ゴッサム市警で大改革が行われた後、ペンギンが、ゴッサム・シティの闇社会で最高権力の座を獲得する。ジェームズ・ゴードンは、ある理由でペンギンの助けを求め、自分が今まで持ち続けていたモラルの指針が揺らぎ始めたことを恐れていた。一方ブルース・ウェインは、父の秘密を突き止めるため調査を進める。そんな中、街に新参のテオとタビサ・ギャラバンが現れる。

元の職務に戻ったゴードンは、今 最も注目を浴びる事件のために奔走している。アーカム・アサイラムから命懸けで脱出した受刑者の追跡だ。一方ギャラバンは、次のステップへ歩を進めようと計画し、ブルースは父の部屋にまつわる秘密を解き明かすため、父の旧友に協力を求める。そんな中、エドワード・ニグマはクリステン・クリングルをデートに誘おうとする。

法と秩序を守るために強靱な組織を作るという任務を託された、ナサニエル・バーンズ警部。彼は、チームを立ち上げるため、あまり乗り気でないゴードンとタッグを組もうとする。一方、ギャラバンに致命的な弱みを握られたペンギンは、彼の計画に協力せざるを得なくなる。そんな中、ニグマはついにクリングルをデートに誘い、彼女との距離を急速に縮めていく。

ギャラバンとペンギンが手を組み、ゴッサム・シティの危険なファミリーに協力する。その中でペンギンは、ギャラバン家の歴史に横たわる秘密、すなわちウェイン家との確執が何世紀にも及んでいることに気づいていく。一方、ゴッサムの街で次々に起こる事件と奮闘するゴードンは、ウェイン家を巻き込む対立が再浮上していることなど知るよしもなかった。

ブリジット・パイクは、兄たちと再び行動を共にしていたが、抑圧的な彼らから逃れて、自分の未来について自分自身で決めたいという思いが心の中に湧き上がっていた。一方クリングルとニグマの関係は、新しい段階へ進もうとしていた。そんな中、ゴッサム・シティの闇社会で権力を握ろうとしているペンギンとギャラバンは、今も激しい戦いを繰り広げていた。

ペンギンとその手下たちは、ブッチ・ギルジーンに導かれてある倉庫へ行くが、そこには、ペンギンの母、ガートルード・カプルプットが捕らえられていた。ペンギンは、それがゴッサム・シティの新しい市長、テオ・ギャラバンの仕業だと思い、復讐のため彼の母を誘拐しようとする。片やニグマは、悲惨な事故で致命的な被害に遭い、絶望の中で事後に対処することになる。

ギャラバンは、ブルース・ウェインとビジネス上の取引をしようとしていたが、そこにジム・ゴードンという邪魔者がいることに気づく。ギャラバンは、その邪魔者を追いやるために、バーバラをゴードンのもとへと送り込む。一方、バーンズ警部とブロックは、バーバラを懸命に追跡している。そんな中、大事な人との悲しい別れをしたニグマは、顔なじみに会う。

街から悪を一掃するため、バーンズ警部とともに懸命な捜査を続けているゴードン。そして彼は、ついに、ゴッサム・シティの最も危険な殺し屋、エドアルド・フラミンゴと顔を突き合わせる。そんな中、久しぶりにばったり再会したニグマとペンギンは、悪だくみを巡らし、ブルース・ウェインは、両親を殺した犯人の名前を引き渡すようギャラバンに詰め寄っていた。

若い警官が、エドアルド・フラミンゴに殺され、彼の葬儀に出席したゴードンは、沈黙の中に怒りをたたえている。ゴードンは、ゴッサム・シティに蔓延するおびただしい暴力とギャラバンとの接点に近づきつつあるが、核心を突くことができずに苛立っていた。そんな中、ブルースは、自分の両親を殺した犯人の名を暴こうと少しずつだが前進していく。

ブルース・ウェインが誘拐される。彼は、ウェイン家に恨みを持つ者たちから復讐の標的にされていたのだ。ゴードンは、必死にブルースを救おうと奔走する。だが、そのためには、意外な人物、しかも油断のならない危険人物に援助を求めなければならなくなる。悪党たちの戦いの中で、誰もが生き残れるという訳ではなかった。

ペンギンが、テオ・ギャラバンを殺害したことを認め非難を浴びる。だが、それ故にゴードンが事件から簡単に解放されるわけではなかった。一方ゴードンとブロックは、ゴッサムの傑出した低温化学専門家、ビクター・フリーズが関与している死体窃盗事件について調査する。ヴィランたちの怒りは収まらない。

引き続きビクター・フリーズの捜索をしている、ゴードンとブロック、そしてバーンズ。彼らはフリーズを捕まえるために、彼の妻ノーラに助けを求めることを余儀なくされる。一方ペンギンは、ヒューゴ・ストレンジ教授と知り合いになる。そんな中、アルフレッドは、ブルースが今も探し続けている、両親を殺害した人物についての極めて重要な情報を彼に伝えていた。

アルフレッドの献身的な援助とセリーナの協力のおかげで、ブルースは、ついに両親を殺した男、マローンと顔を付き合わせることになる。一方、ゴードンはエドワード・ニグマを追及して、クリステン・クリングルの居場所を突き止めようとする。そして、ヒューゴ・ストレンジ教授は、ペンギンの攻撃性を弱めるために、試験的な治療を続けていた。

ゴードンとブロックは、美術館強盗事件で残されたある手掛かりを追跡する。それは、ニグマが彼らと危険なイタチごっこをする中で、密かに残したものだった。一方ゴードンは、匿名の人物から、ギャラバンが殺された方法をバラすと脅され、蘇る過去に怯え始める。そんな中、昔の友人を訪ねたペンギンは父親に会い、ブルースはこの街で生きる術を身につけようとしていた。

もはや保護拘留下ではなくなったゴードン。彼は、刑務所の中の新たな脅威と危険に直面し、その中で生き抜くためにブロックなど外部からの協力だけでなく“新しい友人”にも頼らなければならなくなる。一方ペンギンは、自分の父親との距離をますます縮めていく。そして、ペンギンの継母と義理の兄妹たちは、ある計画を企て、それを遂行するために歩を進めていた。

ゴードンは、身の潔白を証明するために、自分で自分の事件簿を盗んでしまう。そして彼は、エドワード・ニグマに近づいて助けを求める。一方、ペンギンは、継母と義理の兄妹たちが、父の死に関してどんなことをしたかを発見する。また、それによってペンギンは、父の死後、悲しみに暮れ“条件付け”されていた状態から覚醒するのだった。

アーカム・アサイラムを去ったあと、バーバラは、ゴードンと仲直りをしようと努力する。一方ブルース・ウェインとアルフレッドは、キメラ・プロジェクトを進めていた、トーマス・ウェインの古い友人の一人を見つけ出す。だが、そんな彼らの前にヒューゴ・ストレンジ教授が立ちはだかり、計画を阻止されてしまう。

ゴードンとブルースは、キメラ・プロジェクトについての真相を知ろうと、ヒューゴ・ストレンジ教授を問いただす。だがそれがきっかけとなり、ストレンジ教授は新たに復活したギャラバンをゴードンのもとへ送り込み、彼と対決させようとする。そんな中、エドワード・ニグマは、ストレンジ教授という人物が、一体何者なのかということを調べていた。

アズラエルがいつの間にかゴッサム・シティに姿を現す。アズラエルの復活を知ったペンギンに強い復讐の念が湧き起こる。一方、恐ろしく違法な実験を繰り返していたストレンジ教授は、法の目をくぐり抜け逮捕を免れようとしていた。だが、それを許さないブルースは、セリーナ・カイルに助けを求め、彼を捕らえるために全力を挙げる。

ヒューゴ・ストレンジ教授が、顔なじみの人物をゴッサム・シティに迎え入れる。彼は、インディアン・ヒルでフィッシュ・ムーニーを蘇らせたのだ。一方ブルース・ウェインは、友人が危険に陥っていることを知り、ゴードンやアルフレッド、そしてルーシャスと手を組み友人を救おうとする。その間にも、ブルースはストレンジ教授の実験について新たな情報を暴いていく。

ゴードンとブルース、そしてルーシャスがいまだインディアン・ヒルに留まる中、ゴッサム・シティは、新たな脅威と直面することになる。ヒューゴ・ストレンジ教授の研究所に収容されている者たちが、そこから逃亡して新しい人生を歩もうという計画を練っていたのだ。