A Gotham középpontjában a Batman képregényekből ismert szereplők állnak, ha úgy tetszik, tekinthetjük a sorozatot amolyan "Batman-eredettörténet"-nek. Gotham városát nagy csapás éri, mikor a milliárdos Thomas és Martha Wayne rablógyilkosság áldozata lesz egy sikátorban. A gyilkos csak fiuk, Bruce életét kíméli meg. Az ügyet az újonc nyomozó, James Gordon kapja meg, aki megígéri Bruce-nak, hogy megtalálja szülei gyilkosát. A sorozatban feltűnik Joker, Méregcsók, Rébusz, Madárijesztő, Hugo Strange és Kétarc is.

Gotham utcáiról valaki sorban rabolja el a hajléktalan gyerekeket, a rendőrség nyomozásba kezd, Gordon és Bullock kapják az ügyet. A nyomok a régen bezárt Arkham Elmegyógyintézethez vezetnek.

Egy álarcot viselő férfi meteorológiai ballonok segítségével gyilkol meg korrupt tisztviselőket, amikor is Jim és Harvey kapják az ügyet. Cobblepot visszatér Gothambe, és csendben elkezd új kapcsolatokat kiépíteni. Montoya felkeresi Barbarát, hogy Jim piszkos ügyeiről beszéljen neki...

Ron Jenkins képviselőt holtan találják egy kollégájával együtt, Harvey kapja meg az ügyet, ami elsőre rablógyilkosságnak tűnik. Fish új énekest keres a bárjába. Cobblepot meglátogatja Jimet az otthonában, és mesél neki az alvilág átrendeződéséről, azaz Falcone és Maroni harcáért Arkhamért.

Egy új drog kerül forgalomba Gotham utcáin, a Vipera természetellenesen erőssé és agresszívvá teszi a fogyasztóit. Gordon ismét bajba kerül Cobblepot miatt, Maroni előtt kell tanúsítania, hogy hogy maradt életben a férfi.

Amanda Hastings, a város egyik legbefolyásosabb családjának egyetlen örökösének holttestét a kikötőben találják meg, az elkövetés körülményei Harveyt egy 10 évvel ezelőtti esetére emlékezteti. Gordon és Barbara mindent megtesznek azért, hogy kibéküljenek, még a fájdalmas őszinteséget is vállalják. Pingvin hazatér az édesanyjához végre.

Fish Barbarát bántva akar bosszút állni Jimen Pingvin miatt, a férfinak gondoskodnia kell arról, hogy a lány biztonságban elhagyhassa Gothamet. Montoya és Allen rájön, hogy Jim nem sáros, segítene a férfinek eltűnni Falcone elől.

Barbara sehol sem érzi magát biztonságban, még a saját lakásukban is fegyvert tart a keze ügyében. Albert ráveszi Brucet, hogy menjen vissza az iskolába, ahol a fiú nagyon rosszul érzi magát, mert mindenki a szülei haláláról kérdezgeti.

Jim hazaviszi magával Selinát, amikor rájön, hogy Barbara elhagyta őt, és ezt egy levélben közölte a férfival. Bruce meg szeretne tanulni verekedni, Alfred segítségét kéri ebben. Pingvin rájön, hogy Fish mit tervez Lizával.

Harvey Dent mégsem tartja be a Jimnek tett igéretét, elterjed az utcákon a hír, hogy a Wayne gyilkosságnak van egy szemtanúja. Macsek bajba kerül, Bruca-szal együtt kell menekülniük. Falcone azt hiszi, hogy Pingvin árulta el.

Jim nagyon rosszul érzi magát az új beosztásában. A főnöke azonnal újabb lefokozással fenyegeti, mivel több bűneset is történik az Arkhambe érkezése után. Montoya elmondja Barbarának, hogy nem akar vele lenni. Macsek kihasználja, hogy senki nem lakik Gordonék lakásában.

Fish úgy dönt, hogy ideje akcióba lendülnie Falcone ellen, ezért elraboltatja Lizat. Jim szövetkezik Maronival, hogy egy korábbi ügye végére járhasson. Barbara hazatér a szüleihez, akik nagyon meglepődnek, hogy felbukkan náluk.

Egy drogdílert holtan találnak a kikötőben, Jim és Harvey kapják az esetet. Gyorsan találnak is egy szemtanút, aki látta a gyilkos arcát, ám a férfit megölik a rendőrségen még a kihallgatás előtt. Falcone egy profi vallatóra bízza Fisht.

Jim elmegy Barbara lakására, hogy ott hagyja a kulcsát, ám arra nem számít, hgy Macsek beköltözött a kettejük távollétében. Nygma bajba kerül, amikor engedély nélkül megvizsgál egy holttestet, Essen felfüggeszti.

Jim javaslatára Dr. Thompkins beadja a jelentkezését a rendőrségi orvosszakértői állásra. Bruce egyedül készül túrázni egy családi szokásnak megfelelően, Alfred aggódik érte, de hagyja neki. Pingvin meghívja Jimet az új klub megnyitójára.

Jim cirkuszba viszi Leet az egyik randijukon, ahol azonnal egy gyilkossági esetbe keverednek, holtan találják a kígyóbűvölő művésznőt. Fish kieszel egy tervet, arra, hogy jobb körülmények között tengődjenek a rabságban. Barbara elhatározza, hogy felkeresi Jimet.

Pingvin klubja továbbra sem termeli a pénzt, és ezen az sem segít, hogy kifogynak az alkoholból, amit kizárólag Maronitól tudna beszerezni. Jim és Harvey egy bankrablási ügyben nyomoznak, ahol az egyik bűnöző ismertető jele egy vörös csuklya.

Alfred a támadás után kórházba kerül, ám így sem hajlandó kiadni, hogy ki támadta meg, és Brucet is erre kéri. Arnold Flass szabadon bocsátása teljesen kiakasztja Jimet, főleg amikor megtudja, hogy Harvey vallomása az oka ennek.

Egy fiatal rendőr megkeresi Jimet egy döglött üggyel, mert úgy véli, hogy a férfi új szemszögből tudná megközelíteni a nyomozást. Lee is segíteni akar, ám Harvey egyáltalán nem lelkesedik az ötletért. Alfred idő előtt felkel az ágyból.

Jim elhatározza, hogy nem adja fel a nyomozást az Ogre után, annak ellenére, hogy emiatt Lee veszélybe kerülhet. Harvey természetesen segít neki. Nygma nem kezeli jól, hogy Kristenen sebeket lát, amiket valószínűleg az új udvarlója okozott.

Az Ogre kétségbeejtő helyzetbe hozza Barbarát. Gordon és Bullock közben mindent megtesznek, hogy megtalálják. Pingvin mészárlást rendez. Eposzi háború veszi kezdetét.

Fish visszatér a városba, Selina az első ember, akivel összetalálkozik, aki azonnal csatlakozik is hozzá. Barbara azt szeretné, ha Leslie segítené a rehabilitációjában, ami Jimet nagyon kellemetlenül érinti. Gotham utcáin közben tombol a háború, Maroni és Falcone emberei egymást ölik.