L'inspiegabile omicidio di Martha e Thomas Wayne, genitori di Bruce, il futuro Batman, da' l'avvio alla storia. Le indagini sono affidate ai detective Harvey Bullock e Jimmy Gordon, il primo cinico poliziotto pronto a scendere a patti con la malavita e l'altro l'integerrimo ex militare ancorato ai principi di onestà e giustizia. Del duplice delitto viene accusato un criminale da strada, Mario Pepper (padre della futura Poison Ivy), che viene ucciso da Harvey nel corso di un inseguimento. Gordon scopre, però, che la prova a carico di Pepper (la collana rubata a Martha Wayne) è stata messa apposta dalla polizia sulla scena del delitto con la complicità di Fish Mooney, una criminale senza scrupoli affiliata alla famiglia mafiosa di Falcone.

Per ignoti motivi, alcuni minorenni senzatetto, che vivono da sbandati nelle strade di Gotham, vengono rapiti da una coppia di criminali che, prima li allettano con un pasto caldo e dolciumi, e poi li drogano con un potente narcotico. Sarà proprio il narcotico la pista seguita da Bullock e Gordon, che li porterà alla scoperta dell'ignobile traffico e all'arresto dei due, mentre il sindaco cerca di sfruttare la situazione per ripulire le strade dalle centinaia di minorenni senzatetto e assestare un colpo alla microcriminalità, senza passare dal giudizio in tribunale. Tra i minorenni che stanno per essere tradotti al riformatorio c'è Selina Kyle (futura Catwoman), che cerca un accordo con Gordon: la libertà in cambio di una preziosa informazione.

Un misterioso giustiziere crea il panico nelle stanze del potere della città facendo al contempo esultare i cittadini: un finanziere che truffa i poveri pensionati, un poliziotto corrotto e un prelato pedofilo sono le sue vittime, legate ad un pallone sonda e spedite a morire nella stratosfera. Harvey e Gordon riusciranno a trovare il colpevole: un cittadino qualunque esasperato dalla corruzione del potere. Fa la sua comparsa Don Maroni: la cancrena che infetta Gotham si fa sempre più ammorbante.

Le famiglie Falcone e Maroni si disputano i voti per il progetto di assegnazione di un vasto appezzamento su cui sorge il vecchio ospedale psichiatrico di Arkham, ormai chiuso da anni. Eliminare i consiglieri che potrebbero incidere sugli equilibri della decisione è naturalmente la strada scelta dai due capimafia. Il compito, da parte di entrambi, è affidato allo stesso sicario professionista. L'ultimo suo bersaglio è proprio il sindaco James, salvato all'ultimo momento da Gordon e Harvey. Il sindaco decide allora per una situazione di compromesso che accontenti per il momento entrambe le famiglie mafiose, mentre il progetto dei Wayne per la costruzione di un nuovo ospedale viene accantonato per impedire una sanguinosa guerra tra le due famiglie.

Una droga micidiale prende a circolare per le strade di Gotham, una droga che provoca una sensazione di delirio di onnipotenza assieme ad una forza sovrumana portando inevitabilmente alla morte. La droga è opera di un biochimico dipendente della WeelZyn, consociata della Wayne Enterprises, il quale, in conflitto con la propria coscienza, decide di sacrificare qualche decina di "derelitti" per far sapere al mondo quali terribili ricerche conduce quell'azienda farmaceutica dietro la sua irreprensibile facciata. Ma non basta, per attirare l'attenzione dei mass media, il biochimico si prepara a colpire più in alto, il jet set, durante un rinfresco di beneficenza (cui partecipa anche Bruce). L'arrivo di Gordon e Harvey impedirà una carneficina, ma per Bruce sarà un'ulteriore spinta per indagare su quanto accade all'interno della compagnia di suo padre, seguito questa volta anche dal fido Alfred.

Un serial killer rapisce e uccide una ragazza della Gotham bene. Il caso presenta le stesse, identiche modalità di un altro risalente a dieci anni prima quando un killer, che si faceva chiamare lo "Spirito del Capro", aveva rapito e ucciso tre rampolli della élite della città. Il maniaco era stato poi ucciso da Bullock. I detective pensano ad un emulatore, come spesso accade in casi simili, ma c'è un dettaglio che un emulatore non avrebbe mai potuto conoscere perché mai divulgato da Bullock e rimasto congelato in tutti quegli anni: un penny cucito sotto la nuca della vittima. La presenza del penny fa pensare che i killer all'epoca fossero due e che il secondo fosse appunto tornato a colpire a distanza di dieci anni. Ma la verità è altrove, nascosta nella fragile psiche della mente umana.

Gordon è rimasto solo ad affrontare la vendetta del clan Falcone. Riesce fortunatamente a salvarsi dal crudele sicario Victor Zsasz grazie all'intervento di Montoya e Allen. Harvey, nonostante il risentimento verso il partner, gli offre il suo appoggio nel folle piano di Gordon: arrestare il Sindaco e Carmine Falcone. Entrati nella villa del boss mafioso, vedono vanificarsi ogni speranza quando il Padrino rivela a Gordon di avere in mano Barbara. La loro sorte sembra segnata, ma Falcone, contro ogni aspettativa, li lascia andare. Chi ha interceduto per loro è Oswald Cobblepot, Pinguino, l'asso nella manica di Falcone, il suo agente segreto infiltrato nel clan Maroni, la spia che gli ha rivelato della relazione tra Nikolai e Fish Mooney. È sua l'idea di far scoppiare una piccola guerra tra i due clan, grazie alla quale Falcone si sbarazza di Nikolai, e Oswald uccide Carbone che non lo vedeva di buon occhio.

Il presidente di una società finanziaria, Sionis, ha inventato un modo bizzarro per la scelta del personale: i candidati vengono portati in una sala adibita a uffici e spinti a battersi per la conquista del posto di lavoro, nella convinzione che solo i guerrieri possono trovare spazio nel mondo della finanza; la situazione si complica quando un aspirante candidato ci rimette la vita. Gordon dovrà vedersela con tre di questi candidati e lo stesso Sionis, determinati ad eliminarlo, mentre Bullock cerca di ricucire la frattura creatasi tra Gordon e il dipartimento di polizia facendo leva sullo spirito di corpo per aiutare il partner in pericolo.

Un pericoloso dinamitardo, Ian Hargrove, evade dalla prigione di Blackgate. In realtà il detenuto viene prelevato da una banda di russi che, su ordine di Fish Mooney, devono rapinare il caveau di un vecchio deposito di munizioni in cui Falcone ha nascosto una ingente quantità di denaro. Ian riesce ad inviare una traccia che mette i nostri detective sulla pista giusta. I rapinatori vengono bloccati subito dopo aver effettuato il colpo. Ma a fermarli definitivamente ci pensa Mooney che ha provveduto a minare il furgone in cui hanno caricato i soldi e che esplodendo uccide tutti i componenti della banda. Nel frattempo Gordon nasconde la sua preziosa testimone, Selina Kyle, a casa di Bruce Wayne con cui nasce una tenera amicizia. Oswald scopre invece il gioco di Liza per conto di Fish ai danni di Falcone e la ricatta: da ora la ragazza sarà la spia di Pinguino.

Un gruppo di killer professionisti penetra nella villa di Bruce per uccidere Selina Kyle, testimone dell'assassinio dei Wayne; l'assistente procuratore Dent ha volutamente lasciato trapelare il nome nel tentativo di intimorire Lovecraft e costringerlo a un passo falso, ritenendolo (sbagliando) il mandante dell'omicidio, con l'unico risultato di mettere in pericolo la vita dei due ragazzi. Per Selina l'unico rifugio sono le strade di Gotham, tra le cui ombre si muove a proprio agio. Alfred partecipa con Harvey alle ricerche rivelandosi risolutivo mentre Gordon arresta Lovecraft per poi accorgersi di avere a che fare con una misera pedina in un gioco enormemente più grande; troppo tardi però, perché Lovecraft viene ucciso dagli stessi sicari che sono a caccia di Selina. La ragazza e Bruce, intanto, cadono vittima di un ricettatore che li vuole consegnare ai killer.

Gordon viene assegnato al Arkham Asylum sotto la direzione del Dottor Gerry Lang e indaga su una serie di attacchi ai danni dei pazienti con l'aiuto della Dottoressa Thompkins. Mooney intanto discute del suo piano di spodestare Falcome con Jimmy Saviano. Oswald viene arrestato per estorsione ma viene tirato fuori da Maroni che ha architettato il tutto per dargli una lezione.

Per riconquistare il suo posto all'interno del Dipartimento, Gordon intende arrestare Jack Gruber, un genio dell'elettronica che è scappato dall'Arkham Asylum. Mooney fa la sua mossa e Falcone trova difficoltà a mantenere salde le redini del suo impero.

Un testimone chiave in un caso di omicidio finisce ammazzato mentre si trova in custodia della polizia e Gordon sospetta che l'assassino sia qualcuno all'interno del Dipartimento. Per scoprire il killer chiede informazioni a una vecchia conoscenza.

Fish Mooney svela un segreto relativo a Oswald Cobblepot, spingendo Maroni a sottoporlo a un test per verificare la sua lealtà. Gordon e Bullock sono a caccia di un killer che sta prendendo di mira persone afflitte da gravi fobie. Bruce Wayne parla con Gordon e lo affronta sulla sua mancanza di progressi sul caso di omicidio dei suoi genitori.

Gordon e Bullock sono sulle tracce di Gerald Crane, un insegnante di biologia che uccide le sue vittime per estrarre le ghiandole che secernono adrenalina. Falcone cerca di cambiare il piano di Maroni per il Pinguino, Mooney viene rapita e portata in un luogo ostile da individui sconosciuti, ma uccide il leader del gruppo di cui diventa il capo.

Gordon porta la dottoressa Leslie Thompkins al circo, che diventa l'obiettivo di un attacco. Intanto Falcone arruola Butch Gilzean perché aiuti Pinguino con il nightclub.

Gordon e Bullock indagano sulla Banda del cappuccio rosso, responsabile di numerose rapine in banca, mentre Selina Kyle si lega sempre più a Barbara.

Mentre Gordon cerca informazioni sull'ultimo misfatto del commissario Loeb, la fedeltà di Fish agli altri prigionieri è messa in dubbio.

Gordon e Bullock indagano sul caso irrisolto di un serial killer che uccide giovani donne a Gotham City, mentre Fish progetta la fuga dal Fabbricante di bambole.

L'Orco mette Barbara sotto torchio, mentre Gordon e Bullock cercano di scovarlo. Intanto Pinguino pianifica un massacro, dando inizio a una guerra epica.

Falcone è immobilizzato in ospedale dopo un attentato. Riceve la visita di Pinguino che gli racconta di come sia stato lui l'artefice della guerra in corso e di come la legge del business gli imponga ora di uccidere quello che era stato il suo mentore. Ma è bloccato dall'arrivo di Gordon che riesce a fuggire portando in salvo Falcone.