James Gordon en Harvey Bullock krijgen de opdracht om de moordenaar van Thomas en Martha Wayne op te sporen.

Gordon en Bullock onderzoeken een zaak waarin dakloze kinderen worden ontvoerd. Onder hen bevindt zich Selina Kyle. Oswald Cobblepot duikt op en begint zijn reis om naar Gotham terug te keren.

Een gemaskerde schurk vermoordt corrupte burgers door ze aan weerballonnen vast te binden. Intussen is Oswald Cobblepot weer terug in Gotham.

Falcone en Maroni vechten om het Arkham district van Gotham. Cobblepot wordt de nieuwe manager van Maroni's favoriete restaurant.

Gordon en Bullock zoeken naar de herkomst van een nieuw soort drugs, die eerst voor euforie zorgt en uiteindelijk leidt tot de dood. Intussen werkt Cobblepot zichzelf dieper in Maroni's organisatie en gaat Fish Mooney verder met haar complot tegen Falcone.

Iemand vermoordt rijke kinderen onder de naam 'The Goat', een seriemoordenaar die Bullock in zijn jonge jaren al achter slot en grendel heeft geplaatst. Montoya en Allen hebben eindelijk hun bewijs tegen Gordon.

Het komt eindelijk naar buiten dat Oswald Cobblepot nog leeft. Dit leidt er toe dat Falcone en Maroni op het randje van een oorlog komen te staan en Gordon op de vlucht moet.

Gordon en Bullock onderzoeken een zaak waarin een Gothamite sollicitanten tot de dood laat vechten voor een baan in zijn bedrijf. Bruce keert terug naar school en krijgt bezoek van een oude vriend.

Gordon gaat samenwerken met een jonge advocaat, Harvey Dent, om de moordenaar van de Wayne familie te vinden. Russen breken een bommenmaker uit de gevangenis en Selina Kyle komt in Wayne Manor wonen.

Huurmoordenaars vallen Wayne Manor aan om Selina Kyle te vermoorden. Bruce en Selina gaan samen op de vlucht. Terwijl Alfred en Bullock de kinderen proberen te vinden, gaat Gordon achter de man aan waarvan hij denkt dat die achter de aanslag zit, Dick Lovecraft.

Een onbekend persoon experimenteert op de patiënten van Arham Asylum en Oswald Cobblepot komt onverwacht in de gevangenis terecht.

In een poging zijn baan terug te krijgen, gaat Gordon achter Jack Gruber aan, een briljante maar gestoorde man als het gaat om elektriciteit, die ontsnapt is uit Arkham Asylum. Falcone wordt in het nauw gedreven nadat Mooney haar volgende stap heeft gezet.

Als een kroongetuige in een belangrijke moordzaak tijdens een politieverhoor de dood vindt, vermoedt Gordon dat iemand binnen de politie er achter zit en vraagt een oude vriend om informatie.

Mooney onthult een geheim van Cobblepot, waarbij Maroni wordt aangemoedigd om Oswald mee te nemen op een reis om zijn loyaliteit te testen. Gordon en Bullock jagen een moordenaar op die de fobieën van zijn slachtoffers gebruikt. Bruce Wayne confronteert Gordon met het feit dat hij geen progressie maakt in het onderzoek van de moord op zijn ouders.

Gordon en Bullock proberen Gerald Crane te stoppen, een biologie leraar die de angsten uit de klieren van zijn slachtoffers oogst. In een ongebruikelijke positie probeert Mooney nog steeds alle macht te krijgen. Falcone probeert Maroni over te halen een ander plan voor Penguin te bedenken. Bruce onderneemt een gevaarlijke wandeling.

Het circus, waar Gordon en Dr. Thompkins op dat moment een bezoek aan brengen, wordt aangevallen. Falcone geeft Butch Gilzean de opdracht Penguin te helpen met de nachtclub, terwijl Mooney elders wordt bezig gehouden. Bruce Wayne plant een meeting met de directie van Wayne Enterprises.

Na een aantal bankovervallen, doen Gordon en Bullock onderzoek naar de 'Red Hood'-bende. Intussen vormt Selina een band met Barbara, komt Cobblepot in de problemen, probeert Mooney haar positie terug te krijgen en wordt Alfred bezocht door een oude vriend.

Terwijl Gordon informatie zoekt aangaande de controverse rond commissaris Loeb, wordt Mooneys trouw aan de gevangenen in twijfel gesteld als ze moet samenwerken met Dr. Dulmacher. Bruce moet omgaan met de nasleep van een aanval vlakbij zijn huis.

Gordon en Bullock onderzoeken een oude zaak waarin 'The Ogre', een seriemoordenaar die zijn zinnen zet op jonge vrouwen in Gotham City, een rol speelt. Fish plant haar ontsnapping aan de 'Dollmaker' en Bruce en Selina confronteren Reggie.

Gordon en Bullock gaan verder met hun onderzoek naar The Ogre, waarvan het vermoedelijke volgende doelwit iemand is uit Gordon's nabije omgeving. Selina en Bruce werken samen om een corrupte medewerken van Wayne Enterprises te ontmaskeren. Nygma komt op voor Kristin Kringle.

Terwijl Gordon en Bullock nog steeds naar hem op zoek zijn, vindt The Ogre Barbara's breekpunt. Intussen leidt Penguin een bloedbad dat een epische oorlog ontketent. Bruce ontdekt de waarheid over Wayne Enterprises en Nygma moet omgaan met zijn recente acties.

De hel breekt los op de straten van Gotham waar misdaad organisaties botsen en een ware oorlog aangaan. Dr. Thompkins helpt Barbara door een moeilijke periode heen na haar ervaringen met The Ogre. Alfred en Bruce proberen Thomas Wayne's geheim te ontdekken.