El detective James Gordon trabaja en la corrupta y peligrosa ciudad de Gotham, que se balancea constantemente entre el bien y el mal. Junto a su compañero, Harvey Bullock, se encargan de encontrar al asesino de Thomas y Martha Wayne.

Gordon y Bullock investigan una red de tráfico de niños que se aprovechan de niños de la calle de Gotham incluyendo a Selina Kyle. Pingüino resurge en el campo y empieza a avanzar en su vuelta a Gotham.

Gordon y Bullock localizan a un vigilante que está matando a ciudadanos corruptos de Gotham atándolos a globos meteorológicos. Oswald Cobblepot regresa a Gotham y consigue un nuevo trabajo con una influyente figura de los bajos fondos.

Los políticos de las dos diferentes opiniones sobre el distrito de Arkham están en peligro cuando se acerca la votación; Gordon recibe la visita de un viejo amigo.

Cuando un asesino comienza la caza de los primogénitos de la élite de Gotham, Bullock se ve obligado a enfrentarse a los recuerdos traumáticos de un caso casi idéntico en el que trabajó en el pasado. Gordon se enfrenta a las consecuencias de las decisiones tomadas.

Según aumenta la violencia entre Maroni y Falcone, el Pingüino muestra un nuevo elemento de su estrategia de manipulación, lo que obliga a Gordon para hacer frente a las consecuencias de su decisión de perdonarle la vida al Pingüino.

Gordon y Bullock investigan un habitante de Gotham que dirige un club de lucha mortal para los candidatos que solicitan un puesto de trabajo en su firma financiera. Bruce regresa a la escuela y recibe la visita de un nuevo amigo.

Tratando de cerrar el caso del asesinato de los Wayne, un joven Harvey Dent y Gordon se unen, muy a pesar del alcalde James. El Pingüino contacta con el arma secreta de Mooney, Liza.

Selina guía a su nuevo amigo en un peligroso viaje a través de Gotham huyendo de unos asesinos que la persiguen. Mientras tanto Gordon, tras dar un paso en falso, es reasignado al Asilo Arkham.

Un nuevo asesinato pone al detective Gordon al frente de una investigación que lo desvía de su misión en Arkham Asylum y lo lleva a conocer al doctor Leslie Thompkins. Mientras tanto, Cobblepot sigue intentando armar su particular ejército.

Con el fin de recuperar su trabajo, Gordon intenta capturar a Jack Gruber, un perturbado genio de la electricidad que ha escapado de Arkham Asylum. Mientras tanto, Falcone trata de mantener intacto su imperio después de que Fish Mooney mueva sus fichas.

Cuando el testigo clave de un homicidio aparece muerto mientras la policía lo retiene para ser cuestionado, Gordon sospecha que el culpable es un infiltrado y decide acudir a un viejo amigo a por información.

Fish Mooney revela un secreto sobre Cobblepot, provocando que Maroni se lo lleve para demostrar su lealtad. Mientras tanto, Gordon y Bullock persiguen a un asesino que se aprovecha de las fobias severas que sufren sus víctimas.

Gordon y Bullock intentan detener a Gerald Crane, un profesor de biología que ha estado cultivando las glándulas de sus víctimas. Mientras tanto, Mooney continúa conspirando para aumentar su poder y Falcone intenta cambiar los planes de Maroni para el Pingüino.

La velada que Jim y la doctora Thompkins habían planeado en el circo se va al traste cuando un incidente les lleva a investigar el asesinato de la madre de un joven llamado Jerome que trabaja para la compañía.

Tras el atraco a varios bancos, Gordon y Bullock siguen la pista a una banda liderada por un extraño personaje que esconde su rostro tras una capucha roja. Mientras tanto, Selina sigue estrechando lazos con Barbara, y Fish Mooney trata de recuperar su posición en el submundo.

Mientras Gordon busca información sobre la reciente polémica con el Comisario Loeb, la alianza de Fish con los prisioneros es puesta en duda cuando decide unir fuerzas con el Dr. Dulmacher. Bruce afronta las consecuencias de un ataque cerca de su casa.

Jim y Bullock comienzan a investigar el asesinato a una joven por parte de 'El Ogro', quien ya había matado varias chicas. Mientras tanto, Fish planea su huida de la prisión de Dollmaker, y Bruce y Selina se enfrentan a Reggie.

Alguien cercano a Gordon se convierte en la potencial próxima víctima del Ogro, mientras él y Bullock continúan investigando el caso. Bruce y Selina intentan delatar a un empleado corrupto de Empresas Wayne. Nygma sale en defensa de Kristin Kringle.

El Ogro manipula las emociones de Bárbara, mientras Gordon y Bullock le siguen la pista. El Pingüino lidera una masacre y comienza una guerra de dimensiones épicas, mientras Bruce averigua la verdad sobre Empresas Wayne y Nigma afronta las consecuencias de sus actos más recientes.

A medida que la guerra entre bandas llega a su punto de ebullición en Gotham, Fish Mooney se enfrenta a Maroni y el Pingüino en un intento de reclamar su poder en la ciudad. Mientras, Bruce recorre la mansión Wayne en busca de alguna pista que su padre hubiera podido dejarle.