Gordon tager ud i Gothams gader for at finde den skøre videnskabsmand og superskurk Hugo Strange og hans assistent Fish Mooney.

Professor Strange er stadig på fri fod, men Fish er fast besluttet på at finde ham. Samtidig leder Gordon og journalisten Valerie Vale efter Fish.

Gordon går med til at hjælpe Jervis Tetch, som lige er kommet til Gotham, med at finde hans forsvundne søster, Alice. Penguin forbereder sig på borgmestervalget.

Penguin står til at blive borgmester i Gotham. Bruce og Alfred finkæmmer byen efter Bruces dobbeltgænger, som har påtaget sig Bruces identitet.

Mens Bruce leder efter Ivy, står den nyvalgte borgmester Cobblepot overfor en stak valgløfter og et hidtil uset højt niveau af kriminalitet.

Den sadistiske Mad Hatter tvinger Gordon til at træffe et svært valg. Edward "Ed" Nygma, der elsker puslespil, mødes med en gammel ven.

En konfrontation med Mad Hatter sender Gordon ned i en psykedelisk spiral. Penguin har svært ved at acceptere Nygmas nye forhold.

Mens den hårdt prøvede Barnes synker længere ned i vanviddet, arbejder Nygma på sit forhold til Isabella. Falcone holder en forlovelsesfest for Lee og Mario.

En ny trussel dukker op før Lee og Marios prøvemiddag inden brylluppet. Bruce begynder at afdække hemmelighederne bag Court of Owls.

Mens virussen spreder sig i byen, løber udviklingen af en modgift på laboratoriet ind i problemer. Gordon og Mario kommer op at toppes inden brylluppet.

Gordon og Bullock afslører fordækte planer om at genoplive en gammel fjende. Selinas mor vender tilbage til Gotham. Penguin forbereder sig til borgmesterposten.

Dwights beslutning om at genoplive Jerome skaber røre i hans flok. Penguin og Nygmas magtkamp tager til.

Jerome går efter Bruce. Gordons onkel kommer på besøg, og Penguin og Nygma konfronterer deres problemer.

En ny, suspekt skurk ankommer til Gotham, da Nygma introducerer The Riddler. Foruroligende detaljer kommer for dagen om Gordons fars død.

Et frygteligt våben truer byen, og Bruce begynder sin træning hos shamanen. Gordon opdager nogle overraskende forbindelser i sit stamtræ.

Der er en anspændt stemning, da nogle af Gothams mest frygtede skurke – inklusive hr. Freeze – mødes for at diskutere nogle forfærdelige tal.

En frygtelig sandhed bliver afsløret. Gordon presser Kathryn for at få en plads ved Court of Owls bord. Bruce træner mere ihærdigt.

Shamanen afslører sine planer. En fantastisk opdagelse låser op for hemmelighederne blandt Gothams underverden. Penguin og Riddler er tvunget til at arbejde sammen.

En dødelig virus truer Gotham. Nogle af byens mest vanvittige slyngler slår sig sammen, og den unge Bruce er klar til at acceptere sin skæbne.

Forsøget på at finde en kur intensiveres, mens mørket falder over Gotham – og skurketrioen lægger planer. Bruce kæmper med at få fred med sin fortid.

I finalen på 3. sæson forsøger Gordon at vinde Lee tilbage, mens tidligere alliancer i Gotham City brydes, og nye alliancer dannes.