Den ferske etterforskeren James Gordon og hans erfarne partner, Harvey Bullock, etterforsker drapet på 12 år gamle Bruce Waynes milliardærforeldre.

Gordon og Bullock etterforsker en liga som driver med smugling av gatebarn, inkludert Selina. Penguin har planer om å dra tilbake til Gotham.

Et trettekjært bystyre stemmer for fremtiden til Arkham District, og politikere på begge sider er i fare.

Penguin viser frem et nytt element av sin manipulative strategi, noe som presser Gordon til å måtte håndtere konsekvensene av sin avgjørelse om å spare Penguins liv.

Unge Harvey Dent vil oppklare saken der Wayne ble drept, og oppfordrer Gordon til å samarbeide med Borgermester James. Penguin kontakter Mooneys hemmelige våpen, Liza.

Selina tar med en ny venn på en farefylt reise gjennom Gotham for å unngå snikmorderne på sin vei. Gordon får et nytt oppdrag etter et feiltrinn.

Gordon leder jakten på rømlingene fra Arkham som fortsatt befinner seg på frifot. I mellomtiden tyr Alfred til drastiske midler for å beskytte Bruce.

Etter at Barbara våkner opp fra et skremmende mareritt, kommer en maktsyk Galavan med et tilbud overfor Bruce, som er vanskelig å avslå.

Selina og Bruce fornyer samarbeidet. Samtidig forsterker Gordon innsatsen for å holde Galavan bak murene, der han hører hjemme.

Ti år etter at Bruce dro fra Gotham, kommer han tilbake til åpningen av det nye Wayne Tower og finner en dyster by som trenger en helt.