Gordon ist in den Straßen von Gotham als Kopfgeldjäger unterwegs, um den Superschurken Hugo Strange und sein Experiment, die wiederbelebte Fish Mooney, zu finden.

Professor Strange ist immer noch auf freiem Fuß, aber Fish ist entschlossen, ihn zu finden. Gordon und die Journalistin Valerie Vale wollen unbedingt Fish finden.

Gordon hilft dem neu in Gotham angekommenen Jervis Tetch, alias Mad Hatter, seine vermisste Schwester Alice zu finden. Pinguin plant seine Kandidatur als Bürgermeister.

Während Pinguin auf dem besten Weg ist, Bürgermeister von Gotham zu werden, durchkämmen Bruce und Alfred die Stadt nach Bruces Doppelgänger, der sich für ihn ausgibt.

Während Bruce nach Ivy sucht, muss der neue Bürgermeister Cobblepot einem Haufen Wahlversprechen – und beispielloser Kriminalität – ins Gesicht sehen.

Mad Hatter ist sadistisch und stellt Gordon vor eine unmögliche Entscheidung. Edward „Ed“ Nygma liebt Rätsel und begegnet einem bekannten Gesicht.

Barnes ist schwer infiziert und versinkt immer mehr im Wahn. Nygma macht seine Beziehung zu Isabella zu schaffen. Falcone wirft eine Verlobungsparty für Lee und Mario.

Gordon drängt Bullock, gegen Barnes zu ermitteln, und Nygma wendet sich an Pinguin, als er schlimme Neuigkeiten erhält. Ivy vertraut sich Bruce und Selina an.

Als während der Hochzeitsvorbereitungen von Lee und Mario eine neue Bedrohung aufkommt, beginnt Bruce die Geheimnisse um den Rat der Eulen zu entschlüsseln.

Das Virus breitet sich in Gotham aus, als im Labor, das am Heilmittel arbeitet, eingebrochen wird. Vor der Hochzeit kommt es zur Konfrontation zwischen Gordon und Mario.

Gordon und Bullock decken einen Plan auf, einen alten Feind wiederzubeleben. Selinas Mutter kehrt nach Gotham zurück. Pinguin bereitet sich auf sein Interview vor.

Dwights Entscheidung, Jerome wieder zum Leben zu erwecken, stachelt seine Gefolgsmänner auf. Der Machtkampf zwischen Pinguin und Nygma spitzt sich zu.

Jerome nimmt Bruce ins Visier. Gordon bekommt Besuch von seinem Onkel, und es kommt zur direkten Aussprache zwischen Pinguin und Nygma.

Gotham bekommt einen fragwürdigen neuen Schurken, als Nygma den „Riddler“ einführt. Verstörende Details über den Tod von Gordons Vater kommen ans Licht.

Eine schreckliche Waffe bedroht die Stadt, und Bruce beginnt seinen Unterricht mit dem Schamanen. Gordon entdeckt überraschende Verbindungen in seiner Familiengeschichte.

Es weht ein kühler Wind, als sich eine erschreckende Anzahl von Gothams berüchtigtsten Schurken – darunter Mr. Freeze – für Gespräche treffen.

Schreckliche Dinge kommen ans Licht, und Gordon setzt Kathryn unter Druck, um einen Sitz im Rat der Eulen zu erhalten. Bruce verstärkt unterdessen sein Training.

Der Schamane legt die Karten auf den Tisch, und eine sensationelle Entdeckung enthüllt die Geheimnisse von Gothams Unterwelt. Pinguin und Riddler müssen zusammenarbeiten.

Als Gotham von einem tödlichen Virus bedroht wird, schließen sich einige der irrsten Schurken zusammen, und der junge Bruce scheint bereit, sein Schicksal zu akzeptieren.

Gotham steht kurz vor dem Kollaps: Verbrechen und Gewalt regieren die Stadt. Gordon und Bullock machen sich auf die Suche nach Strange, um das Gegenmittel von ihm zu bekommen. Aber auch Fish Mooney ist hinter Strange her. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt. Denn Gordon, der sich das Virus injiziert hat, gerät mehr und mehr außer Kontrolle. Das hat zur Folge, dass er aus Versehen Fish tötet und dabei die Ampullen, die das Gegenmittel enthalten, zerstört werden.

Gotham versinkt durch die Verbreitung des Virus’ immer mehr im Chaos. Während Gordon weiter nach dem Gegenmittel sucht, haben Gothams Gangster ebenfalls alle Hände voll zu tun, um ihre Ziele zu verwirklichen. Und auch Lee hat ihre eigenen Pläne: Sie will die Stadt verlassen, und Gordon soll sie begleiten. Er wiederum kann kaum noch gegen das Virus ankämpfen. Unterdessen entführt Pinguin Nygma – doch der setzt sich mit aller Kraft zu Wehr …