戈登因为行为不当被踢出了警队，目前成为了哥谭市的一名赏金猎人。一天夜里，戈登在大街上走着，突然遇到一只背上张刺的彪形大汉，正在袭击一家药店。戈登闻到了金钱的味道，二话不说立即出手。虽然戈登在体型和力量方面稍逊一筹，但彪形怪人没什么脑筋，光顾着攻击戈登，没注意到从旁驶来的大卡车，出其不意地被撞到在地。新的一笔酬金又到了戈登手上。菲什带领了一帮怪人从阿卡姆的实验室逃走后，打算重整旗鼓后再夺哥谭之巅。好不容易在哥谭建立了自己势力的企鹅人科波特对菲什十分痛恨，但菲什的生命力比他想象中的更加顽强，科波特不得不采取非常手段去除掉她。芭芭拉和塔比沙目前经营着一家高级餐厅，但这只是表象。她们现在经营着黑道生意，并接一些暗杀业务，科波特就此和芭芭拉搭上了话。芭芭拉知道科波特目前在哥谭的地位非常高，衡量利弊后，她决定跟科波特交个朋友，卖他一个人情。

布鲁斯·韦恩逐渐成长，对待那些想要祸害自己集团的人，态度也开始强硬起来。雨果教授在印第安山时进行的非法实验，实际上是受到一个神秘组织在背后操控。布鲁斯发现，这个组织就潜伏在自己的集团内，对自己的家业造成巨大的威胁。布鲁斯那种超出年纪的冷静果断，在集团会议上给其他人带来了一定的震慑力，也引起了神秘组织的戒心。布鲁斯被神秘组织掳走了，阿尔弗雷德寡也被打倒受了伤。布鲁斯被带到一处大宅里，一个戴着面具的女人正对着他微笑。布鲁斯知道这人不怀好意，因此一改自己的绅士教养，直接开门见山与她谈起条件。这个女人叫凯瑟琳，她摘下面具时，布鲁斯对她的脸有印象，因为他在好几次的集团、家族活动上都见过她。布鲁斯细思极恐，这些邪恶的事业一直在韦恩集团里潜伏着，而自己却毫不知情。凯瑟琳以布鲁斯身边之人的安危作为交换条件，逼他停止对组织的调查，并交出集团的实权。对于布鲁斯来说，家人、朋友就是他的软肋，无奈之下，他只好就范。艾薇掉进下水道后，发生了怪事。

布鲁斯让假布鲁斯暂住在家里，给他温饱。假布鲁斯不知道自己是谁，只知道菲什把自己从雨果手中救出后，便逃到哥谭。此后他一直四处流浪，直到有一天，他在赛琳娜的天台那里，看见了布鲁斯，才对自己的身份产生怀疑。阿尔弗雷德与假布鲁斯相处下来，发现他性格跟布鲁斯十分相似，格斗术十分出色，这不难想象，这个假布鲁斯，是神秘组织让雨果做的复制人，这当中可能隐藏着什么阴谋。哥谭城中出现了一名催眠魔术师——杰维斯·泰奇。他能够控制人心，让人在催眠的状态下，做出意想不到的行为。他在芭芭拉的酒吧进行了一场精彩的表演，吸引了众人的注意，一时之间，成为哥谭城中炙手可热的魔术明星。但是他的目的不只是要名和利，在他的内心，有更加黑暗的计划。杰维斯找到戈登，要求他帮忙找到自己的妹妹爱丽丝。杰维斯和妹妹父母早亡，两人相依为命。

企鹅人科波特开展了一系列的市长竞选活动，在公众面前建立了良好的形象。尼格玛被科波特从阿卡姆监狱弄出来后，便成了科波特最信任的人。两人异常投机，无论公事还是私事都非常合拍。尼格玛的突然上位，惹来了布奇的嫉妒。布奇原以为自己在科波特身边的地位很难动摇，而尼格玛的出现，让他有了巨大的危机感。戈登被杰维斯催眠过后，便经常产生幻觉。只要他听见一些钟表的“滴答”声，便会无意识地做出一些自杀行为，这对戈登的性命产生了威胁。他为了找出杰维斯，于是与芭芭拉见面，希望她能把情报告诉自己。芭芭拉见到戈登非常兴奋，随即像往常一样，对戈登调戏一番，可惜戈登并无雅致，他只想尽快找出杰维斯，解除自己的催眠状态。芭芭拉虽然疯癫狂妄，但她对戈登还是有感情的。她见戈登遇到危险了，便把杰维斯要招募打手的情报提供给他。戈登虽然没有了警方的身份，但处理怪人方面，警局里没有人比他更了得。在布洛克的帮助下，戈登进入问询室向爱丽丝问话，了解到他们兄妹的身体情况和经历。

科波特成为了哥谭的新市长，他终于从一个穷小子站到了哥谭的顶峰。最让他遗憾的是，目前的这些辉煌，他不能跟最爱的妈妈分享。但科波特依旧希望他能让妈妈和自己一起，接受市民的欢呼和掌声，于是他把妈妈的雕像搬到市政厅门前，骄傲地向大家分享他妈妈的经历，他成长的苦涩。正当大家都沉醉在科波特动人的演说中时，“红罩头帮”突然开着卡司冲过来，并以迅雷不及掩耳之势开枪乱射。科波特并无大碍，但妈妈的雕像却被射散了。科波特最讨厌别人伤害他的妈妈，“红罩头帮”这下恐怕要吃不了兜着走了。假布鲁斯冒充布鲁斯与猫女塞琳娜约会，但被塞琳娜识破了。假布鲁斯并无恶意，且他比布鲁斯更加强势，竟然亲吻了塞琳娜。虽然不知道雨果制造假布鲁斯所为何事，但假布鲁斯十分有自知之明，他表示自己会从布鲁斯面前消失，不给他添乱。塞琳娜还在生布鲁斯的气。

催眠魔术师杰维斯把妹妹爱丽丝的死，归咎到戈登身上，于是密谋着向戈登复仇。杰维斯知道戈登心怀满腔热血，于是用催眠了一个小男孩和一对新婚夫妇，使他们在同一时间内，各自陷入不同的困境，让戈登自行选择施救的对象。戈登陷入了两难的境地，最后，他选择了把小男孩救下，不让他在马路中间被大卡车撞死，但这个选择，却让那对新婚夫妇难逃厄运。尽管这不是戈登的错，但是他非常自责，他发誓要把杰维斯绳之于法。然而戈登还没抓到杰维斯的一条毛，杰维斯便再次对戈登出手了。这次，他锁定的目标是戈登的前度女友莱斯利和现任女友瓦莱丽。杰维斯把莱斯利和瓦莱丽绑架了，然后通过催眠一个被拘留的市民，让他把莱斯利和瓦莱丽的藏身位置透露给戈登。这个地方就是莱斯利的未婚夫、马里奥的家。马里奥·卡尔维其实是法尔科阁下的儿子，法尔科为了让马里奥不涉足太多黑道的生意，还有让他自由发展，才故意隐藏起真正的姓氏。

瓦莱丽中枪受伤，现在躺在医院里养伤。瓦莱丽觉得最痛的并不是身体，而是心，她知道戈登其实摸清了杰维斯的心思，知道杰维斯会逆意而行。戈登真正想保护的人，其实是小莱。戈登嘴里否认了瓦莱丽的猜测，但他飘忽不定的神情出卖了他，瓦莱丽向戈登提出了分手。戈登的心思不仅被瓦莱丽猜出来，连小莱也心知肚明，戈登是想保护自己。小莱把事情的经过向未婚夫解释一遍，希望他不要向戈登追究，毕竟戈登救了自己。然而，戈登对小莱的好却惹得小莱的未婚夫马里奥·卡尔维医生很不爽。尼格玛新认识的女孩叫伊莎贝拉，她的外貌和性格深深地吸引了尼格玛。两人一拍即合，聊得不知昼夜，直至太阳升起时，尼格玛才依依不舍地与伊莎贝拉分别，投入到自己的工作中。科波特等了尼格玛一夜，却不见他的到来，于是心急如焚地向警方报失踪人口，生怕尼格玛有什么意外。就在这时，尼格玛满脸春风地回来，并把自己堕入爱河一事告诉科波特。尼格玛这番话对科波特来说，犹如晴天霹雳一般。科波特从尼格玛口中问出伊莎贝拉工作的地方，心里默默地酝酿了一个小阴谋。杰维斯偷走了爱丽丝的尸体，打算利用她的血液制作生化武器然后散播，让哥谭的市民染病。

巴恩斯警监在之前查探爱丽丝的死因时，不小心被她的血沾到眼睛，随后巴恩斯的身体便产生了变化。除了他的腿伤瞬间好了之外，他的性格也变得暴戾不堪。一天夜里，巴恩斯正抱着一堆生活用品，打算驾车回家。路上，他偶然到一个脸上沾血的猥琐男人，形迹可疑地四处张望，随后驾车离开。警察的直觉告诉他，这个男人一定犯了事，巴恩斯想了想，便驾车尾随这个男人，果然，巴恩斯来到一个屠宰房里，看见了一具被肢解的尸体。巴恩斯受到血的影响，差点没按程序，把那个男人杀了，幸好下手的一瞬间，被对方的言辞唤回了理智。巴恩斯知道这个男人只是受人指使，于是把他拒捕回警局，打算放长线钓大鱼。巴恩斯根据线索，顺藤摸瓜地找到一处酒吧，但这里，他还未见到真正的凶手。巴恩斯受够了所有嫌疑人都自称“中间人”的说法，急于找到真凶的他，情绪开始失控，无意之间采取了暴力执法。

戈登听了西蒙的遗言后，便把巴恩斯是凶手一事告知好友哈维·布洛克。布洛克听后，对此事感到不可思议，但出于对戈登的了解，这个男人绝不是无凭无据便胡说八道之人，于是决定帮助戈登。艾薇以其新获得的美貌到处傍大款，这次傍上的是一位古董商。艾薇成功迷惑了古董商，并趁其不备之时用自制的毒香水控制了他，让他把自己带进金库。艾薇在金库里看中了一条绿宝石项链，二话不说便敲碎玻璃箱子把它取出。不料，古董商突然恢复意识，从后袭击了艾薇，幸好艾薇如今及时反击，带着项链便逃离了古董商的豪宅。巴恩斯自从尝到了凭借变异能力制裁罪犯的快感后，便私下对城中一些罪犯行刑。戈登从一些蛛丝马迹中察觉到巴恩斯的不妥，他在巴恩斯的桌上翻到了很多与杰维斯·泰奇一案有关的资料，巴恩斯身上的变化便解释得通了。巴恩斯回到办公室，正好撞见戈登在他房间翻找资料，巴恩斯从戈登的言行举止中嗅到了怀疑的味道，于是将计就计，说自己找到向西蒙行凶之人的线索，让戈登随自己一起去办案。

小莱和马里奥即将步入婚姻的殿堂，两位准新人这天晚上，跟马里奥的父亲法尔科内共进晚餐，商量第二天宴会彩排的事。就在这场天伦之乐接近尾声时，马里奥的座驾突然发生了爆炸。法尔科内看着燃烧的车子，嗅到了危险的气息。芭芭拉的搭档塔比莎不见了，同时失踪的还有塔比莎的情人布奇。芭芭拉回想起之前红头罩帮事件，认为科波特是最有可能把塔比莎和布奇藏起来的罪魁祸首，芭芭拉二话不说，便带枪闯入科波特的会议室。科波特此时正和哥谭市的各位头目商讨一些肮脏交易，看见芭芭拉只身前来挑衅，自然不会有好脸色对待。双方僵持了一阵后，芭芭拉知道自己现在处于劣势，且科波特看起来确实不知道塔比莎的下落，于是先行撤退。芭芭拉知道在科波特身上问不出什么，但他身边的女仆经常在宅里活动，想必会听到什么情报。芭芭拉收买了科波特的女仆奥尔嘉，从她口中问出了尼格玛最近的反常行为。

小莱因为马里奥的死，对戈登恨之入骨。但马里奥在小莱面前，死在戈登手上，这下戈登跳进黄河都洗不清了。戈登现在成为小莱和法尔科内的共同敌人，生命随时受到威胁。自从尼格玛离开了科波特后，科波特便无心政事，影响了自己在市内的声誉。根据最新数据显示，科波特成为了支持率最低的哥谭市长，并因此受到了关注。他的副参谋长塔金想着，尼格玛不在了，正是自己上位的好时机，他努力地向科波特提供好建议，并帮他策划了媒体宣传事件，就是联系哥谭市有名的记者，赫斯特女士。赫斯特女士以言语辛辣，在哥谭吸引了大批的观众粉丝，塔金想利用她的人气，加上科波特最近的话题性做一期访谈节目。然而，赫斯特女士似乎对科波特没有好感。戈登调整心态，重新投入到哥谭的案件调查中。最近，哥谭城中会出现一些死状异常的尸体，于是他和搭档哈维一起来到验尸房，调查一下这些有问题的尸体。

德怀特逃脱了戈登的追捕，在哥谭里变本加厉地聚集大量杰罗姆的信徒。戈登和哈维这时发现，德怀特以前曾经在印第安山工作过，也就是，他在科学怪人斯特兰奇手下工作过，而杰罗姆的尸体，被运到了印第安山。一切很容就猜想出来，以德怀特以前的工作方法，还有对杰罗姆的迷恋，他想要复活杰罗姆。科波特作为哥谭市长一职，已经在民众的心中失去了信誉。芭芭拉拿着报纸，把上面的负面新闻读给科波特听，看看他什么反应。科波特心里惦记着尼格玛，他觉得没有了尼格玛在自己身边，做什么事都提不起劲。这正是尼格玛想要的，也是芭芭拉计划的一部分。

陷入黑暗中的哥谭城，瞬间陷入了一片混乱之中。始作俑者杰罗姆，开始施展他那诡异的魅力，在这片黑暗当中，他的追随者越来越多，城中四处都有暴徒在打砸抢，而哥谭警察们则乱成了一团。另一边厢，尼格玛假装自己被人绑架了，给科波特打了一个求助电话。科波特一听见自己心爱的人陷入了危机，立即赶到指定的地方，想要拯救尼格玛。然而，两人见面时，尼格玛却出乎意料地淡定。他冷漠地看着焦急的科波特，一眨眼功夫便把他的手下用枪击倒。科波特还没反应过来什么回事，尼格玛便抓着科波特去看一辆烧焦的汽车，并质问他害死伊莎贝拉的事。科波特瞬间明白了尼格玛已经发现了事实的真相，然而一切已经为时已晚，科波特无论怎么解释，也抑制不住尼格玛的怒火。科波特的爱，在尼格玛看来，只是自私自利的表现。他认为爱就应该伴随着牺牲，如果科波特真的爱他，那应该希望他幸福，而不是摧毁他的幸福。

尼格玛对科波特痛下杀手后，心里顿感空虚寂寞，因为他把自己的挚友杀死了，没有了人生的导师和灵魂伴侣。为了寻找下一个人生导师，他找到哥谭的几位艺术家和科学家，向他们出谜题，借用这个方法筛选出懂自己的人。然而没有人能回答出这个疯子认可的答案，尼格玛感到很失望，对于这些没有用处的人，尼格玛从来都是手起刀落般的残忍。多位哥谭精英连环被杀，引来了哥谭警局的重视。而尼格玛此时频频出现幻觉，听见科波特在跟自己说话。尼格玛受到幻觉中的科波特指引，戈登就是自己的导师人选。尼格玛给哥谭警局寄出了一封信，希望把信息传递给戈登，但信息被时任局长哈维截获了。在福克斯的协助下，根据线索，排查出尼格玛下一个目标，就是在参加象棋锦标赛的棋局精英。果然不出所料，尼格玛躲在象棋赛的赛场一角，偷偷恭候着戈登。然而，来者并不是戈登，而是福克斯和一群警察，但尼格玛并没有丧气，反而被福克斯勾起了他的兴趣。戈登此时受到叔叔的邀请，来到了一所位于深山的老屋。这位叔叔离开哥谭多年，如今突然回来，还约戈登见面，开嘴闭嘴都是谈到当年跟戈登父亲的兄弟情。

科波特总是奇迹般的福大命大，他被尼格玛推进海里后，被艾薇救了起来。艾薇仿佛被他身上那种怪诞的特质吸引，想要跟他成为好朋友，于是她把科波特安置在自己的温室里悉心照料。科波特身体恢复后，身上的戾气也回来了，他要求回哥谭，但艾薇劝他暂时呆在这里比较好。科波特一开始态度恶劣地要求艾薇帮他联系盖布，想要组织军队进行反击，但是艾薇见不惯他这种恩将仇报的嘴脸，在两人进行一番互相揶揄之下，科波特终于改善自己的态度，求艾薇帮忙联系盖布。盖布收到消息后便赶来艾薇的温室，然而艾薇却悄悄告诉科波特，她不信任这个人。科波特起初一意孤行，可惜事与愿违，盖布正如艾薇所料地出卖了他。艾薇和科波特被盖布和他带来的人绑了起来，还被拍了照，正准备被当作拍卖品一样公开售卖。戈登见过叔叔弗兰克后，便开始着手调查父亲的死因和猫头鹰法庭。

在艾薇的提议下，科波特跟她联手，然后来到印第安山，看看那边还有没有剩下的怪人，可以被他收入麾下。之前惨遭斯特兰奇毒手，被改造成科学怪人的弗莱斯和布莉姬特被科波特招揽过来了，科波特和艾薇也正式成为了盟友，两人正密谋着重返哥谭，拿回属于自己的东西。布鲁斯被绑架后，便被人囚禁到一所雪山深处的封闭石屋里。在那里，有一位穿着武士服的老人一直在训练他的战斗术，还利用一些针来刺激他的大脑，诱导他面对自己悲痛的回忆。虽然布鲁斯不知道对方的目的何在，但他看对方暂时不会对自己有危害，而且日子渐长，布鲁斯的体格和功夫与日俱增，他暂时按照对方的意愿行事。布鲁斯的克隆人住进了韦恩庄园，阿尔弗雷德虽然感觉到少爷有点不妥，但因为太像了，完全没有怀疑过他的身份。凯瑟琳打算招揽戈登进猫头鹰法庭，替代他叔叔的位置，但她未能完全信任戈登，还需要观察一下。

戈登获取凯瑟琳的信任后，终于在猫头鹰法庭占有一席之地。在潜入内部后，他趁人不注意时，拿起凯瑟琳的面具，取得了她的指纹，然后带回警局，让哈维帮忙以指纹为线索，查探凯瑟琳的身份。与此同时，小莱给弗兰克验尸时，一口咬定弗兰克是被谋杀的，她怀疑这是戈登所为，要求哈维帮忙彻查此事。知道真相的哈维自然不想理会小莱，小莱的执着反而让哈维觉得她对戈登就是有偏见。两人争执了一番后，便不欢而散。哈维查到凯瑟琳的身份后，向戈登汇报。这个呼风唤雨的女人是哥谭的一支最古老的家族——门罗家族的后人，她的住宅也查出来了。戈登知道后，打算潜入凯瑟琳的住宅一探究竟，哈维劝他小心行事后，便提醒他，小莱情绪十分不好，可能要找他的茬。科波特招揽了帮手后，便杀回哥谭，他要登上哥谭的顶峰，就必须铲除阻碍他的势力。

正如科波特所期待的，他成功引起了猫头鹰法庭的注意，凯瑟琳命人把他关到秘密监狱中。科波特刚被关进一个铁笼中，他便发现旁边的铁笼关着的，是他的老朋友尼格玛。两人尽管互相憎恨着对方，但当务之急是逃出生天，两人决定约法三章，设下六个小时的窗口期，一起合作逃跑。戈登和哈维查到凯瑟琳的身份后，便顺带查了她的房产。她房子的实际面积和上报面积有明显的出入，这显得十分可疑，戈登怀疑，凯瑟琳家里有个地下室，是属于猫头鹰法庭的秘密空间。两人结伴偷偷潜入凯瑟琳的大宅地下室，打算一探究竟。果然不出所料，戈登和哈维摸黑时看见地下室藏了个水晶猫头鹰，他们用电筒一照，光线透过猫头鹰在墙上映出一副哥谭市的地图，地图上还有数十个小点，他们猜测这些事猫头鹰在哥谭的秘密地址。

莱斯利医生执着地把马里奥的死，归咎到戈登身上，其实她心里早就清楚，马里奥是染了病毒，戈登才把他杀死的。为了说服自己，责怪戈登是一件心安理得的事，外加最近她察觉到哥谭似乎有不为人知的骚动，她来到阿卡姆精神病院，找到泰奇。泰奇看见莱斯利医生来找自己，感到十分兴奋。泰奇特意提起那次在饭桌上，戈登为了救小莱，想要牺牲自己记者女朋友的事。莱斯利这时终于察觉，其实戈登和自己一样，都是内心藏着阴暗的一面，他们之间都是爱着对方的。企鹅人原以为自己再次扳回一城，没想到芭芭拉捉了塞琳娜，让她说出艾薇和科波特的位置。

病毒扩散到市内每一个角落，数以千计的市民染上病毒后变得狂躁无比，而在室内工作活动的市民则成了受害者，哥谭市新闻呼吁市民尽量呆在家里，不要外出。哥谭警局抓捕了很多染了病毒而犯罪的人，但罪犯全部都力大无穷，警察们压制不住这阵暴动，哥谭市一天之内，变成了人间炼狱。

戈登为了从尼格玛手中夺得泰奇，只好除此下策，把尼格玛最想要的人——科波特作为人质，在他手上把泰奇交换过来。尼格玛跟芭芭拉本就是基于利益之上的合作关系，而塔比莎在经历了种种事件后，发现芭芭拉跟自己的爱不再当初了，在布奇的劝说下，塔比莎协助尼格玛，把泰迪从芭芭拉的囚室中放出，并交了给戈登。