Devenu chasseur de primes, Gordon arpente les rues de Gotham à la recherche de l'odieux scientifique fou Hugo Strange et d'un de ses sujets réanimés, Fish Mooney.

Le professeur Strange demeure introuvable, mais Fish est déterminé à le dénicher. Pendant ce temps, Gordon et la journaliste Valerie Vale entendent bien retrouver Fish.

Gordon s'engage à aider le nouveau venu à Gotham, Jervis Tetch, à retrouver sa sœur disparue, Alice. De son côté, le Pingouin se prépare pour la course à la mairie.

Le Pingouin convoitant la mairie de Gotham, Bruce et Alfred passent la ville au peigne fin pour trouver le double de Bruce, qui a embrassé l'identité de ce dernier.

Pendant que Bruce cherche Ivy, le maire Cobblepot nouvellement élu fait face à une montagne de promesses électorales – et à un taux de criminalité sans précédent.

Sadique, le Chapelier fou force Gordon à faire un choix déchirant. Amateur de devinettes, Edward « Ed » Nygma retrouve un personnage de son passé.

Une rencontre avec le Chapelier fou pousse Gordon à halluciner un monde incongru. Le Pingouin accepte difficilement la nature de la nouvelle relation de Nygma.

Profondément troublé, Barnes sombre dans la folie, pendant que Nygma gère sa relation avec Isabella. Falcone organise une fête de fiançailles pour Lee et Mario.

Gordon incite Bullock à enquêter sur Barnes, et Nygma se tourne vers le Pingouin après avoir appris une nouvelle dévastatrice. Ivy se confie à Bruce et à Selina.

Alors qu'une nouvelle menace gronde avant le souper de répétition pour le mariage de Lee et de Mario, Bruce commence à percer les secrets entourant la Cour des hiboux.

Le virus se propage peu à peu dans la ville, mais le labo de Gotham qui met au point l'antidote est compromis. Gordon et Mario s'affrontent avant le mariage.

Gordon et Bullock dévoilent des plans obscurs visant à ressusciter un vieux rival. La mère de Selina revient à Gotham et le Pingouin se prépare pour l'entrevue télévisée.

La décision de Dwight de faire revenir Jerome de chez les morts suscite une frénésie parmi ses adeptes. La lutte de pouvoir s'intensifie entre le Pingouin et Nygma.

Jerome jette son dévolu sur Bruce. L'oncle de Gordon lui rend visite, pendant que le Pingouin et Nygma s'attaquent à leurs problèmes.

Gotham écope d'un nouveau personnage douteux quand Nygma fait place à l'« Homme-mystère ». Des détails troublants émergent sur la mort du père de Gordon.

Une arme terrible menace la ville, et Bruce commence ses leçons avec le Shaman. Pendant ce temps, Gordon découvre des liens surprenants à son arbre généalogique.

Un frisson glace l'air quand certains des plus odieux personnages de Gotham, dont Mister Freeze, unissent leur voix.

De terribles réalités sont mises au jour, et Gordon presse Kathryn de siéger à la Cour des hiboux. De son côté, Bruce redouble d'énergie à l'entraînement.

Le Shaman montre son jeu, et une découverte étonnante dévoile les secrets des bas-fonds de Gotham. Le Pingouin et l'Homme-mystère n'ont d'autre choix que de collaborer.

Alors qu'un virus mortel menace Gotham, certains des plus grands désaxés de la ville unissent leurs forces, et le jeune Bruce consent à accepter son destin.

With the deadly virus spreading throughout the city, the search for the antidote continues, as Fish Mooney, The Riddler and Penguin reveal plans of their own. Bruce meets Ra's al Ghul and completes his last task in order to fulfill his destiny, but realizes he can't let go of his past. Meanwhile, Gordon tries to win back Lee, and past alliances within Gotham City are broken, while new alliances are formed.