哥谭市的一个夜晚，年幼的布鲁斯目睹父母韦恩夫妇被杀，暗处的喂猫少女也目睹了这起谋杀案。警探詹姆斯·戈登和搭档哈维·布洛克接手韦恩夫妇被害案，他们根据赃物认定凶手是马里奥，哈维为保护搭档而枪杀马里奥。企鹅人向重案组蒙托亚和艾伦爆料，声称菲什才是真凶。戈登得知抓错凶手，他调查菲什却陷入险境。哈维营救搭档时失败，他们即将被灭口……

帕蒂用针迷晕并掳走流浪儿童，猫女机智的躲过一劫。法尔科内质问菲什是否有夺权意图，并警告了她一番。芭芭拉向报社爆料流浪儿童被绑架，戈登得以和哈维调查此事。戈登和哈维从迷药着手调查，成功解救被绑架的流浪儿童。市长下令用车把流浪儿童送往管教机构，猫女却发现车上的司机就是人贩帕蒂。猫女设法逃走却还是被帕蒂抓获，就在帕蒂要杀她时戈登赶到。

一位侠客四处寻找哥谭市恶名昭著的混蛋，他把他们悬挂在气象气球上升至天空，媒体为他取名为“气球人”。气球人先后杀害了利用庞氏骗局敛财的商人、招摇过市的恶棍警员与喜好性虐待的骗子牧师，戈登与哈维通过一系列侦查终于擒住此人且遏制了惨案的再次发生。与此同时，企鹅人重返哥谭市，且在一个有权势的人身边谋得了新差事。

企鹅人声称哥谭将因阿卡姆而发生战争，他想帮助戈登挽救哥谭。法尔科内、马罗尼争夺阿卡姆开发计划，因此导致两名议员被杀手暗杀。戈登查到杀手身份，抓捕时却被杀手逃走。劫匪抢劫餐馆并杀害经理，企鹅人因保住钱而获得马罗尼赏识，升职为餐厅经理。企鹅人传来消息，戈登推测出市长要被暗杀，戈登和哈维联手阻止暗杀。企鹅人才是餐厅劫案的幕后主使，他将劫匪灭口然后夺走黑钱。

　一种新型街头毒品导致服用者在极度快乐兴奋的状态中死亡，Gordon和Bullock开始追查毒品的源头。与此同时，Oswald Cobblepot逐渐渗透进Maroni（David Zayas）的核心圈子。Fish Mooney继续推进对付Falcone的计划。Oswald Cobblepot在本集中将自己的真实身份（过早地）告诉了Maroni。Maroni在争夺阿卡姆疯人院控制权的「战斗」中刚刚赢得一场重要胜利，他正雄心勃勃地要进一步控制这座城市的犯罪世界。「Oswald过去为Fish Mooney卖命」的消息显然让他感觉不快，他不仅威胁Oswald，还威胁到Gordon。与此同时，Selina Kyle和Edward Nygma在本集中也有新的表现机会。

一个蒙面杀手将谋杀的目标锁定为哥谭市精英阶层的头胎孩子，Bullock被迫回忆起自己多年前调查过的一起类似案件——那段痛苦的记忆至今仍是他的梦魇。与此同时，Gordon同样将面对过去的决定所带来的后果。　　本集的蒙面杀手看起来像稻草人，但他显然不是稻草人，他称呼自己「拥有山羊的反哺精神」（即本集的集名）。Dan Hedaya在本集中扮演Dix侦探，他向Harvey表示哥谭市的「金科玉律」第一条就是「没有英雄」。与此同时，Gordon可能面临大麻烦——Montoya和Allen在调查中发现Gordon卷入了一起码头枪击事件（还记得第一集发生的事情吗？）。Bruce Wayne继续和Alfred讨论哥谭市频发的暴力犯罪事件，显然Bruce越来越有「当侠客」的想法。另一方面，Montoya与Barbara再次会面。

企鹅人还活着的消息传开后，法尔科内派杀手来到警局点名要带走戈登，戈登和杀手枪战后受伤，幸获得蒙托亚搭救。马罗尼不肯交出企鹅人，随后遭到了法尔科内的报复。黑帮中有人因嫉妒要对企鹅人下杀手，企鹅人轻松地逆转了局势。戈登和哈维动用武力逮捕法尔科内，可是法尔科内却用芭芭拉的性命要挟他们束手就擒。马罗尼和法尔科内讲和，企鹅人竟然是双面间谍。

哥谭市发生命案，死者口中惊现一枚断指。菲什拿出可以令人迷昏的药剂，命令莉莎偷窃法尔科内的账簿。戈登和哈维从黑市医生处得到线索，随后在西恩尼斯的公司找到断指的凶手。布鲁斯因为孤儿的身份被同学欺凌，管家得知遂激励他复仇，布鲁斯挥拳揍了欺凌者后决心学习格斗。戈登查案时被软禁，原来西恩尼斯命令应聘者互相残杀争夺职位，而戈登将面临众多求职者的残酷袭击。

戈登根据猫女的描述，让画家画出了杀害韦恩夫妇凶手的画像。戈登将画像交给布鲁斯，然后安排猫女住到韦恩大宅和布鲁斯一起生活。黑门监狱的伊恩是一名天才炸弹制造者，他在押送的途中被人劫持。律师登特觉得洛夫克拉夫特和韦恩夫妻的死有关，遂声称有证人可以指控洛夫克拉夫特谋杀。戈登和哈维找到伊恩，同时得知劫持者的阴谋，他们及时阻止了又一起炸弹抢劫案。

杀手闯入韦恩庄园，猫女带着布鲁斯逃跑。戈登认为登特泄露猫女目睹韦恩夫妇被杀，这才引来暗杀者。法尔科内质疑企鹅人背叛，企鹅人并未说出莉莎才是内奸。猫女知道杀手的目标是她，她要孤身诱走杀手，然而布鲁斯冒死也要和她一起逃亡。猫女被中间人出卖，正在杀手对付她和布鲁斯时，阿尔佛雷德和戈登前来营救。杀手用戈登的警枪杀死洛夫克拉夫特，戈登被降职到阿卡姆疯人院当保安。

阿卡姆疯人院发生暴力事件，戈登因此邂逅汤普金斯医生。病人遭到残忍电击，戈登仔细调查却一无所获，而幕后黑手依旧不断进行着电击实验。猫女带着生病的艾维偷偷住到戈登家，芭芭拉和蕾妮分手后打电话给戈登，艾维接了电话导致芭芭拉对戈登产生误解。戈登惊讶发现护士竟然是个病人，护士被拆穿后愤尔放出所有病人。可是护士并非是凶手，真正的凶手是格鲁伯。

格鲁伯获得自由却决意复仇，此时警监允诺戈登在24小时内抓住他就可以恢复警察身份。格鲁伯的真名是布奇斯金，汤普金斯提供线索，戈登查出布奇斯金的目标是马罗尼。戈登将马罗尼带到警局进行保护，岂料布奇斯金竟为复仇使用高压电袭击警局，而戈登则出奇招将其制服。菲什绑架莉莎逼法尔科内离开哥谭，企鹅人将莉莎和菲什勾结一事曝光，马尔科内遂挫败了菲什的夺权计划。

一名毒贩被杀身亡，目睹凶手面容的看门人又在警局被害，戈登认定凶手是警察。戈登逮捕嫌犯特拉华警探，却因此触怒暗中经营毒品生意的缉毒警弗拉斯。爱德华送出的情书卡片曝光，他因此受到众同僚取笑。布鲁斯向猫女告别，猫女却坦白自己并未看清杀害韦恩夫妻的凶手。菲什在受罚时被布奇救走，她寻仇企鹅人时却遭到杀手追杀。企鹅人命下属送来罪证，戈登终于能够将弗拉斯绳之以法。

哥谭市发生命案，死者被吊死在半空中。菲什曝光企鹅人是间谍，马罗尼遂将企鹅人单独约出。戈登得知猫女并未看到凶手，布鲁斯决定亲自找出杀害父母的真凶。哈维查出死者参加互助组以克服恐高症，他设法也混入了互助组。爱德华私自研究尸体，被人撞破后惨遭停职。企鹅人欲枪杀马罗尼却中计失败，马罗尼决定残忍的杀死他。哈维最终在凶手犯案时将其抓获，而爱德华陷害法医从而成功复职。

吉罗德父子再度杀人夺取肾上腺，然后将其做成药剂来治疗他们的恐惧症。法尔科内将菲什的俱乐部交给企鹅人掌管，又帮企鹅人了断了和马罗尼的恩怨。布鲁斯野外探险却不慎摔下陡坡，他艰辛爬上陡坡却发现阿尔佛雷德一直在暗中保护。吉罗德强逼儿子接受恐惧改造实验，却因药剂分量过大而让儿子陷入了永远的恐惧中。菲什杀死监狱老大后夺权成功，然而她很快发现这座神秘监狱并不简单。

芭芭拉回到戈登的家里，然而此时戈登和汤普金斯医生正在马戏团约会。马戏团的人分成两个阵营发生内讧，莱拉意外身亡，而马戏团的两个阵营都指责对方是凶手。菲什团结起监狱中的人，以此抗衡监狱外凶残的器官贩卖集团。巫师自称死者莱拉传来讯息，戈登不以为意，汤普金斯医生却极力劝说他调查这条线索。戈登查出的结果令人大吃一惊，凶手竟然是莱拉的儿子杰罗姆。

罪犯团伙抢劫银行，其中一人戴着红头套。韦恩庄园迎来了阿尔佛雷德的战友雷吉，岂料雷吉此行暗藏阴谋。马罗尼拒绝卖酒给企鹅人的俱乐部，出人意料的是布奇设法帮助企鹅人弄来了酒水。贩卖器官集团要夺走菲什的眼睛，菲什亲手毁掉一只眼睛作为反抗。劫匪团伙认为拥有红头套就能够成为首领，遂为争夺唯一的红头套而内讧。通过目击者给出的线索，戈登终于在劫匪行凶时将其围捕。

器官贩卖集团的弗朗西斯给菲什移植了新的眼睛，菲什遂与其合作，负责利用手中掌控的人提供器官。贩毒的警官弗拉斯被无罪释放并即将升职，获释原因居然是哈维作假证救了他。原来警监勒伯利手中有大量警察的把柄，哈维也是被迫作证。戈登和企鹅人做出交易，企鹅人这才协助他找到了勒伯的女儿，从而得知勒伯的秘密。戈登利用这个秘密不仅得到了众多警察罪证，而且得以升职。

菲什决心离开小岛，可是岛上有非常严密的看守队伍。同事恳求戈登接手调查一起谋杀案，哈维发现此案的凶手是连环杀手。企鹅人想尽办法得到一家酒吧，他想在这里杀死马罗尼。菲什偷窃钥匙却被当初撞破，她机智的化解了弗朗西斯的杀意。菲什找人引开看守，然后驾驶飞机和监狱中的人逃离小岛。连环杀手会报复每一位查案的警察，戈登这才察觉自己掉入了上司的陷阱。

戈登将被陷害一事坦白，汤普金斯鼓励他找出凶手。与此同时杀手为报复戈登找上了芭芭拉，幸好芭芭拉声称自己单身从而逃过死劫。猫女和布鲁斯为了调查雷吉的幕后主使而一起参加宴会，他们拿到了关键的保险箱钥匙。爱德华为给受到伤害的心上人复仇，意外失手杀死情敌。因为马罗尼的爆料，企鹅人犯下的罪行被母亲知晓。戈登和哈维查出杀手身份，然而芭芭拉已经被杀手带走。

帮战争在哥谭市愈演愈烈。Gordon帮助Falcone，目的是打败Maroni，保障哥谭市的安全。后来Gordon等人与Mooney展开了激战。此前，Kean感谢Gordon救了她。但是医生表示她需要进行心理治疗。与此同时，Barbara得知是Lennon杀害了她的父母。