Gordon går gatelangs i Gotham som dusørjeger for å finne den gale vitenskapsmannen og superskurken Hugo Strange og eksperimentet hans, Fish Mooney.

Professor Strange er fortsatt på frifot, men Fish er bestemt på å finne ham. Gordon og journalisten Valerie Vale er på sin side fast bestemt på å finne Fish.

Gordon hjelper nykomlingen Jervis Tetch, også kjent som Mad Hatter, med å finne den forsvunne søsteren, Alice. Penguin gjør seg klar til å stille som ordførerkandidat.

Mens Penguin er i ferd med å bli ordfører i Gotham, finkjemmer Bruce og Alfred byen for Bruces dobbeltgjenger, som har tatt identiteten hans.

Mens Bruce leter etter Ivy, blir den nyvalgte ordføreren Cobblepot konfrontert med en haug med valgløfter – og en kriminalitet uten like.

En sadistisk Mad Hatter tvinger Gordon til å ta et grusomt valg. Edward "Ed" Nygma, som elsker å løse gåter, gjenopptar kontakten med noen fra fortiden.

Mens en svært plaget Barnes blir stadig mer sinnssyk, navigerer Nygma forholdet sitt med Isabella. Falcone arrangerer en forlovelsesfest for Lee og Mario.

Gordon trygler Bullock om å etterforske Barnes, og Nygma går til Penguin når han får knusende nyheter. Ivy åpner seg for Bruce og Selina.

Bruce begynner å nøste opp i hemmelighetene rundt Court of Owls, og en ny trussel kommer til overflaten før Lees og Marios førbryllupsmiddag.

Et virus begynner å spre seg i byen. Laboratoriet i Gotham, som utvikler en kur, havner i dårlig lys. Gordon og Mario konfronterer hverandre før bryllupet.

Gordon og Bullock avdekker lyssky planer om å gjenopplive en gammel fiende. Selinas mor kommer tilbake til Gotham, og Penguin gjør seg klar for beste sendetid.

Dwights beslutning om å gjenopplive Jerome gjør følgerne hans rasende. Maktkampen mellom Penguin og Nygma blir stadig mer intens.

Jerome vender oppmerksomheten mot Bruce. Gordon får besøk av onkelen sin, og Penguin og Nygma tar et oppgjør med hverandre.

Gotham får en tvilsom ny skurk når Nygma lanserer The Riddler. Det avdekkes foruroligende detaljer om Gordons fars dødsfall.

Et forferdelig våpen truer byen, og Bruce starter undervisningen hos Shaman. I mellomtiden avdekker Gordon overraskende forbindelser i familietreet sitt.

Det blir kjølig stemning når Mr. Freeze og flere av Gothams mest beryktede skurker samles for å snakke sammen.

Grusomme sannheter blir avdekket, og Gordon presser Kathryn for å få plass ved bordet til Court of Owls. Bruce intensiverer treningen sin.

Når Shaman legger kortene på bordet, gjøres en blendende oppdagelse som avdekker hemmeligheter i Gothams underverden. Penguin og Riddler blir tvunget til å samarbeide.

Et dødelig virus får noen av Gothams mest maniske skurker til å slå seg sammen, og unge Bruce er klar til å godta skjebnen sin.

Jakten på en motgift intensiveres etter hvert som mørket sprer seg over Gotham – og tre skurker pønsker ut planer. Bruce sliter med å gi slipp på fortiden.

With the deadly virus spreading throughout the city, the search for the antidote continues, as Fish Mooney, The Riddler and Penguin reveal plans of their own. Bruce meets Ra's al Ghul and completes his last task in order to fulfill his destiny, but realizes he can't let go of his past. Meanwhile, Gordon tries to win back Lee, and past alliances within Gotham City are broken, while new alliances are formed.