以杰罗姆为首的‘疯子帮’正式开始了在哥潭市的犯罪之旅，很快就给警方一个下马威，导致新局长艾森阵亡，布洛克也因此决定重拾警徽；与此同时布鲁斯韦恩因为蝙蝠洞中的秘密与阿尔弗雷德产生了争执，导致数据被毁，阿尔弗雷德不得已拉卢修斯入伙......

布洛克和戈登从杰罗姆的父亲开始追查线索，但是被杰罗姆抢先一步，证人消失，并留下了伪造的证据；

在哥谭市的慈善晚宴上，疯子帮展开了新一轮的混乱，但是被戈登，布鲁斯，阿尔弗雷德，瑟琳娜联手毁灭，西奥见势不妙，杀死杰罗姆以灭口，芭芭拉逃脱，但是杰罗姆疯子一般的举止通过电视传播到了哥谭市的各个角落，整个城市开始陷入混乱之中......

正当企鹅人开始收拾杰罗姆留下的烂摊子时，西奥绑架了企鹅人的妈妈，以此来要挟他干扰市长选举，而哥谭警局换来了一位铁腕的新警督，在保护了一位市长竞选人之后，警督将下一个目标对准了企鹅，而因帮企鹅收债杀人的戈登对此......

企鹅不得不听从盖勒文的命令去指派一伙纵火犯盗窃一把奇特的古董刀，为了寻找盖勒文的弱点他追查了刀的线索，并从一名知道哥谭市百年内幕的老太太口中得知了盖勒文家族与韦恩家族两百年前的恩怨，企鹅由此得知了盖勒文的软肋并不惜牺牲布奇打入盖勒文一派的内部，另一方面，突击队因为纵火犯的行为而损失了一名成员，戈登由此答应了盖勒文的建议，以竞选背书为条件，获得整个城市对于警察打击犯罪分子的支持……

戈登到处寻找纵火人，好不容易抓到一个嫌疑犯尼诺但也并不是昨晚的纵火人，他寻找一个女纵火犯，但是尼诺根本没听说过。凯尔要想办法弄到钱，于是去地下贩女场进行大肆抢劫，让所有人把现金都装在布袋子里。

企鹅跟随布奇来到码头救母，却发现布奇已被塔比莎反洗脑，其实是带他踏入了陷阱。塔比莎当着企鹅面杀了他母亲，企鹅伤了西奥，勉强逃走。西奥以压倒性优势赢得选举，鼓动丹特和巴恩斯警监采取强硬手段通缉搜寻企鹅，戈登对其方法稍有微词。戈登和布洛克找到了布奇，布奇透露西奥才是幕后黑手。

尼格玛把柯丽丝汀的尸体带进林中想悄悄埋掉，却被人撞见。尼格玛不得不打死了他，然后去取工具打算肢解尸体，回来时又发现自己的三明治被吃掉，追随吃的人留下一路的血迹，却找到了企鹅。西奥说自己掌握了杀害布鲁斯父母真凶的资料，以此为筹码，要布鲁斯将公司卖给他。为了让戈登无暇顾及他，派芭芭拉去吸引戈登注意。

尼格玛把企鹅带回家照顾，由于丧母，企鹅完全丧失了斗志，有意离开哥谭。但尼格玛最终成功激励了他，两人成为犯罪搭档。塔比莎找到职业杀手，想买凶杀死戈登。然而第一位杀手却未能杀死戈登，于是杀手组织又派出更多人，将来到西奥顶层公寓取证的戈登、巴恩斯一行人困在楼上，最终巴恩斯受伤、另有警员身亡，但第二波杀手也被击退。

布鲁斯与塞琳娜设下苦肉计，终于揭露了茜尔薇的真面目，并套出了杀害布鲁斯父母真凶的名字。僧侣到处杀人，戈登查明他们是圣杜马修会，与西奥有一定联系，而且在完成一种血祭，要杀九个人，最后一个是“哥谭之子”。

西奥绑架了布鲁斯，并计划于午夜血祭他。还要茜尔薇再次勾引他，以证忠心，但茜尔薇反被布鲁斯为人折服。阿尔弗雷德好不容易从垃圾场逃脱，却为找车回去被警察当做歹人击昏。戈登被企鹅救走去了尼格玛家，警监以为他袭警后逃脱，不得不通缉了他。尼格玛引小莱找到了戈登，企鹅和戈登准备去袭击西奥。

戈登就盖勒文之死撒谎，由于查不到罪证而官复原职。企鹅成了逃犯，布奇成了哥谭犯罪之王，塔比莎找到布奇要与他合作，被塞琳娜看到。维克多·弗莱斯因妻子病重，急于找到办法将妻子冷冻后再复苏，而绑架无辜者做实验，但屡屡失败。企鹅被巴恩斯抓住，但在审讯时对盖勒文之死保持了与戈登一致的说法，巴恩斯选择相信他们。

弗莱斯杀了七名警察，并绑架了一名工厂门卫作为人质，要挟警方释放他的妻子。警方决定把他的妻子转移到阿卡姆，并计划可以在不危及平民的前提下抓到弗莱斯。

小莱得知柯丽丝汀没有领取工资，也未留下转寄地址，感到奇怪，拜托戈登查清她下落，戈登去问尼格玛，尼格玛搪塞过去，但心里感到紧张。

博物馆发生奇怪劫案，戈登根据线索找到了火车站，发现了炸弹，随后又依据"线索"找到了一间公寓楼，却发现一位同事被人打死，这时赶来的巴恩斯将戈登当做凶手逮捕，而种种证据竟都指向戈登。原来尼格玛担心戈登会查清柯林格失踪真相，决心摆脱戈登。

企鹅的父亲真心接纳了他，即便企鹅袒露了他的犯罪过去，父亲也表示既往不咎，还打算修改遗嘱，把房子留给他。这引起了他妻子和妻子的两个孩子的不满，他们企图离间企鹅和父亲，但没有成功，于是决心毒死企鹅，谁知企鹅父亲却喝下了毒酒。

亲葬礼后，企鹅的后母想赶走他，最终为了避免麻烦留下他做佣人，后母的一对子女也欺负企鹅。企鹅无意中发现了毒死父亲的毒酒瓶，意识到是后母杀了父亲。于是把她的一对子女做成了烤肉给她吃，然后把她也杀掉了。戈登为了洗脱罪名，偷来了内务处的匿名线报录音带，发现举报者用了变声器。

戈登追查雇凶杀害韦恩夫妇的人，芭芭拉则主动帮忙，套到了戈登需要的情报，还表示希望戈登能重新将自己视作好人，但戈登则说不能原谅她企图杀害小莱。布鲁斯根据父亲的电脑追查到一名女子凯伦，得知她因反抗家暴入狱，后成为韦恩集团旗下机密项目"松林农场"的志愿者，本被许诺会治愈其残肢，却被改造成怪物。

斯特兰奇靠传说控制了被复活的西奥，让他相信自己是死亡天使阿泽瑞尔。而眼看戈登顺着松林农场的线索要查到自己，斯特兰奇骗西奥说戈登是罪人，让他去“铲除”罪孽。得知父母可能是斯特兰奇雇凶杀害后，布鲁斯想靠私行报仇，被戈登劝住。尼格玛偷听到斯特兰奇想解决戈登这个麻烦，提出帮忙，却被拒绝。

戈登和布洛克凭搜查令搜查斯特兰奇办公室，他却先一步粉碎了一切。戈登找到塔比莎，求她帮忙找西奥，塔比莎透露行刺警察的人不是西奥而是阿泽瑞尔，一个深夜出没的神话中的冷血杀手，戈登告诉塔比莎，要想找到阿泽瑞尔先要找到西奥。塔比莎还说西奥之前用的剑是仿制品，而真剑在她祖父墓穴中，几人一同前往，却遭遇西奥。

实验室里，雨果博士唤醒了他的“儿子”，这是他的第七个实验对象，博士在他体内注入了八爪鱼的DNA，效果完全符合博士的想象，这令博士非常满意，博士对他说“好好休息吧孩子，一会回来告诉我你是谁”，于是博士便走出了实验室。每一个实验对象实则已经都没有了对之前生活的任何记忆，而博士把这种现象叫做重生。

警队来到阿卡姆疯人院，听着远程指挥准备强行进入，这时戈登从疯人院里走出来，警队头目觉得戈登不太对劲，而戈登却说自己好极了。戈登在实验室里喊着斯特兰奇，博士准备将病人转移到州北的设施去，并且博士对于病人逃跑的这一说法很确定的说“他们不会的”，博士动作很快，他觉得警方不会再逗留了，所以设置了在解决戈登和韦恩之后就引爆的炸弹。