Gordon ger sig ut som prisjägare i Gotham i hopp om att hitta den galna vetenskapsmannen och superskurken Hugo Strange och hans återupplivade försöksperson, Fish Mooney.

Professor Strange är på fri fot, och Fish letar efter honom överallt. Samtidigt letar Gordon och journalisten Valerie Vale efter Fish.

Gordon bestämmer sig för att hjälpa Jervis Tetch, som nyss kommit till Gotham, att hitta sin försvunna syster Alice. Samtidigt förbereder Pingvinen sin borgmästarkampanj.

Pingvinen har bestämt sig för att bli Gothams nya borgmästare, och Bruce och Alfred letar febrilt efter Bruces dubbelgångare som har stulit hans identitet.

Bruce letar efter Ivy, och Cobblepot försöker som nyutnämnd borgmästare få någon ordning på alla sina vallöften och samtidigt hantera den rekordhöga brottsligheten.

Jervis Tetch visar sin sadistiska sida och tvingar Gordon att göra ett omöjligt val. Problemlösaren Edward ”Ed” Nygma tar upp kontakten med en gammal bekant.

Jervis Tetch lyckas droga Gordon, som får kraftiga hallucinationer. Pingvinen har svårt att acceptera Nygmas nya relation.

Barnes är på väg att förlora förståndet alldeles, Nygma har svårt att hantera sin relation med Isabella, och Falcone ordnar en förlovningsfest för Lee och Mario.

Ett nytt hot dyker upp strax före Lee och Marios genrepsmiddag inför bröllopet, och Bruce börjar gräva i hemligheterna kring Ugglornas råd.

Viruset sprider sig över Gotham, och någon bryter sig in på det laboratorium där man försöker ta fram ett botemedel. Gordon och Mario ryker ihop före bröllopet.

Gordon och Bullock avslöjar onda planer på att återuppväcka en gammal fiende, Selinas mamma återvänder till Gotham, och Pingvinen förbereder sig för en tv-intervju.

Dwights beslut att återuppväcka Jerome från de döda väcker uppståndelse bland hans anhängare. Pingvinen och Nygmas konflikt tätnar.

Jerome är ute efter Bruce. Gordon får besök av sin farbror, och Pingvinen och Nygma konfronterar varandra.

Gotham får en ny märklig skurk när Nygma presenterar sig som Gåtan. Gordon får tag på oroväckande information om sin fars död.

Staden hotas av ett fruktansvärt vapen, Bruce inleder sina lektioner hos shamanen, och Gordon hittar överraskande kopplingar i sitt släktträd.

Stämningen blir mer än lovligt kylig när Gothams mest välkända skurkar – däribland mr Fries – samlas för ett möte.

Fruktansvärda sanningar uppdagas, och Gordon försöker övertyga Kathryn om att han ska få vara med i Ugglornas råd. Bruces träning intensifieras.

Shamanen berättar mer om sina planer, en glittrande upptäckt ger Gordon och Bullock hemlig information om Gothams undre värld, och Pingvinen och Gåtan tvingas samarbeta.

Gotham hotas av ett dödligt virus, samtidigt som stadens mest galna skurkar slår sig samman, och Bruce inser att han inte har något annat val än att acceptera sitt öde.

Sökandet efter ett botemedel intensifieras medan mörkret sprider sig över Gotham – och tre skurkar smider sina onda planer. Bruce har svårt att släppa sitt förflutna.

Säsongsavslutning. Gordon försöker vinna tillbaka Lee samtidigt som gamla allianser bryts och nya formas.