Ο Γκόρντον βγαίνει στους δρόμους του Γκόθαμ σαν κυνηγός κεφαλών, ψάχνοντας τον μοχθηρό παρανοϊκό επιστήμονα Χιούγκο Στρέιντζ και το τερατούργημά του, τη Φις Μούνεϊ.

Ο καθηγητής Στρέιντζ κυκλοφορεί ακόμη ελεύθερος, αλλά η Φις εξακολουθεί να τον ψάχνει. Παράλληλα, ο Γκόρντον και η δημοσιογράφος Βάλερι Βέιλ ψάχνουν να βρουν τη Φις.

Ο Τζέρβις Τετς, γνωστός και ως Μαντ Χάτερ, καταφτάνει στο Γκόθαμ και ο Γκόρντον τον βοηθά να βρει την αδερφή του, Άλις. Παράλληλα, ο Πιγκουίνος κατεβαίνει για δήμαρχος.

Ο Πιγκουίνος είναι βέβαιος ότι θα βγει δήμαρχος του Γκόθαμ, ενώ ο Μπρους και ο Άλφρεντ χτενίζουν την πόλη για να βρουν τον πανομοιότυπο σωσία του Μπρους.

Και ενώ ο Μπρους ψάχνει να βρει την Άιβι, ο νεοεκλεγείς Δήμαρχος Κόμπλποτ βρίσκεται μπροστά από μια στοίβα προεκλογικές υποσχέσεις και πρωτοφανή εγκλήματα.

Ο πλέον σαδιστής Μαντ Χάτερ αναγκάζει τον Γκόρντον να πάρει μια επώδυνη απόφαση. Ο αινιγματικός Έντουαρντ "Εντ" Νίγκμα ξαναβρίσκει κάποιον από το παρελθόν.

Ο Γκόρντον συναντά τον Μαντ Χάτερ και πέφτει σε ψυχεδελικό τριπ. Ο Πιγκουίνος πασχίζει να αποδεχτεί τη φύση της νέας σχέσης του Νίγκμα.

Και ενώ ο βαθύτατα θιγμένος Μπαρνς αποτρελαίνεται, ο Νίγκμα χτίζει τη σχέση του με την Ιζαμπέλα. Ο Φαλκόουν οργανώνει πάρτι για τον αρραβώνα της Λι και του Μάριο.

Πριν από τη δεξίωση της Λι και του Μάριο, μια νέα απειλή αναδύεται και ο Μπρους αρχίζει να αποκαλύπτει μυστικά που αφορούν στην Αυλή των Γλαυκών.

Και ενώ ο ιός εξαπλώνεται στην πόλη, κάποιος παραβιάζει το εργαστήριο του Γκόθαμ που ψάχνει να βρει τη θεραπεία. Ο Γκόρντον και ο Μάριο συγκρούονται πριν από το γάμο.

Ο Γκόρντον και ο Μπούλοκ ξεθάβουν σκοτεινά σχέδια ανάστασης ενός παλιού εχθρού. Η μητέρα της Σελίνα γυρίζει στο Γκόθαμ και ο Πιγκουίνος ετοιμάζεται για δυνατή εμφάνιση.

Η απόφαση του Ντουάιτ να αναστήσει τον Τζερόμ προκαλεί φρενίτιδα στους ακόλουθούς του. Η δίψα για εξουσία του Πιγκουίνου και του Νίγκμα αυξάνεται.

Ο Τζερόμ βάζει στο μάτι τον Μπρους. Ο Γκόρντον δέχεται επίσκεψη από το θείο του, ενώ ο Πιγκουίνος και ο Νίγκμα έρχονται κατά μέτωπο αντιμέτωποι με τα ζητήματά τους.

Ο Νίγκμα υποδέχεται τον Γρίφο και το Γκόθαμ αποκτά έναν αμφιλεγόμενο νέο κακό. Ανησυχητικές λεπτομέρειες για το θάνατο του πατέρα του Γκόρντον έρχονται στην επιφάνεια.

Ένα νέο τρομερό όπλο απειλεί την πόλη και ο Μπρους ξεκινά εκπαίδευση. Παράλληλα, ο Γκόρντον ανακαλύπτει αναπάντεχους δεσμούς στο οικογενειακό του δέντρο.

Η ατμόσφαιρα του Γκόθαμ εντείνεται όταν κάποιοι ένδοξοι κακοί της πόλης, μεταξύ των οποίων και ο κύριος Φριζ, μαζεύονται να μιλήσουν μαζικά.

Τρομακτικές αλήθειες βγαίνουν στην επιφάνεια και ο Γκόρντον πιέζει την Κάθριν για μια θέση στην Αυλή των Γλαυκών. Παράλληλα, η εκπαίδευση του Μπρους εντατικοποιείται.

Όταν ο σαμάνος αποκαλύπτει το σκοπό του, μια απίθανη ανακάλυψη φέρνει στο φως μυστικά του υποκόσμου του Γκόθαμ. Ο Πιγκουίνος και ο Γρίφος αναγκάζονται να συνεργαστούν.

Ένας θανατηφόρος ιός απειλεί το Γκόθαμ και κάποιοι από τους πιο μανιακούς κακούς ενώνουν τις δυνάμεις τους, ενώ ο μικρός Μπρους ετοιμάζεται να αποδεχτεί τη μοίρα του.

Το σκοτάδι απλώνεται στο Γκόθαμ και η αναζήτηση για το αντίδοτο εντείνεται, ενώ μια τριάδα κακών καταστρώνει σχέδια. Ο Μπρους πασχίζει να ξεχάσει το παρελθόν του.

Ενώ υπάρχουν μπλόκα παντού στο Γκόθαμ, η Λι σχεδιάζει να φύγει απ' την πόλη και ο Γκόρντον κάνει μια πρόταση στον Νίγκμα. Ο Μπρους επιτίθεται στον Άλφρεντ.