Lieutenant James Gordon ist gerade neu in Gotham angekommen und setzt es sich sogleich zum Ziel, die Kriminalität in der Stadt zu bekämpfen. Dabei muss er gegen Korruption innerhalb und außerhalb der Polizei vorgehen. Sein erster Fall ist die Ermittlung des Mörders von Thomas und Martha Wayne. Gleichzeitig muss er sich um deren nun verwaisten Sohn Bruce kümmern, der später, wie wir alle wissen, zu Batman werden wird.

Die Ermittler James Gordon und Harvey Bullock sind hinter einem Kinderschmuggelring her, der die Schutzlosigkeit der Straßenkinder Gothams brutal ausnutzt. Zu den Opfern gehört auch Selina Kyle. Unterdessen kehrt Oswald Cobblepot, der Penguin, wieder vom Land zurück und beginnt seine Rückreise nach Gotham, was viele neue Opfer fordert. Es wird dabei deutlich, dass sich die Serie mit ihren Charakteren etwas überlastet.

Die Ermittler James Gordon und Harvey Bullock jagen einen selbsternannten Rächer, der korrupte Einwohner Gothams umbringt, indem er sie an Wetterballons hängt. Oswald Cobblepot kehrt unterdessen in die Stadt zurück und findet einen neuen Job, der ihn näher an eine einflussreiche Gestalt der Unterwelt bringt. Während dessen kommen sich Barbara Kean und Renee Montoya näher als bisher gedacht...

Kurz vor einer umstrittenen Abstimmung im Stadtrat bezüglich der Zukunft des Stadtviertels Arkham befinden sich die Politiker auf beiden Seiten in akuter Gefahr. Gordon und Bullock setzen alles daran, den Stadtrat und seine Mitglieder zu schützen. Gordon bekommt außerdem Besuch eines alten Freundes. Der Fall der Woche dreht sich währenddessen um einen Mörder, der zwischen den Fronten Falcones und Maronis agiert.

Gordon und Bullock suchen nach den Produzenten einer neuen Straßendroge, die nach einem kurzen euphorischen Hoch zu einem schnellen Tod führt. So sind Nutzer dieser in der Lage, selbst massive Gewichte zu tragen, verspüren darauf jedoch erheblichen Muskelschwund. Oswald Cobblepot steigt unterdessen weiter in der Gunst Maronis. Fish Mooney arbeitet indes unbeirrt weiter an ihrer Verschwörung gegen Falcone.

Ein Killer nimmt die Erstgeborenen Kinder elitärer Familien ins Visier und bringt dadurch schmerzhafte Erinnerungen für Bullock hervor. Dabei trägt dieser eine Maske, die uns bereits an den späteren, dunklen Ritter Gotham Cities erinnert. Dahinter steckt jedoch der Versuch, Gotham City direkt zu therapieren. Gordon muss derweil mit den Konsequenzen aus den Handlungen seiner Vergangenheit umgehen. Die Episode überzeugt dadurch, dass sie es schafft, die Plotanzahl etwas auszudünnen.

Die Gewalt zwischen Maroni und Falcone eskaliert weiter, während Oswald Cobblepot aka Penguin eine neue Komponente seiner Manipulationsstrategie enthüllt. So gibt es eine kleine Überraschung zum Ende der Episode. Darüber hinaus taucht noch der aus den Comics bekannte Victor Zsasz auf. Gordon muss sich fortan mit den Konsequenzen seiner Entscheidung herumschlagen, Penguin am Leben gelassen zu haben.

Gordon und Bullock ermitteln, als ein Einwohner Gothams für die Bewerber um einen Job bei einer Finanzfirma einen tödlichen Fight Club betreibt. Dahinter steckt ein Mann mit einem Hang zur Maskierung, der dabei Themen anschneidet, die bereits für den späteren, dunklen Ritter interessant sein könnten. Bruce geht zurück zur Schule und erhält Besuch von einem neuen Freund, welcher ihm in Zukunft noch so manchen Ärger machen könnte.

Nikolais Männer verhelfen einem Sprengstoffexperten zu der Flucht aus dem Gefängnis, um Hilfe bei der Rache an Falcone zu bekommen. Derweil zeigt der aus den Comics als späterer Bösewicht bekannte Harvey Dent sein doppeltes Gesicht. Bruce und Alfred nehmen Selina auf damit ADA Harvey Dent den Hauptverdächtigen in den Wayne Morden durcheinanderbringen kann.

Selina führt einen neuen Freund auf eine gefährliche Reise durch Gotham. Dabei müssen die beiden in den dunklen Gefilden der zwielichtigen Stadt Schutz suchen. Wer von beiden das eigentliche Ziel der Männer ist, die hinter sie her sind, wird nicht ganz klar. Jim Gordon überschreitet seine die Grenzen seiner Möglichkeiten und muss schließlich nach einem Fehltritt seinen Dienst im Arkham Asylum leisten. Wie lange wird es der junge Detective hier wohl aushalten können?

Detective Gordons Auftrag im Arkham Asylum beginnt mit den Ermittlungen am Mord an einem Wachmann, durch die er Dr. Leslie Thompkins kennenlernt. Dahinter steckt jedoch nicht nur der einfache Versuch, aus dem Gefängnis auszubrechen. Wir lernen zwei neue Bösewichte kennen, die für Comickenner keine Unbekannten darstellen sollten. Inzwischen baut Cobblepot seine Armee weiter aus, findet sich zum Ende der Episode jedoch hinter schwedischen Gardinen wieder.

Gordon versucht seinen alten Job bei der Polizei zurückzubekommen, indem er versucht, den entflohenen Jack Gruber wieder einzufangen. Die Jagd nach dem manischen Genie gestaltet sich jedoch als äußerst kompliziert. Dieser hat sich nämlich ein ganz spezielles Ziel ausgesucht, um seine Rache zu bekommen. In der Zwischenzeit hat Falcone Probleme, sein Imperium zusammenhalten, nachdem Fish Mooney zu ihrem nächsten Schachzug angesetzt hat.

Nach dem Mord an einem Drogen-Dealer hoffen Gordon und Bullock auf schnelle Aufklärung. Denn schon kurz nach der Tat meldet sich ein Zeuge. Doch dann wird dieser auch getötet – auf dem Polizeirevier, mit derselben Waffe wie der Dealer. Für Gordon ist klar: Der Täter muss ein Cop sein, der in Drogengeschäfte verwickelt ist. Um seinen misstrauischen Kollegen zu beweisen, dass er Recht hat, geht Gordon ein hohes Risiko ein.

In Gotham treibt ein Serienmörder sein Unwesen. Die Getöteten haben eine Gemeinsamkeit: Alle leiden unter einer Phobie. Bullock findet heraus, dass es eine Phobiker-Selbsthilfegruppe gibt. Jeder dort könnte das nächste Opfer sein – auch die attraktive Scottie. Mooney hat sich unterdessen, nachdem sie die Stadt verlassen musste, auf ein Schiff geflüchtet. Von dem vermeintlich sicheren Rückzugsort aus versucht sie, Rache an Penguin zu nehmen …

Gordon und Bullock kommen bei ihrer Suche nach Dr. Crane dem Ziel immer näher. Doch als sie den verrückten Wissenschaftler endlich erwischen, ist es zu spät: Er hat an seinem Sohn ein furchtbares Experiment vollendet. Fish Mooney wacht derweil in einem Verlies auf – und übernimmt schon bald das Kommando über die anderen Gefangenen. Erst als eine schwer verletzte Frau in den dunklen Keller gebracht wird, realisiert Mooney, welch grausamen Zweck sie und die anderen dienen.

Eigentlich sind Gordon und Dr. Thompkins ganz privat im Zirkus. Doch schnell wird aus dem romantischen Date beruflicher Ernst. In der Manege kommt es zu einer wüsten Prügelei zwischen verfeindeten Artisten-Familien. Als Gordon dem Auslöser des Gewaltausbruchs auf den Grund geht, enthüllt er ein schlimmes Verbrechen. Zusammen mit Dr. Thompkins, die nicht von seiner Seite weichen will, nimmt Gordon die Ermittlungen unter den misstrauischen und eigenwilligen Zirkusleuten auf.

Eine Bande von Bankräubern hält Gotham in Atem. Das Markenzeichen der Kriminellen: rote Sturmhauben. Gordon und Bullock nehmen die Ermittlungen auf. Während Bullock auf einen schnellen Ermittlungserfolg aus ist, glaubt Gordon, dass die Sache komplizierter ist … Unterdessen bekommen Bruce Wayne und Alfred späten Besuch. Der Überraschungsgast ist sehr unterhaltsam – aber auch gefährlich.

Gotham City ist in Alarmbereitschaft: Gordon und Bullock sehen sich mit einem alten Fall konfrontiert, bei dem es ein perfider Serienkiller namens Ogre auf junge Frauen abgesehen hat. Schon bald stellt sich heraus, dass sich Ogre vor allem Angehörige von Polizisten aussucht, die in seinem Fall ermitteln.

Jim Gordon und sein Kollege Harvey Bullock sind weiterhin auf der Suche nach dem als Ogre bekannten Serienmörder. Der ist gerade dabei, sich in Gordons Umfeld einzuschleichen. Bei Barbara Kean stößt er jedoch an seine Grenzen …

Barbara Kean befindet sich weiter in der Gewalt von Serienkiller Ogre. Langsam, aber sicher wird sein zerstörerischer Einfluss auf sie immer stärker. Schließlich lässt sich Barbara auf einen grausamen Deal ein … Währenddessen sind Jim Gordon und Harvey Bullock Ogre und seinem Opfer dicht auf der Spur. Doch die Zeit wird knapp. Kommen sie noch rechtzeitig, um einen weiteren Mord zu verhindern?

Auf den Straßen von Gotham City erreicht der Krieg zwischen den verfeindeten Mafia-Gangs seinen Höhepunkt. Mitten drin: Fish Mooney – sie ist zurückgekehrt, um die Herrschaft über die Stadt doch noch an sich zu reißen. Mit diesem Wunsch ist sie nicht allein. Auch Penguin und Maroni wollen die Kontrolle übernehmen. Im Machtkampf um Gotham ist kein Leben mehr sicher …