Gordon trở thành thợ săn tiền thưởng trên đường phố Gotham để truy tìm siêu ác nhân kiêm nhà khoa học điên Hugo Strange và đối tượng tái sinh của hắn – Fish Mooney.

Giáo sư Strange vẫn đang biệt tăm, nhưng Fish quyết tìm ông ta. Trong lúc này, Gordon và nhà báo Valerie Vale cũng quyết tâm tìm Fish.

Gordon đồng ý giúp công dân mới của Gotham – Jervis Tetch, hay còn gọi là Mad Hatter – tìm cô em gái thất lạc Alice. Cánh Cụt cũng chuẩn bị tranh cử chức thị trưởng.

Trong khi Cánh Cụt đang trên đà trở thành thị trưởng của Gotham, Bruce và Alfred truy lùng khắp thành phố kẻ mạo danh Bruce – người có nhân dạng giống hệt như cậu.

Trong khi Bruce tìm kiếm Ivy, thị trưởng mới đắc cử Cobblepot phải đối diện một loạt các lời hứa trong chiến dịch – và mức độ tội phạm chưa từng thấy.

Gã Mad Hatter tàn bạo buộc Gordon phải đưa ra một lựa chọn khó khăn. Kẻ ưa giải đố Edward "Ed" Nygma tái ngộ một người quen từ quá khứ.

Mâu thuẫn với Mad Hatter đã khiến Gordon chìm trong ảo giác. Cánh Cụt cố gắng chấp nhận bản chất mối quan hệ mới của Nygma.

Bị ảnh hưởng nặng nề, Barnes dần trở nên điên loạn. Nygma xử lý chuyện giữa hắn và Isabella. Falcone tổ chức tiệc đính hôn cho Lee và Mario.

Gordon thuyết phục Bullock điều tra Barnes và Nygma nhờ vả Cánh Cụt sau khi nhận được tin tức tàn khốc. Ivy trải lòng với Bruce và Selina.

Khi một mối đe dọa mới xuất hiện trước bữa tối tổng duyệt của Lee và Mario, Bruce bắt đầu khám phá những bí mật xung quanh Hội Đồng Cú.

Khi virus bắt đầu lây lan khắp thành phố, phòng thí nghiệm Gotham – nơi phát triển phương thuốc chữa trị – bị xâm phạm. Gordon và Mario chạm trán trước đám cưới.

Gordon và Bullock phát hiện các kế hoạch xảo quyệt nhằm hồi sinh một kẻ thù cũ của họ. Mẹ của Selina trở lại Gotham và Cánh Cụt chuẩn bị cho thời khắc trọng đại.

Dwight quyết định hồi sinh Jerome, khiến các môn đồ trở nên náo loạn. Cuộc tranh giành quyền lực giữa Cánh Cụt và Nygma ngày càng quyết liệt.

Bruce rơi vào tầm ngắm của Jerome. Chú của Gordon đến thăm anh. Cánh Cụt và Nygma đều phải đối mặt với các vấn đề riêng.

Nygma trình làng "Riddler" – ác nhân đáng ngờ mới của Gotham. Những chi tiết đáng sợ về cái chết của cha của Gordon dần hé lộ.

Bruce bắt đầu tầm sư học đạo cùng Shaman khi vũ khí khủng khiếp đe dọa an nguy của thành phố. Gordon phát hiện ra mối liên hệ đáng ngạc nhiên trong phả hệ gia đình.

Bầu không khí u tối bao trùm Gotham khi những tên ác nhân khét tiếng nhất, trong đó có cả Freeze, cùng cấu kết và trù tính âm mưu kinh hoàng.

Khi những sự thật khủng khiếp được đưa ra ánh sáng, Gordon ép Kathryn đưa mình vào Hội đồng Cú. Ở một nơi khác, Bruce luyện tập ngày càng hăng say.

Shaman lật bài ngửa, những bí mật kinh thiên động địa về thế giới ngầm tại Gotham cũng bị lật tẩy. Cánh Cụt và Riddler buộc phải bắt tay.

Khi loại virus chết người bao trùm Gotham, một số ác nhân điên rồ nhất của thành phố đã hợp lực và chàng trai trẻ Bruce sẵn sàng chấp nhận số mệnh của mình.

With the deadly virus spreading throughout the city, the search for the antidote continues, as Fish Mooney, The Riddler and Penguin reveal plans of their own. Bruce meets Ra's al Ghul and completes his last task in order to fulfill his destiny, but realizes he can't let go of his past. Meanwhile, Gordon tries to win back Lee, and past alliances within Gotham City are broken, while new alliances are formed.