Gordon lavora in una Gotham oppressa da mostri come cacciatore di taglie e cerca di trovare delle risposte sui prigionieri evasi da Indian Hill e sul perché sembra che i loro poteri li uccidano. Nel frattempo il doppio di Bruce vaga per le strade, e Barbara e Tabitha aprono un nuovo night club.

Fish Mooney prende in mano la situazione per individuare Hugo Strange, costringendo Gordon a collaborare con riluttanza con la giornalista Valerie Vale per trovarlo. La popolarità di Pinguino cresce dopo le critiche al lavoro del GCPD e l'indagine di Bruce è compromessa.

L'ipnotizzatore Jervis Tetch giunge a Gotham City con l’obiettivo di ritrovare sua sorella Alice e assume Gordon per aiutare a trovarla. Nel frattempo Pinguino decide di candidarsi a sindaco e il doppleganger di Bruce di appoggiare la candidatura, generando il caos in città.

Pinguino acquisisce consensi per la nomina a sindaco di Gotham. Nel frattempo Bruce e Alfred si mobilitano per trovare il doppleganger di Bruce.

Il crimine ha raggiunto livelli altissimi a Gotham e Pinguino si deve sforzare per mantenere le promesse fatte alla città. Butch percorre un oscuro sentiere insieme a Red Hood Gan e Bruce inizia le indagini su Ivy.

Il cappellaio matto ha puntato le sue prossime vittime, obbligando Jim Gordon a prendere alcune decisioni difficili. La relazione tra Pinguino e Nygma evolve e un volto familiare torna nella vita di Nygma.

Dopo essere entrato in contatto con una sostanza per mano del Cappellaio Matto, Jim Gordon si ritrova in un viaggio psichedelico e deve confrontarsi con il suo passato, presente e futuro. Nel frattempo Pinguino non si da pace per la nuova relazione di Nygma.

Barnes comincia a sentire gli effetti di un recente incidente e comincia a impazzire. Nel frattempo Nygma va in profondità nella relazione con Isabella.

Gordon e Bullock sospettano di Barnes e cercano prove dell'omicidio alla festa di fidanzamento di Lee e Mario. Nygma va da Pinguino quando non riceve notizie da Isabella. Nel frattempo Ivy rivela la sua identità a Selina e Bruce andando rapidamente incontro a problemi.

Alla vigilia della loro cena di prova, una minaccia incombe su Mario e Lee, e Falcone cerca Jim per chiedergli aiuto. Nel frattempo Nygma vuole vendetta e Bruce apprende informazioni sulla Corte dei Gufi.

Quando il virus inizia a diffondersi a Gotham, il laboratorio che sta sviluppando una cura viene compromesso. Mario e Gordon si affrontano prima del matrimonio; Selina incontra una persona inaspettata e Barbara va da Nygma con informazioni su Isabella.

Falcone colpisce Gordon dopo aver appreso che ha sparato a Mario. Gordon e Bullock scoprono un seguace di Jerome che pianifica di riportarlo in vita. Intanto Penguin va fuori controllo prima della sua grande intervista televisiva, mentre Bruce e Selina trattano con la madre di Selina per il ritorno a Gotham.

Con Jerome a piede libero con un solo obiettivo in mente, la sicurezza di Bruce e Alfred è compromessa. Intanto Frank, lo zio di Gordon, gli paga una visita e Nygma e Penguin sono costretti a confrontarsi faccia a caccia, con possibili conseguenze letali.

Finalmente Ed la fa pagare a Pinguino per le sue terribili azioni e si ritrova con un nuovo dilemma su quale strada intraprendere.

Oswald incontra un vecchio alleato nella folla, che gli fa ricordare chi è veramente.

Alcuni dei più malvagi nemici di Gotham si riuniscono, mentre continua la conquista della città da parte di Riddler. Gordon è in cerca di risposte e tutte le strade continuano a riportarlo alla Corte dei Gufi. Nel frattempo, mentre Alfred comincia a notare un cambiamento in Bruce, Bruce 2 si confida con Selina.

Gordon scopre le armi che la Corte dei Gufi userà per distruggere Gotham. Nel frattempo Kathryn e Temple Shaman rivelano la loro prossima mossa a Bruce, mentre Ivy va a dare aiuto a Selina.

Temple Shaman rivela la sua mossa a Bruce Wyne e prepara la prossima fase dell'allenamento. Gordon e Bullock sono in pericolo quando si imbattono in un gufo di cristallo che rivela i segreti più ambiti del mondo sotteraneo di Gotham. Nel frattempo Nygma e Penguin sono costretti a lavorare insieme per uscire da una situazione difficile.

Gordon si deve sbrigare a salvare la città dal virus, quando Lee Thompkins lo interrompe con un astuto piano. Intanto Alfred vede un grande cambiamento in Bruce Wayne dopo il suo lavoro con Lo Sciamano. Altrove, alcuni dei più malvagi elementi di Gotham, fanno squadra insieme.

Dopo la diffusione del virus mortale in tutta la città, continua la ricerca dell'antidoto, mentre Fish Mooney, The Riddler e Pinguino rivelano i loro piani. Bruce incontra Ra's Al Ghul e completa l'ultimo incarico per far compiere il suo destino.

Gordon cerca di riconquistare Lee. Mentre le passate alleanze all'interno di Gotham vengono a mancare, se ne formano di nuove.