James Gordon, nyuddannet kriminalassistent, og hans erfarne partner Harvey Bullock efterforsker mordet på den 12-årige Bruce Waynes milliardærforældre.

Gordon og Bullock efterforsker en sag om en menneskesmuglerring, som udnytter gadebørn, deriblandt Selina. Pingvinen begynder at vende tilbage mod Gotham.

Kriminalbetjentene Gordon og Bullock opsporer en selvtægtsudøver, som myrder korrupte Gotham-borgere ved at fastgøre dem til vejrballoner.

Gordon og Bullock leder efter kilden til et nyt stof, som forårsager eufori og derefter døden. Cobblepot arbejder sig dybere ind i Maronis indercirkel.

Da en morder begynder at gå efter Gothams elites førstefødte, giver det Bullock traumatiske minder om en nærmest identisk sag, han har arbejdet på tidligere.

Pingvinen afslører et nyt element af sin manipulerende strategi, hvilket konfronterer Gordon med konsekvenserne af sin beslutning om at skåne Pingvinens liv.

Da en gothamit, som er blevet banket ihjel, bliver fundet, undrer Gordon og Bullock sig over motivet. Bruce vender tilbage til skolen og har problemer med at få venner.

I et forsøg på at afslutte Wayne-mordsagen, opmuntrer den unge Harvey Dent Gordon til at samarbejde med borgmesteren. Pingvinen kontakter Mooneys hemmelige våben Liza.

Selina fører en ny ven på en farlig rejse gennem Gotham for at undgå de mordere, som er i hælene på hende. Gordon bliver forflyttet efter at have begået en fejl.

Gordons opgave på Arkhams sindssygeanstalt får en hård start, da mordet på en vagt starter en efterforskning, som fører til dr. Leslie Thompkins.

I et forsøg på at få sit job igen prøver Gordon at fange Jack Gruber, et forstyrret elektrisk geni, som er flygtet fra Arkhams sindssygeanstalt.

Da hovedvidnerne i en mordsag dør, mens de tilbageholdes for at blive udspurgt, har Gordon mistanke om et insiderjob og beder en gammel ven om oplysninger.

Fish afslører Oswald Cobblepots hemmelighed, hvilket foranlediger Maroni til en loyalitetstest. Gordon og Bullock jager en morder, hvis ofre lider af fobier.

Gordon og Bullock forsøger at stoppe en biologilærer, som stjæler sine mordofres kirtler. Mooney forsætter med at planlægge, hvordan hun kan få magten.

Gordon tager dr. Leslie Thompkins med i cirkus, men cirkusset angribes. Falcone får Butch Gilzean til at hjælpe Pingvinen med natklubben.

Efter flere bankrøverier er Gordon og Bullock i gang med at efterforske Red Hood-banden, og Selina Kyle fortsætter med at knytte sig til Barbara.

Gordon leder efter oplysninger om den aktuelle kontrovers med politidirektør Loeb, og der sættes spørgsmålstegn ved Fishs loyalitet overfor fangerne.

Gordon og Bullock efterforsker en gammel sag om en seriemorder, der går efter unge kvinder i Gotham City. Fish planlægger sin flugt.

Gordon og Bullock efterforsker stadig Ogre, som nærmer sig nogen, der er tæt på Gordon. Bruce og Selina afslører, at Wayne Enterprises er korrupt.

Gordon og Bullock forfølger Ogre, som arbejder på at nedbryde Barbara. Pingvinen fører an i en massakre, som starter en episk krig.

Gothams bandekrig når kogepunktet, og Fish Mooney går i clinch med Maroni og Pingvinen i et forsøg på at genvinde magten i byen.