Die Gefangenen von Indian Hill haben sich bei ihrer Flucht in ganz Gotham verstreut, wo sie für Chaos und Gewalt sorgen. Kopfgeldjäger Gordon iunst ihnen auf der Spur – was die Journalistin Valerie Vale auf den Plan ruft. Barbara und Tabitha eröffnen ihren neuen Nachtclub „The Sirens“, Selina Kyle muss mit ansehen, wie Ivy Pepper von Fish Mooney in die Kanalisation geworfen wird und Bruce wird entführt, nachdem er der Führungsetage von seinen neuen Erkenntnissen über Wayne Enterprises berichtet hat …

Um Antworten über den geheimnisvollen Alterungsprozess zu erhalten, muss Fish Mooney Hugo Strange ausfindig machen. Gordon und die Journalistin Valerie Vale sind ihnen auf der Spur. Unterdessen taucht die verschwundene Ivy Pepper wieder auf – durch das Serum hat sie sich binnen weniger Stunden vom kleinen Mädchen zur jungen Dame entwickelt.

Oswald Cobblepot kritisiert die Arbeit des GCPD und kündigt an, bei der anstehenden Bürgermeisterwahl als Kandidat anzutreten. Die Unterstützung der Bürger fällt erstaunlich hoch aus …

Bruce wird gezwungen, seine Recherchen über den Rat der Eulen unverzüglich einzustellen. Außerdem macht er Bekanntschaft mit seinem Doppelgänger – ohne zu wissen, dass dieser aus Indian Hill geflohen ist …

Der Hypnotiseur Jervis Tetch taucht in Gotham auf. Gordon wird von ihm beauftragt, seine Schwester Alice zu finden. Als ihm Gordon mehr schadet als nutzt, hypnotisiert er ihn und befiehlt ihm, vom Dach eines Hochhauses zu springen. Kann Alice ihren Bruder stoppen und Gordon rechtzeitig retten?

Bruces Doppelgänger gibt sich als Bruce aus und trifft sich mit Selina Kyle. Diese bemerkt nicht, wen sie eigentlich vor sich hat …

Edward Nygma soll Oswald Cobblepot bei der in Kürze bevorstehenden Bürgermeisterwahl unterstützen. Während Oswalds rechte Hand Butch versucht, die Wahl zu manipulieren und dem Pinguin so zum Sieg zu verhelfen, setzt Edward darauf, dass Oswald die Wähler mit legalen Mitteln von sich überzeugen kann – mit überraschendem Erfolg …

Bruce und Alfred machen sich auf die Suche nach Bruces Doppelgänger. Auch Selina erkennt, dass sie es mit dem falschen Bruce zu tun hat …

Der frisch gewählte Bürgermeister Oswald Cobblepot kündigt an, die Kriminalität in Gotham zu senken. Noch während der Verkündung vor laufenden Kameras taucht die besiegt geglaubte Red Hood Gang mit einer Kampfansage gegen Bürgermeister Cobblepot an. Wer steckt hinter der Auferstehung der Red Hood Gang? Kommt der Anführer gar aus Cobblepots eigenen Reihen?

Bruce startet währenddessen seine Ermittlungen zum mysteriösen Verschwinden von Ivy Pepper. Dafür bittet er Selina Kyle um Hilfe – und gesteht ihr seine Zuneigung …

Pinguin ist sich seiner Gefühle bewusst und möchte sie nun endlich auch Nygma gestehen. Derweil kehrt Tetch in die Stadt zurück und möchte sich an Gordon rächen. Dafür entführt er Valerie und Thompkins. Er schickt Gordon auf eine blutige Schnitzeljagd durch die gesamte Stadt, damit er die beiden findet. Allerdings war es niemals Tetchs Plan, beide lebend aus seiner Gefangenschaft entkommen zu lassen. So bringt er Gordon in eine Zwickmühle …

Captain Barnes ist mit dem Virus aus Alice’ Blut infiziert und wird immer mehr davon kontrolliert. Als er einen Verbrecher bei einer Leichenentsorgung erwischt, verliert er die Kontrolle komplett. Anschließend verfolgt er die Spur der Leiche, die ihn zu einem Schönheitschirurgen führt. Auch Gordon sucht den Chirurgen, ist aber zu spät. Währenddessen möchte Ed seine Beziehung zu Isabella beenden, damit sie in Sicherheit ist. Das endet tragischer als geplant …

Der Virus bringt Barnes dazu, zahlreiche Verbrecher zu ermorden. Gordon ist ihm auf der Spur, aber das ist für Barnes keine Neuigkeit. Stattdessen nimmt er Gordon mit zu einem Einsatz und will ihm dabei eine Tat anhängen. Nachdem Thompkins einen Bluttest fälscht, um zu beweisen, dass Barnes mit dem Virus infiziert ist, wird Barnes verhaftet und kommt nach Arkham. Währenddessen sorgt ein Amulett für Aufregung bei Ivy und Selina, und Nygma plant Rache an Butch …

Während der Hochzeitsvorbereitungen von Lee und Mario wird ein Anschlag auf sie verübt. Zuerst wird vermutet, dass dieser Don Falcone galt. Es stellt sich allerdings heraus, dass doch Mario das Ziel war. Don Falcone findet die Wahrheit über die Attentäter heraus. Derweil hat Nygma Butch und Tabitha entführt und will sich für Isabellas Tod rächen. Als Barbara von Olga erfährt, dass Pinguin in Nygma verliebt ist, werden einige Unklarheiten bezüglich Isabellas Tod beseitigt …

Mario und Gordon haben kurz vor der Hochzeit eine Auseinandersetzung. Währenddessen trifft Selina ein unerwartetes Gesicht, und Barbara offenbart Nygma die neuen Informationen, die sie über Isabella und ihren Tod bekommen hat. Denn obwohl er Spione in der gesamten Stadt verteilt hat und der Meinung ist, dass Isabellas Tod ein Teil eines gesamten Netzes von Verbrechen ist, muss Barbara ihn eines Besseren belehren. Das will er aber im ersten Moment nicht wahrhaben …

Falcon trifft sich mit Gordon, nachdem er erfahren hat, dass dieser Mario erschossen hat. Anschließend entdecken Gordon und Bullock, dass es einen Nachahmer von Jerome gibt, der den wahren Jerome wieder zurück ins Leben holen möchte. Unterdessen verliert Pinguin immer mehr die Kontrolle vor dem größten und wichtigsten Fernsehinterview seiner gesamten Bürgermeister-Karriere. Derweil kehrt Selinas Mutter nach Gotham zurück und wird zur neuen Aufgabe für Bruce und Selina …

Dwight ist auf der Flucht vor Gordon und Bullock und versucht unterdessen, Jerome wiederaufleben zu lassen. Allerdings belebt er mit seinem Handeln wiederrum dessen gesamte Masse an Gefolgsmännern rund um Gotham City. Derweil werden die wahren Hintergründe für die Rückkehr von Selinas Mutter nach Gotham enthüllt, und das Machtspiel zwischen Pinguin und Nygma eskaliert. Dafür ist vor allem Barbara verantwortlich …

Jerome ist auf freiem Fuß und hat ein ganz bestimmtes Ziel vor Augen. Darauf konzentriert sich für ihn alles. Bruce und Alfred müssen einen Kompromiss finden, um sich ihrer Sicherheit vor ihm bewusst sein zu können. Derweil stattet Gordons Onkel Frank ihm einen unerwarteten Besuch ab. Nygma und Pinguin müssen sich ihren Problemen stellen und versuchen diese in einer direkten Aussprache zu klären. Die kann aber mögliche und vor allem auch tödliche Konsequenzen haben …

Nygma hat einen verbrecherischen Plan: Er will der neue Super-Schurke werden. Dafür braucht er allerdings einen Mentor. Also sucht er sich passende Kandidaten für diese Rolle aus und fordert von ihnen als Test die Lösung verschiedener Rätsel. Wer sie nicht entschlüsseln kann, muss sterben. Fortan wird er Riddler genannt. Bruce macht sich unterdessen auf die Suche nach Selina – gerät dabei aber in einen Hinterhalt …

Der Schurke Pinguin will sich für den Mordversuch an ihm durch den Riddler rächen und stellt dafür eine Armee zusammen. Ivy hilft ihm dabei und empfiehlt Pinguin, seine neuen Anhänger aus den Reihen der Geflohenen von Indian Hill zu rekrutieren. Währenddessen trifft Frank eine schwerwiegende Entscheidung: Gordon soll dessen Platz im Rat einnehmen, um das Vermächtnis von Gordons Vater weiterzuführen. Das erfordert allerdings ein sehr großes Opfer …

Pinguin schafft es, Firefly und Mr. Freeze für seine Armee zu gewinnen. Daraufhin macht er sich auf die Suche nach weiteren Freaks, die sich ihm anschließen wollen. Gordon muss währenddessen einen Beweis für seine Loyalität dem Rat gegenüber erbringen und Nygma ausliefern. Einer Aufnahme in den Rat steht danach nichts mehr im Weg. Als Selina damit droht, Alfred alles über Bruce’ Klon zu erzählen, greift der sie an und verletzt sie lebensgefährlich …

Als neues Mitglied des Rates muss Gordon seine Loyalität unter Beweis stellen: Kathryn beauftragt ihn daher damit, die Aufsicht über einen ersten Test der Bombe zu übernehmen, mit der Gotham zerstört werden soll. Um keine Unbeteiligten in Gefahr zu bringen, wendet er sich an Pinguin, der wiederum auch großes Interesse daran hat, Kontakt zum Rat aufzubauen, um sich an Nygma zu rächen. Ivy setzt unterdessen alles in Bewegung, um die sterbende Selina zu retten …

Da Nygma zusammen mit Pinguin vom Rat gefangen gehalten wird, beschließen sie, ihre Flucht gemeinsam zu planen und umzusetzen. Beiden ist jedoch klar, dass sie in Freiheit wieder zu Feinden werden. Gordon stößt unterdessen auf eine Kristalleule, mit der man besondere Punkte auf einem Stadtplan von Gotham sichtbar machen kann. Dabei handelt es sich seiner Meinung nach um Verstecke des Rates. Doch plötzlich wird das wertvolle Fundstück bei einer Explosion zerstört.

Der Schamane hat einen abscheulichen Plan: Bruce soll den Rat auslöschen. Nach der Ermordung der Mitglieder soll er außerdem die Virusbombe zünden. Währenddessen sucht Gordon Leslie auf. Sie hat sich bereits das Virus injiziert und will nun auch ihn dazu zwingen. Zu diesem Zweck stellt sie ihm zwei Optionen zur Wahl: die Infektion mit dem Virus oder den Tod. Derweil befindet sich Pinguin auf der Flucht vor Nygma und Barbara – nachdem er von Mr. Freeze und Bridgit verraten wurde.

Gotham steht kurz vor dem Kollaps: Verbrechen und Gewalt regieren die Stadt. Gordon und Bullock machen sich auf die Suche nach Strange, um das Gegenmittel von ihm zu bekommen. Aber auch Fish Mooney ist hinter Strange her. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt. Denn Gordon, der sich das Virus injiziert hat, gerät mehr und mehr außer Kontrolle. Das hat zur Folge, dass er aus Versehen Fish tötet und dabei die Ampullen, die das Gegenmittel enthalten, zerstört werden.

Gotham versinkt durch die Verbreitung des Virus’ immer mehr im Chaos. Während Gordon weiter nach dem Gegenmittel sucht, haben Gothams Gangster ebenfalls alle Hände voll zu tun, um ihre Ziele zu verwirklichen. Und auch Lee hat ihre eigenen Pläne: Sie will die Stadt verlassen, und Gordon soll sie begleiten. Er wiederum kann kaum noch gegen das Virus ankämpfen. Unterdessen entführt Pinguin Nygma – doch der setzt sich mit aller Kraft zu Wehr …