Aloitteleva etsivä James Gordon tutkii kokeneemman poliisin Harvey Bullockin kanssa 12-vuotiaan Bruce Waynen miljardöörivanhempien murhaa.

Gordon ja Bullock tutkivat katulapsia – myös Selinaa – uhkaavaa lapsikaupparinkiä. Pingviini lähtee paluumatkalle Gothamiin.

Etsivät Gordon ja Bullock jäljittävät oman käden oikeutta harjoittavaa miestä, joka murhaa korruptoituneita kaupunkilaisia kiinnittämällä heidät sääpalloihin.

Riitaisa kaupunginvaltuusto äänestää Arkhamin piirialueen ratkaisuista, ja molempien puolien poliitikot joutuvat vaaraan.

Gordon ja Bullock yrittävät selvittää, mistä uusi, aluksi euforiaa, sitten kuoleman aiheuttava huume on peräisin. Cobblepot tunkeutuu yhä syvemmälle Maronin sisäpiiriin.

Tappaja ottaa kohteekseen Gotham Cityn rikkaiden perheiden esikoislapset, mikä tuo Bullockin mieleen traumaattisia muistoja vanhasta samantyyppisestä tapauksesta.

Pingviini paljastaa manipulaatiostrategiansa uuden elementin, ja Gordon joutuu kohtaamaan seuraukset siitä, että päätti säästää Pingviinin hengen.

Kaupunkilainen löytyy kuoliaaksi pahoinpideltynä, ja Gordon ja Bullock kiinnostuvat teon motiivista. Bruce palaa kouluun, mutta ei onnistu saamaan kavereita.

Nuori Harvey Dent haluaa saada Waynen pariskunnan murhatapauksen selväksi ja kannustaa Gordonia yhteistyöhön pormestari Jamesin kanssa. Pingviini ottaa yhteyttä Lizaan.

Selina vie uuden ystävänsä hengenvaaralliselle matkalle läpi Gothamin yrittäessään karistaa salamurhaajat kannoiltaan. Gordon joutuu ”virheen” vuoksi toisiin tehtäviin.

Gordonin työ Arkhamin mielisairaalassa alkaa kivikkoisesti, kun vartijan murha käynnistää tutkimukset, jotka johtavat hänet tri Leslie Thompkinsin luo.

Gordon haluaa saada työnsä takaisin ja yrittää napata Jack Gruberin, Arkhamin mielisairaalasta karanneen kajahtaneen elektroniikkaneron.

Kuulusteluihin tuotu murhan avaintodistaja tapetaan. Gordon epäilee, että joukossa on petturi, ja lähtee hakemaan tietoja vanhalta ystävältä.

Mooney paljastaa Oswald Cobblepotin salaisuuden. Gordon ja Bullock jahtaavat kammoista kärsiviä ihmisiä vainoavaa tappajaa.

Gordon ja Bullock yrittävät pysäyttää biologian opettajan, joka kerää murhaamiensa ihmisten rauhasia. Mooney jatkaa juonittelua saadakseen valtaa.

Gordon vie tri Leslie Thompkinsin sirkukseen, mutta sinne hyökätään. Falcone laittaa Butch Gilzeanin Pingviinin avuksi yökerholle.

Gordon kaivelee esiin komisario Loebin tapaukseen liittyviä tietoja. Mooneyn uskollisuus vankeja kohtaan joutuu kyseenalaiseksi.

Gordon ja Bullock palaavat vanhaan gothamilaisia nuoria naisia vainoavan sarjamurhaajan tapaukseen. Mooney suunnittelee pakoa Nukentekijän kynsistä.

Gordon ja Bullock jatkavat Ogren kimpussa. Mies lähestyy Gordonin entistä heilaa. Bruce ja Selina paljastavat korruptiotapauksen Wayne Enterprisesissä.

Ogre paljastaa aikomuksensa Barbaralle samaan aikaan, kun Gordon ja Bullock tekevät kaikkensa saadakseen hänet kiinni. Pingviini pistää pystyyn verilöylyn.

Gotham Cityn jengisota kiihtyy täyteen mittaansa. Mooney ottaa yhteen Maronin ja Pingviinin kanssa kaupungin herruudesta.