Den ferske etterforskeren James Gordon og hans erfarne partner, Harvey Bullock, etterforsker drapet på 12 år gamle Bruce Waynes milliardærforeldre.

Gordon og Bullock etterforsker en liga som driver med smugling av gatebarn, inkludert Selina. Penguin har planer om å dra tilbake til Gotham.

Etterforskerne Gordon og Bullock sporer opp en person som tar loven i egne hender, og dreper korrupte innbyggere ved å feste dem til værballonger.

Et trettekjært bystyre stemmer for fremtiden til Arkham District, og politikere på begge sider er i fare.

Gordon og Bullock leter etter kilden til et nytt dop som fører til oppstemthet, og deretter død. Cobblepot arbeider seg dypere inn i Maronis indre krets.

Når en drapsmann sikter seg inn mot den førstefødte i Gothams elite, får Bullock flashbacks fra en nesten identisk sak han arbeidet med tidligere.

Når en innbygger i Gotham blir funnet død, synes Gordon og Bulluck at motivet er underfundig. Bruce går tilbake til skolebenken, men det er vanskelig å finne venner.

Unge Harvey Dent vil oppklare saken der Wayne ble drept, og oppfordrer Gordon til å samarbeide med Borgermester James. Penguin kontakter Mooneys hemmelige våpen, Liza.

Selina tar med en ny venn på en farefylt reise gjennom Gotham for å unngå snikmorderne på sin vei. Gordon får et nytt oppdrag etter et feiltrinn.

Gordons oppdrag på Arkham Asylum får en heller dårlig start når etterforskningen av drapet på en vakt peker i retning av Dr. Leslie Thompkins.

I et forsøk på å få tilbake jobben sin prøver Gordon å fange Jack Gruber, et forstyrret elektrogeni som rømmer fra Arkham Asylum.

Nøkkelvitnet til et drap blir drept mens vitnet er inne til avhør. Gordon tror at forbrytelsen er utført av noen i miljøet, og spør en gammel venn om mer informasjon.

Fish avdekker Oswald Cobblepots hemmelighet som igjen fører til en lojalitetstest fra Maroni. Gordon og Bullock jakter på en drapsmann som ser seg ut ofre med fobier.

Gordon og Bullock har som mål å stoppe en biologilærer på jakt etter sine offers kjertler. Mooney fortsetter med å legge planer for å komme til makten.

Gordon tar med Dr. Leslie Thompkins på sirkus, men sirkuset blir angrepet. Falcone spør Butch Gilzean om å hjelpe Penguin med nattklubben.

Gordon og Bullock etterforsker Red Hood-gjengen etter en serie med bankran. Selina Kyle fortsetter å knytte bånd til Barbara.

Mens Gordon søker informasjon om den nylige kontroversen med politimester Loeb, blir det stilt spørsmål om Fish’ lojalitet til fangene.

Gordon og Bullock etterforsker en uoppklart sak der en seriemorder har unge kvinner fra Gotham City i kikkerten. Fish planlegger flukten fra Dollmaker.

Gordon og Bullock fortsetter å etterforske Ogre, som prøver seg på noen Gordon kjenner godt. Bruce og Selina avslører at Wayne Enterprises er korrupt.

Ogre bryter ned Barbaras følelser når Gordon og Bullock jobber hardt for å spore ham opp. Penguin anfører en massakre og starter en storstilt krig.

Når gjengoppgjørene i Gotham City når kokepunktet, går Fish Mooney i konfrontasjon med Maroni og Penguin for å ta byen tilbake.