Gordon trabaja en una Gotham llena de monstruos como un cazarecompensas y trata de encontrar respuestas sobre los fugados de Indian Hill, y sobre el porqué de que sus poderes parezcan estar matándoles. Mientras, el doble de Bruce deambula por las calles, y Barbara y Tabitha abren un club nocturno llamado The Sirens.

Fish Mooney toma cartas en el asunto y se dispone a localizar a Hugo Strange, forzando a Gordon a formar equipo a regañadientes con la periodista Valerie Vale para encontrarla. La popularidad de Penguin crece después de criticar el trabajo del Departamento de Policía de Gotham City y la investigación de Bruce sobre la Corte de los Búhos se ve comprometida. Mientras tanto, Ivy Pepper es reintroducida en Gotham City.

El hipnotizador Jervis Tetch / Sombrerero Loco llega a Gotham para buscar a su hermana, Alice, y contrata a Gordon para que le ayude a encontrarla. Mientras tanto, Pingüino decide presentarse a alcalde y el doble de Bruce empieza a canalizarlo, causando cierta confusión en la ciudad.

El Pingüino gana poder mientras se centra en la nominación para alcalde de Gotham. Mientras tanto, Gordon lleva a Alice al Departamento de Policía de Gotham para cobrar la recompensa. Además, Bruce y Alfred corren para encontrar al doble de Bruce después de descubrir que ha asumido la identidad de Bruce.

El crimen en Gotham está en el punto más alto de su historia, y Penguin trata de mantener sus promesas a la ciudad. Mientras tanto, Butch va por el mal camino con la infame banda de Red Hood y Bruce comienza a investigar dónde está Ivy.

El Sombrerero Loco elige a sus próximas víctimas, forzando a Jim Gordon a tomar difíciles decisiones. Mientras tanto, la relación de Penguin y Nygma sigue avanzando, y un rostro conocido vuelve a la vida de Nygma.

Tras entrar en contacto con una sustancia administrada por el Sombrerero Loco, Jim Gordon hace un viaje psicodélico y debe enfrentar su pasado, presente y futuro. Mientras tanto, Penguin enfrenta la nueva relación de Nygma.

Barnes comienza a sentir los efectos de un incidente reciente y empieza a volverse loco. Mientras tanto, Nygma profundiza su relación con Isabella y Carmine Falcone le celebra a Lee y Mario Falcone una fiesta de compromiso.

En la víspera de su cena de ensayo, una amenaza para Mario y Lee es expuesta, por lo que Falcone busca la ayuda de Jim. Mientras tanto, Nygma busca venganza y Bruce descubre más sobre La Corte de los Búhos.

A medida que el virus comienza a propagarse por Gotham, el laboratorio que está desarrollando una cura es atacado. Mario y Gordon tienen un enfrentamiento antes de la boda, Selina se reencuentra con una cara inesperada y Barbara se acerca a Edward Nygma con información sobre Isabella.

Falcone pone precio a la cabeza de Gordon después de descubrir que disparó a Mario. Gordon y Bullock descubren a un seguidor de Jerome que planea devolverlo a la vida. Mientras tanto, El Pingüino se sale de control antes de la entrevista televisiva más importante de su carrera por la alcaldía y Bruce y Selina lidian con el regreso de la madre de Selina.

Escapando de Gordon y Bullock, Dwight trata de revivir a Jerome y, a su vez, activar a sus acólitos a lo largo de Gotham. Mientras tanto, las intenciones de la madre de Selina en Gotham se revelan, y el juego de poder entre el Pingüino y Nygma se intensifica conforme los planes de Barbara se establecen.

Con Jerome suelto y con un objetivo en mente, la seguridad de Bruce y Alfred está comprometida. Mientras tanto, el tío de Gordon, Frank, le hace una visita, y Nygma y el Pingüino se ven obligados a enfrentar sus problemas cara a cara, con posibles consecuencias mortales.

Nygma se convence de que no necesita al Pingüino para tener éxito y comienza a presentarse en Gotham como "el Acertijo". Bullock y Lucius Fox quedan atrapados en los juegos mentales de Nygma, mientras que Gordon recibe noticias inquietantes sobre la muerte de su padre. Mientras tanto, la Corte de los Búhos revela su próximo movimiento.

La Corte de los Búhos elabora un nuevo plan relacionado con el futuro de Gotham, mientras Gordon descubre información sobre el pasado de su padre y tío, ambos conectados con la organización. Mientras tanto, Bruce se despierta en un templo y descubre lo que el Chaman desea para él.

Algunos de los villanos más trastornados de Gotham se unen, mientras que el Acertijo continúa su conquista de la ciudad. Gordon sale en busca de respuestas y todos los caminos lo llevan de vuelta hacia la Corte de los Búhos. Mientras tanto, cuando Alfred empieza a notar un cambio en Bruce, Bruce 2 confía en Selina.

Gordon descubre el arma que la Corte de los Búhos planea utilizar para destruir Gotham, lo cual lo conduce por un camino peligroso mientras los rastrea. Mientras tanto, Kathryn y el Chaman del Templo revelan su próximo paso a Bruce, y Ivy llega a la ayuda de Selina.

El Chamán del templo le revela su mano a Bruce Wayne y establece la siguiente fase de entrenamiento. Gordon y Bullock entran en peligro cuando se encuentran con una lechuza de cristal que revela los secretos más codiciados del inframundo de Gotham. Mientras tanto, Nygma y el Pingüino se ven obligados a trabajar juntos para salir de una situación difícil.

Gordon corre a contra reloj para salvar a la ciudad del virus Alice Tetch, cuando Lee Thompkins lo intercepta con su propio plan. Además, Alfred ve un gran cambio en Bruce Wayne después de su entrenamiento con el Chamán. Mientras tanto, algunos de los villanos más desquiciados de Gotham se unen.

Con el virus mortal propagándose por toda la ciudad, la búsqueda del antídoto continúa, mientras que Fish Mooney, el Acertijo y el Pingüino revelan sus propios planes. Bruce conoce a Ra's Al Ghul y completa su última tarea para cumplir con su destino, pero se da cuenta de que no puede dejar de lado a su pasado. Mientras tanto, Gordon trata de recuperar a Lee, y las alianzas pasadas en Gotham se rompen mientras se forman unas nuevas.

Con el virus mortal propagándose por toda la ciudad, la búsqueda del antídoto continúa, mientras que Fish Mooney, el Acertijo y el Pingüino revelan sus propios planes. Bruce conoce a Ra's Al Ghul y completa su última tarea para cumplir con su destino, pero se da cuenta de que no puede dejar de lado a su pasado. Mientras tanto, Gordon trata de recuperar a Lee, y las alianzas pasadas en Gotham se rompen mientras se forman unas nuevas.