Il Pinguino è ormai re di Gotham e dopo una ristrutturazione generale al dipartimento di polizia di Gotham, la bussola morale del detective James Gordon inizia a vacillare quando cerca l'aiuto di Oswald. Bruce Wayne intanto continua ad esplorare i segreti che escono dall'ufficio del padre.

Gordon indaga l'evasione dei carcerati dalla prigione di Arkham mentre Galavan pianifica le sue prossime mosse. La ricerca di Bruce tra i segreti del padre lo porta sulle tracce di un vecchio amico di famiglia.

La caccia di Gordon e Bullock li mette in contatto con una nemesi che proviene dal passato. E che porta ad una situazione di stallo tra Jerome e Gordon. Uno show di magia nel corso di una festa al Children Hospital di Gotham si trasforma in una situazione tesa con presa di ostaggi.

Barnes mette su una squadra con l'aiuto di Gordon; il Pinguino è occupato cercando di portare a termine un favore per Galavan; Nygma chiede a Kringle un appuntamento.

Galavan e il Pinguino si alleano con una pericolosa famiglia di Gotham. Poi, con il riaccendersi della rivalità tra i Waynes e i Galavans, Gordon lotta per mantenere l'ordine a Gotham.

Dopo che Bridgit Pike si riunisce con il fratello, una nuova scintilla di coraggio le infonde la forza sufficiente per cercare di prendere il controllo del proprio destino. Mentre la relazione tra Kringle e Nygma procede, il Pinguino e Galavan continuano a battersi per prendere il controllo della malavita di Gotham.

Butch porta il Pinguino e i suoi uomini al deposito in cui viene tenuta segregata Gertrude, mentre il Pinguino progetta la sua vendetta contro Galavan per punirlo a seguito del rapimento della madre. Nygma, intanto, affronta le conseguenze di un incidente mortale.

Galavan manda Barbara a prendere Jim Gordon, che sta cercando di prendere accordi con Bruce Wayne. Barnes e Bullock sono sulle tracce di Barbara e Nygma ha un incontro faccia a faccia con un volto familiare.

Proseguendo nell'azione di pulizia della città Gordon, insieme a Barnes, ha un incontro ravvicinato con Eduardo Flamingo, uno dei sicari più pericolosi della città. Le strade di Nygma e del Pinguino si incrociano di nuovo, mentre Bruce mette sotto pressione Galavan per farsi rivelare il nome dell'assassino dei suoi genitori.

Gordon affronta un sospetto collegato a Galavan ma non riesce ad ottenere alcuna informazione utile. Bruce si avvicina ancora un po' alla scoperta del nome degli assassini dei genitori.

Quando Bruce Wayne viene rapito, Gordon è costretto a cercare aiuto e allenze con personaggi pericolosi.

Il Pinguino accoglie la morte di Galavan come se niente fosse, ma non lascerà andare Gordon facilmente. Gordon e Bullock indagano la furia necrofila di Victor Fries, uno dei più noti ingegneri di criogenica di Gotham.

Mentre Gordon, Bullock e Barnes proseguono nella ricerca di Victor Fries, sono costretti a chiedere l'aiuto della moglie Nora. Il Pinguino, intanto, viene presentato a Hugo Strange e Alfred rivela a Bruce alcune informazioni fondamentali sull'omicidio dei genitori.

Alfred e Selina aiutano Bruce nella sua ricerca di Matches Malone, killer dei genitori. Gordon prosegue, con Edward Nygma, la localizzazione di on Kristen Kringle e Hugo Strange continua il trattamento per ridurre gli effetti dell'aggressione del Pinguino.

Gordon e Bullock seguono una traccia di indizi lasciati durante una rapina ad un museo che, a loro insaputa, sono stati appositamente lasciati da Nygma all'interno di un pericoloso schema "gatto e topo".

Nel tentativo di dare una ripulita alla propria fedina penale, Gordon ruba il fascicolo sul suo caso e avvicina Nygma alla ricerca di aiuto. Il Pinguino intanto scopre il ruolo della sua famiglia adottiva nella morte del padre e ha una illuminazione sui condizionamenti a cui è stato sottoposto.

Dopo aver lasciato la prigione di Arkham, Barbara cerca di ottenere il perdono di Gordon. Bruce e Alfred rintracciano uno degli ex amici di Thomas Wayne di Progetto Chimera ma Hugo Strange rovina i loro piani.

Gordon e Bruce interrogano il Professor Strange sul Progetto Chimera, inducendolo a mandare il risorto Galavan ad un confronto con Gordon. Nygma nel frattempo indaga sul Professor Strange.

Azrael è a piede libero a Gotham City e scatena il bisogno di vendetta del Pinguino. Bruce ingaggia Selina Kyle per seguire le tracce del Professor Strange.

Hugo Strange da il benvenuto a un volto familiare a Gotham dopo aver riesumato Fish Mooney in Indian Hill. Bruce viene a sapere che un amico è in pericolo e si allea con Gordon, Alfred e Lucius, che stanno scoprendo altri strani esperimenti di Strange.

Mentre Gordon, Bruce e Lucius restano a Indian Hill, la città di Gotham sarà sottoposta ad una nuova minaccia nel momento in cui i "pazienti" di Hugo Strange escogitano un piano per fuggire e iniziare una nuova vita.