De nieuwe rechercheur James Gordon en zijn ervaren partner Harvey Bullock onderzoeken de moord op de steenrijke ouders van de 12-jarige Bruce Wayne.

Gordon en Bullock onderzoeken een netwerk waarin straatkinderen worden verhandeld, onder wie Selina. Penguin is weer op weg naar Gotham. 

Rechercheurs Gordon en Bullock sporen een waakzame burger op die corrupte inwoners van Gotham vermoordt door ze aan weerballonnen vast te binden.

Als een controversiële motie van het stadsbestuur over de toekomst van Arkham dichterbij komt, lopen politici aan beide kanten gevaar.

Gordon en Bullock zoeken de leverancier van een nieuwe drug die een dodelijke euforie veroorzaakt. Cobblepot infiltreert in Maroni's vriendenkring.

Als een moordenaar het op de eerstgeborenen van de Gotham-elite heeft gemunt, herleeft Bullock zijn traumatische herinneringen aan een oude, bijna identieke zaak. 

Penguin onthult een nieuw onderdeel van zijn machtsspel: Gordon moet de gevolgen onder ogen zien van zijn beslissing om Penguins leven te sparen. 

Wanneer een doodgeslagen Gothamite wordt gevonden, zijn Gordon en Bullock geïntrigeerd door het motief. Terug op school heeft Bruce moeite om vrienden te maken. 

Om de moord op Wayne af te sluiten, adviseert de jonge Harvey Dent aan Gordon om met burgemeester James samen te werken. Penguin benadert Liza, Mooneys geheime wapen.

Selina neemt een nieuwe vriend mee op een gevaarlijke tocht door Gotham om de moordenaars die haar volgen te ontwijken. Gordon wordt na een fout overgeplaatst. 

Gordons opdracht in het gekkenhuis van Arkham gaat moeizaam van start als het onderzoek naar de moord op een bewaker hem naar dr. Leslie Thompkins leidt.

Gordon wil zijn baan terug en probeert Jack Gruber in te rekenen. Deze gestoorde elektrotechnicus is uit het gekkenhuis van Arkham ontsnapt. 

Wanneer de kroongetuige in een moordzaak tijdens het politieverhoor overlijdt, denkt Gordon dat de dader een insider is en vraagt hij een oude vriend om meer informatie.

Gordon en Bullock willen een biologieleraar oppakken die de organen van zijn vermoorde slachtoffers gebruikt. Mooney blijft manieren zoeken om meer macht te krijgen.

Gordon neemt dr. Leslie Thompkins mee uit naar het circus, maar het circus wordt aangevallen. Falcone neemt Butch Glizean in dienst om Penguin te helpen met de nachtclub.

Naar aanleiding van verschillende bankovervallen doen Gordon en Bullock onderzoek naar de Bende van de Red Hood. Selina Kyle krijgt een sterkere band met Barbara.

Terwijl Gordon informatie zoekt over de recente onenigheid met commissaris Loeb, wordt de loyaliteit van Fish aan de gevangenen in twijfel getrokken.

Gordon en Bullock onderzoeken een oude zaak van een seriemoordenaar die zich op jonge vrouwen in Gotham City richtte. Fish wil ontsnappen uit de handen van de Dollmaker.

Gordon en Bullock blijven de Ogre volgen, die aanpapt met iemand die veel voor Gordon betekent. Bruce en Selina brengen corruptie binnen Wayne Enterprises aan het licht.

De Ogre ontleedt Barbara's gevoelens, terwijl Gordon en Bullock alles doen om hem op te sporen. Penguin leidt een massamoord die uitmondt in een immense oorlog.

Terwijl de bendeoorlog in Gotham City onhoudbaar wordt, zijn Fish Mooney, Maroni en Penguin verwikkeld in een nek-aan-nekrace om de stad terug te winnen.