Da Bruce opdager sin afdøde fars hemmeligheder, indgår Gordon modvilligt et samarbejde med Oswald Cobblepot.

Gordon leder forsøget på at finde de undslupne fanger fra Arkham, som stadig er på fri fod. Alfred tager drastiske skridt for at beskytte Bruce.

Efter en tragedie på afdelingen forfremmes Gordon, og der gøres en fornyet indsats for at bekæmpe alt ondt. Theo Galavan fremlægger sin plan for Gothams fremtid.

Da Pingvinen og Galavan begynder at samarbejde med en familie af brandstiftere, øges kriminaliteten i Gotham. En gammel strid genopstår mellem familierne Galavan og Wayne.

Mens en splittet Bridgit overvejer sine muligheder, fortsætter Pingvinen og Galavan deres duel om magten.

Den hævntørstige Pingvin er fast besluttet på at befri sin tilfangetagne mor. Silver og Selina mødes for første gang og skændes om Bruce.

Da Barbara vågner op fra et uhyggeligt mareridt, giver den magtsyge Galavan Bruce et tilbud, som er svært at afslå.

Lee er bekymret for Gordons mørke side. Edward tager sig af den skadede Pingvin, mens han bliver rask – og spørger ham til råds.

Selina og Bruce fornyer deres partnerskab. Gordon forsøger at holde Galavan bag tremmer, hvor han hører hjemme.

Da Bruce bortføres, beder Gordon en usandsynlig allieret om hjælp i et forsøg på at stoppe Galavans planer om hævn over familien Wayne.

Gordon forbereder sig på at vidne i en vigtig retssag, og en ny skræmmende skurk, som fryser folk til døde, dukker op i Gotham.

Alfred afslører flere detaljer om den mand, som dræbte Bruces forældre. Politiet forbereder sig på at overflytte en ny fange til Arkham Asylum.

Pingvinen konsulterer fortsat Hugo Strange, som mener, han kan "helbrede" Pingvinens vrede. Bruce aflægger et nyt løfte om, at han vil finde sine forældres morder.

Mens Gordon og Bullock efterforsker et museumsrøveri, ser Pingvinen nogle gamle venner. Bruce tester sin nye gadestil.

Gordon får smag på fængselslivet, og Bullock overbringer forfærdelige nyheder. Pingvinen må tage sig af skærmydsler i familien.

Mens en desperat Gordon arbejder på at redde sit omdømme, opdager Pingvinen den overraskende sandhed om sin fars død.

Barbara kontakter Gordon i et forsøg på at genetablere deres forhold. Bruce og Alfred går på jagt efter en af Thomas Waynes gamle partnere.

Mens Gordon udspørger professor Strange om hans arbejde på Pinewood Farms, forbereder en farlig ny skurk sig på at indtage byen.

Azraels løfte om at dræbe Gordon får Pingvinen til at komme frem fra sit skjul. Men det tager ikke lang tid, inden Bruce bliver det nye mål.

Bruce forsøger at redde Selina med hjælp fra Gordon, Lucius og Alfred. Men først må de finde professor Stranges hemmelige laboratorium.

Gordon gennemgår i en stofrus en transformation dybt inde i professor Stranges laboratorium. En ny trussel hænger over Gotham.