unen fuerzas, y el joven Bruce comienza a aceptar su destino.

La búsqueda del antídoto se intensifica mientras la oscuridad cubre Gotham y un trío de villanos hace planes. Bruce intenta dejar atrás su pasado.

With the deadly virus spreading throughout the city, the search for the antidote continues, as Fish Mooney, The Riddler and Penguin reveal plans of their own. Bruce meets Ra's al Ghul and completes his last task in order to fulfill his destiny, but realizes he can't let go of his past. Meanwhile, Gordon tries to win back Lee, and past alliances within Gotham City are broken, while new alliances are formed.