Детектив Джим Гордон приезжает в Готэм, и первым же его делом становится расследование убийства двух самых влиятельных людей в городе: Томаса и Марты Уэйнов. Джим обещает их сыну Брюсу во что бы то ни стало найти и наказать убийцу. Вскоре Джим убеждается, что весь Готэм просто погряз в произволе и беззаконии, и убийство Уэйнов — лишь верхушка айсберга.

На улицах Готэма орудует группа неизвестных похитителей. Жертвами преступников становятся подростки-беспризорники, живущие в подворотнях города. Детективы Харви Буллок и Джеймс Гордон узнают от Фиш Муни, что подростков похищают для некоего загадочного заказчика. Но зачем ему нужны дети, никто не знает. В ходе расследования Джеймс знакомится с Селиной Кайл, которая знает кое-что интересное об убийстве Уэйнов. Тем временем Освальд («Пингвин») строит планы о своем возвращении, а Фальконе дает Фиш Муни понять, кто в Готэме хозяин.

Когда жертвой нового злодея по кличке Человек-Воздушный шар оказался коррумпированный чиновник Рональд Дэнзер, полиция не спешила на поиски преступника. Но как только под удар попал известный дурной славой детектив Билл Крэнстон, капитан полицейского участка распорядился сосредоточить все силы на поимке Человека-Воздушного шара. Директор фабрики метеозондов, узнавший в орудиях убийства собственный продукт, поспешил сообщить Буллоку и Гордону о том, что украл их никто иной как Карл Смайкерс. Но Гордон сомневается, что Смайкерс и есть тот, кого они ищут. А в это время Освальд пытается всеми силами вновь вернуться в игру и устраивается на работу к главному конкуренту Фальконе – дону Марони.

Освальд заявляется домой к Джиму и обещает стать его тайным агентом в мире мафии. Пингвин предупреждает Джима о том, что два могущественных преступных синдиката Готэма – семьи Фальконе и Марони – борются за проект переустройства Аркхема, и вскоре появятся первые жертвы этой политической борьбы. И правда, в участке Джим узнает, что ночью был убит советник Дженкинс. Почерк киллера очень примечательный – он устраняет своих жертв с помощью необычного оружия, стальной иглы. Убийства случаются одно за другим, и Харви с Джимом начинают опасаться, что под угрозу может попасть даже сам мэр Готэма.

В Готэме появляется новый смертельный наркотик, получивший название «Гадюка». Он дарит необычайную силу и чувство эйфории, но лишь на несколько часов. В городе начинаются беспорядки, принявшие «Гадюку» люди крушат всё, что попадается им под руку. Буллок и Гордон узнают, что некий человек с изувеченным ухом раздает «Гадюку» на улицах совершенно бесплатно. Тем временем Брюс изучает бумаги «Уэйн Энтерпрайзис» и приходит к выводу, что проект Аркхема попал в руки Марони и Фальконе благодаря компании его семьи. Брюс отправляется в «Уэйн Энтерпрайз», надеясь поговорить с советом директоров. А Фиш Муни занимается подготовкой к атаке: готовит свое «секретное оружие», Лайзу, к наступлению, а также заводит себе новых союзников.

Десять лет назад, еще на заре своей карьеры, Харви Буллок работал над странным делом: тогда в Готэме объявился кровавый маньяк, именующий себя Духом Козла Отпущения. Преступник похищал первенцев богатейших семей Готэма и жестоко расправлялся с ними. И вот, спустя всё это время, в городе объявляется подражатель. Стиль его убийств пугающе похож на почерк Духа Козла Отпущения, вплоть до мельчайших деталей, и Харви не может поверить в то, что эти преступления совершали разные люди, не знакомые друг с другом. С помощью своего напарника Джеймса Гордона и любителя загадок Нигмы детектив Буллок раскрывает тайну Духа Козла Отпущения.

Гордон и Буллок занимаются расследованием убийства Коулмэна Лоусона, и след приводит их к финансисту Ричарду Сионису. Оказывается, что тот устраивает в Сионис Инвестментс очень необычный отбор для соискателей, желающих работать в его компании, буквально не на жизнь, а на смерть. А в это время Освальд пытается помириться с Фиш, но получает жесткий отказ. Оскорбленный Пингвин готовит план мести. Брюс возвращается в школу и сталкивается с некоторыми трудностями в общении со сверстниками.

Барбара неожиданно покидает Джима, оставив ему лишь прощальную записку. Но у детектива Гордона нет времени горевать, ему нужно спрятать где-то своего главного свидетеля по делу, Селину Кайл. Джим отвозит девочку в самое безопасное место в Готэме – поместье Уэйнов. Поначалу Альфреду совсем не нравится эта идея, но вскоре он замечает, что Брюс будто оживает благодаря Селине. А в это время кто-то похищает заключенного Йена Харгроува, гениального подрывника. Джим знакомится с Харви Дентом, советником окружного прокурора. Дент подозревает, что к убийству Уэйнов может быть причастен Дик Лавкрафт, и предлагает припугнуть его с помощью свидетеля.

Кто-то отправляет головорезов в поместье Уэйнов, чтобы избавиться от Селины. Благодаря отваге Альфреда, который в одиночку пытается остановить киллеров, Селине и Брюсу удается сбежать и скрыться в Готэме. Беспокоясь за Альфреда, Брюс хочет связаться со своим дворецким, но Кошка останавливает его, считая, что сейчас им лучше залечь на дно. Джим подозревает, что наемники были посланы Диком Лавкрафтом, который именно в этот момент внезапно исчез из города. Джим, Харви и Альфред совместными усилиями ищут пропавших детей по всему Готэму.

Бывший детектив Гордон старается приспособиться к новым условиям и обнаруживает, что в Аркхеме для него не меньше работы, чем в участке. Кто-то в лечебнице применяет электротерапию для того, чтобы «поджаривать» мозг психически больных пациентов. Джим берется за расследование этого дела, несмотря на явное недовольство директора Аркхема, но ему нужна поддержка хотя бы одного сотрудника, и он находит ее в лице доктора Лесли Томпкинс.

Джим обязуется поймать Грубера и Дэнзинга в обмен на восстановление в должности детектива. Комиссар дает Гордону и Буллоку сутки на поиск сбежавших пациентов психушки. Тем временем Фиш переходит в атаку. Она устраивает фальшивое похищение Лайзы и требует от Фальконе передать ей всю власть над мафией Готэма в обмен на безопасность его новой пассии. Пингвин изо всех сил спешит к дону Фальконе, чтобы рассказать ему всю правду о заговоре Фиш, но на пути ему попадаются всеобразные препятствия.

Освальд вовсю празднует свою победу. Фиш попадает в руки к «профессионалу», который собирается зверски с ней расправиться. Она уверена, что больше ей не на кого надеяться, но в самый ответственный момент появляется Бутч Гилзин и спасает ее. Джим и Харви расследуют очередное убийство и случайно нападают на след целой сети наркоторговли. А в это время Брюс с Альфредом ищут по всему Готэму Селину.

Фиш Муни сообщает Марони о том, что Освальд все это время работал на Фальконе. Узнав эту новость, Марони берет Пингвина с собой «на прогулку», чтобы проверить слова Фиш. А в Готэме появляется новый маньяк, целями которого становятся люди с фобиями. Харви принимает это дело очень близко к сердцу после того, как встречает Скотти Мулленс.

Гордон и Буллок идут по следам Джеральда Крейна, спятившего учителя биологии, который мечтает навсегда избавить человечество от страха с помощью особой «вакцины». Крейн собирается использовать в качестве подопытного не только себя, но и своего сына Джонатана. Тем временем Фиш Муни оказывается на самом дне, и теперь ей предстоит снова отвоевать себе власть клыками и когтями. А Фальконе и Марони дискутируют по поводу дальнейшей судьбы Пингвина.

Джим и Лесли устраивают себе романтический вечер и отправляются в цирк. Прямо во время представления между артистами случается потасовка. Таким образом, свидание детектива Гордона и доктора Томпкинс плавно перетекает в расследование, в ходе которого они узнают о закулисных интригах, а также находят труп на территории цирка. Тем временем Брюс призывает совет директоров «Уэйн Энтерпрайз» к ответу.

Банки Готэма начинает осаждать банда Красного Колпака, которая вскоре становится местной легендой. Дело в том, что во время каждого ограбления преступники отдают часть «выручки» простым людям, создавая таким образом суматоху, чтобы скрыться с места преступления. Тем временем в особняк Уэйнов приезжает гость, благодаря которому Брюс узнает много нового об Альфреде. А Фиш Муни предъявляет свои требования управляющему.

Фиш знакомится с основателем клиники и получает от него предложение, от которого невозможно отказаться. Джим узнает, что Фласса освобождают благодаря вмешательству комиссара Лоуба, который обладает практически неограниченной властью благодаря ценной информации. Джим и Харви Дент пытаются найти слабое место Лоуба и обращаются за помощью к Пингвину.

Джим берется за расследование заброшенного его коллегами дела о пропавшей девушке и вскоре узнает, почему все остальные детективы в участке не хотят заниматься этим случаем. В это время Брюс отправляется на поиски Реджи, в чем ему помогает Селина. А Фиш организует побег из клиники Кукольника.

Буллок и Гордон по-прежнему занимаются расследованием дела о маньяке по кличке Огр, а он, в свою очередь, подбирается к новой жертве, которая небезразлична Джиму. Тем временем Брюс и Селина объединяют усилия, чтобы вывести на чистую воду Бандерсло, а Нигма встает на защиту мисс Крингл.

Джим узнает, кто стал следующей жертвой Огра. Харви находит свидетеля, который отправляет его на поиски Огра в закрытый клуб под названием «Фоксглав». Брюса ждет откровенный разговор с Бандерсло в «Уэйн Энтерпрайз». Между тем Барбара подпадает под пагубное влияние Джейсона, а Освальд готовит покушение на Марони.

Доктор Томпкинс помогает Барбаре пережить посттравматический шок. Освальд успешно разжигает войну между кланами Фальконе и Марони, преследуя свои цели. Но внезапно словно из ниоткуда на шахматной доске появляется новая фигура, которая мешает планам Освальда. А Брюс намерен во что бы то ни стало раскрыть секрет своего покойного отца.