James Gordon, nyuddannet kriminalassistent, og hans erfarne partner Harvey Bullock efterforsker mordet på den 12-årige Bruce Waynes milliardærforældre.

Gordon og Bullock efterforsker en sag om en menneskesmuglerring, som udnytter gadebørn, deriblandt Selina. Pingvinen begynder at vende tilbage mod Gotham.

Kriminalbetjentene Gordon og Bullock opsporer en selvtægtsudøver, som myrder korrupte Gotham-borgere ved at fastgøre dem til vejrballoner.

Et stridbart byråd nærmer sig afstemningen om Arkham-distriktets fremtid, og politikerne på begge sider er i fare.

Gordon og Bullock leder efter kilden til et nyt stof, som forårsager eufori og derefter døden. Cobblepot arbejder sig dybere ind i Maronis indercirkel.

Da en morder begynder at gå efter Gothams elites førstefødte, giver det Bullock traumatiske minder om en nærmest identisk sag, han har arbejdet på tidligere.

Pingvinen afslører et nyt element af sin manipulerende strategi, hvilket konfronterer Gordon med konsekvenserne af sin beslutning om at skåne Pingvinens liv.

Da en gothamit, som er blevet banket ihjel, bliver fundet, undrer Gordon og Bullock sig over motivet. Bruce vender tilbage til skolen og har problemer med at få venner.

I et forsøg på at afslutte Wayne-mordsagen, opmuntrer den unge Harvey Dent Gordon til at samarbejde med borgmesteren. Pingvinen kontakter Mooneys hemmelige våben Liza.

Selina fører en ny ven på en farlig rejse gennem Gotham for at undgå de mordere, som er i hælene på hende. Gordon bliver forflyttet efter at have begået en fejl.

Gordons opgave på Arkhams sindssygeanstalt får en hård start, da mordet på en vagt starter en efterforskning, som fører til dr. Leslie Thompkins.

I et forsøg på at få sit job igen prøver Gordon at fange Jack Gruber, et forstyrret elektrisk geni, som er flygtet fra Arkhams sindssygeanstalt.

Da hovedvidnerne i en mordsag dør, mens de tilbageholdes for at blive udspurgt, har Gordon mistanke om et insiderjob og beder en gammel ven om oplysninger.

Fish afslører Oswald Cobblepots hemmelighed, hvilket foranlediger Maroni til en loyalitetstest. Gordon og Bullock jager en morder, hvis ofre lider af fobier.

Gordon og Bullock forsøger at stoppe en biologilærer, som stjæler sine mordofres kirtler. Mooney forsætter med at planlægge, hvordan hun kan få magten.

Gordon tager dr. Leslie Thompkins med i cirkus, men cirkusset angribes. Falcone får Butch Gilzean til at hjælpe Pingvinen med natklubben.

Efter flere bankrøverier er Gordon og Bullock i gang med at efterforske Red Hood-banden, og Selina Kyle fortsætter med at knytte sig til Barbara.

Gordon leder efter oplysninger om den aktuelle kontrovers med politidirektør Loeb, og der sættes spørgsmålstegn ved Fishs loyalitet overfor fangerne.

Gordon og Bullock efterforsker en gammel sag om en seriemorder, der går efter unge kvinder i Gotham City. Fish planlægger sin flugt.

Gordon og Bullock efterforsker stadig Ogre, som nærmer sig nogen, der er tæt på Gordon. Bruce og Selina afslører, at Wayne Enterprises er korrupt.

Gordon og Bullock forfølger Ogre, som arbejder på at nedbryde Barbara. Pingvinen fører an i en massakre, som starter en episk krig.

Gothams bandekrig når kogepunktet, og Fish Mooney går i clinch med Maroni og Pingvinen i et forsøg på at genvinde magten i byen.

Da Bruce opdager sin afdøde fars hemmeligheder, indgår Gordon modvilligt et samarbejde med Oswald Cobblepot.

Gordon leder forsøget på at finde de undslupne fanger fra Arkham, som stadig er på fri fod. Alfred tager drastiske skridt for at beskytte Bruce.

Alfred overbeviser Bruce om at deltage i en velgørenhedsfest på et børnehospital, men afslutningen på aftenen bliver uhyggelig.

Efter en tragedie på afdelingen forfremmes Gordon, og der gøres en fornyet indsats for at bekæmpe alt ondt. Theo Galavan fremlægger sin plan for Gothams fremtid.

Da Pingvinen og Galavan begynder at samarbejde med en familie af brandstiftere, øges kriminaliteten i Gotham. En gammel strid genopstår mellem familierne Galavan og Wayne.

Mens en splittet Bridgit overvejer sine muligheder, fortsætter Pingvinen og Galavan deres duel om magten.

Den hævntørstige Pingvin er fast besluttet på at befri sin tilfangetagne mor. Silver og Selina mødes for første gang og skændes om Bruce.

Da Barbara vågner op fra et uhyggeligt mareridt, giver den magtsyge Galavan Bruce et tilbud, som er svært at afslå.

Lee er bekymret for Gordons mørke side. Edward tager sig af den skadede Pingvin, mens han bliver rask – og spørger ham til råds.

Selina og Bruce fornyer deres partnerskab. Gordon forsøger at holde Galavan bag tremmer, hvor han hører hjemme.

Da Bruce bortføres, beder Gordon en usandsynlig allieret om hjælp i et forsøg på at stoppe Galavans planer om hævn over familien Wayne.

Gordon forbereder sig på at vidne i en vigtig retssag, og en ny skræmmende skurk, som fryser folk til døde, dukker op i Gotham.

Alfred afslører flere detaljer om den mand, som dræbte Bruces forældre. Politiet forbereder sig på at overflytte en ny fange til Arkham Asylum.

Pingvinen konsulterer fortsat Hugo Strange, som mener, han kan "helbrede" Pingvinens vrede. Bruce aflægger et nyt løfte om, at han vil finde sine forældres morder.

Mens Gordon og Bullock efterforsker et museumsrøveri, ser Pingvinen nogle gamle venner. Bruce tester sin nye gadestil.

Gordon får smag på fængselslivet, og Bullock overbringer forfærdelige nyheder. Pingvinen må tage sig af skærmydsler i familien.

Mens en desperat Gordon arbejder på at redde sit omdømme, opdager Pingvinen den overraskende sandhed om sin fars død.

Barbara kontakter Gordon i et forsøg på at genetablere deres forhold. Bruce og Alfred går på jagt efter en af Thomas Waynes gamle partnere.

Mens Gordon udspørger professor Strange om hans arbejde på Pinewood Farms, forbereder en farlig ny skurk sig på at indtage byen.

Azraels løfte om at dræbe Gordon får Pingvinen til at komme frem fra sit skjul. Men det tager ikke lang tid, inden Bruce bliver det nye mål.

Bruce forsøger at redde Selina med hjælp fra Gordon, Lucius og Alfred. Men først må de finde professor Stranges hemmelige laboratorium.

Gordon gennemgår i en stofrus en transformation dybt inde i professor Stranges laboratorium. En ny trussel hænger over Gotham.