Lieutenant James Gordon ist gerade neu in Gotham angekommen und setzt es sich sogleich zum Ziel, die Kriminalität in der Stadt zu bekämpfen. Dabei muss er gegen Korruption innerhalb und außerhalb der Polizei vorgehen. Sein erster Fall ist die Ermittlung des Mörders von Thomas und Martha Wayne. Gleichzeitig muss er sich um deren nun verwaisten Sohn Bruce kümmern, der später, wie wir alle wissen, zu Batman werden wird.

Die Ermittler James Gordon und Harvey Bullock sind hinter einem Kinderschmuggelring her, der die Schutzlosigkeit der Straßenkinder Gothams brutal ausnutzt. Zu den Opfern gehört auch Selina Kyle. Unterdessen kehrt Oswald Cobblepot, der Penguin, wieder vom Land zurück und beginnt seine Rückreise nach Gotham, was viele neue Opfer fordert. Es wird dabei deutlich, dass sich die Serie mit ihren Charakteren etwas überlastet.

Die Ermittler James Gordon und Harvey Bullock jagen einen selbsternannten Rächer, der korrupte Einwohner Gothams umbringt, indem er sie an Wetterballons hängt. Oswald Cobblepot kehrt unterdessen in die Stadt zurück und findet einen neuen Job, der ihn näher an eine einflussreiche Gestalt der Unterwelt bringt. Während dessen kommen sich Barbara Kean und Renee Montoya näher als bisher gedacht...

Kurz vor einer umstrittenen Abstimmung im Stadtrat bezüglich der Zukunft des Stadtviertels Arkham befinden sich die Politiker auf beiden Seiten in akuter Gefahr. Gordon und Bullock setzen alles daran, den Stadtrat und seine Mitglieder zu schützen. Gordon bekommt außerdem Besuch eines alten Freundes. Der Fall der Woche dreht sich währenddessen um einen Mörder, der zwischen den Fronten Falcones und Maronis agiert.

Gordon und Bullock suchen nach den Produzenten einer neuen Straßendroge, die nach einem kurzen euphorischen Hoch zu einem schnellen Tod führt. So sind Nutzer dieser in der Lage, selbst massive Gewichte zu tragen, verspüren darauf jedoch erheblichen Muskelschwund. Oswald Cobblepot steigt unterdessen weiter in der Gunst Maronis. Fish Mooney arbeitet indes unbeirrt weiter an ihrer Verschwörung gegen Falcone.

Ein Killer nimmt die Erstgeborenen Kinder elitärer Familien ins Visier und bringt dadurch schmerzhafte Erinnerungen für Bullock hervor. Dabei trägt dieser eine Maske, die uns bereits an den späteren, dunklen Ritter Gotham Cities erinnert. Dahinter steckt jedoch der Versuch, Gotham City direkt zu therapieren. Gordon muss derweil mit den Konsequenzen aus den Handlungen seiner Vergangenheit umgehen. Die Episode überzeugt dadurch, dass sie es schafft, die Plotanzahl etwas auszudünnen.

Die Gewalt zwischen Maroni und Falcone eskaliert weiter, während Oswald Cobblepot aka Penguin eine neue Komponente seiner Manipulationsstrategie enthüllt. So gibt es eine kleine Überraschung zum Ende der Episode. Darüber hinaus taucht noch der aus den Comics bekannte Victor Zsasz auf. Gordon muss sich fortan mit den Konsequenzen seiner Entscheidung herumschlagen, Penguin am Leben gelassen zu haben.

Gordon und Bullock ermitteln, als ein Einwohner Gothams für die Bewerber um einen Job bei einer Finanzfirma einen tödlichen Fight Club betreibt. Dahinter steckt ein Mann mit einem Hang zur Maskierung, der dabei Themen anschneidet, die bereits für den späteren, dunklen Ritter interessant sein könnten. Bruce geht zurück zur Schule und erhält Besuch von einem neuen Freund, welcher ihm in Zukunft noch so manchen Ärger machen könnte.

Nikolais Männer verhelfen einem Sprengstoffexperten zu der Flucht aus dem Gefängnis, um Hilfe bei der Rache an Falcone zu bekommen. Derweil zeigt der aus den Comics als späterer Bösewicht bekannte Harvey Dent sein doppeltes Gesicht. Bruce und Alfred nehmen Selina auf damit ADA Harvey Dent den Hauptverdächtigen in den Wayne Morden durcheinanderbringen kann.

Selina führt einen neuen Freund auf eine gefährliche Reise durch Gotham. Dabei müssen die beiden in den dunklen Gefilden der zwielichtigen Stadt Schutz suchen. Wer von beiden das eigentliche Ziel der Männer ist, die hinter sie her sind, wird nicht ganz klar. Jim Gordon überschreitet seine die Grenzen seiner Möglichkeiten und muss schließlich nach einem Fehltritt seinen Dienst im Arkham Asylum leisten. Wie lange wird es der junge Detective hier wohl aushalten können?

Detective Gordons Auftrag im Arkham Asylum beginnt mit den Ermittlungen am Mord an einem Wachmann, durch die er Dr. Leslie Thompkins kennenlernt. Dahinter steckt jedoch nicht nur der einfache Versuch, aus dem Gefängnis auszubrechen. Wir lernen zwei neue Bösewichte kennen, die für Comickenner keine Unbekannten darstellen sollten. Inzwischen baut Cobblepot seine Armee weiter aus, findet sich zum Ende der Episode jedoch hinter schwedischen Gardinen wieder.

Gordon versucht seinen alten Job bei der Polizei zurückzubekommen, indem er versucht, den entflohenen Jack Gruber wieder einzufangen. Die Jagd nach dem manischen Genie gestaltet sich jedoch als äußerst kompliziert. Dieser hat sich nämlich ein ganz spezielles Ziel ausgesucht, um seine Rache zu bekommen. In der Zwischenzeit hat Falcone Probleme, sein Imperium zusammenhalten, nachdem Fish Mooney zu ihrem nächsten Schachzug angesetzt hat.

Nach dem Mord an einem Drogen-Dealer hoffen Gordon und Bullock auf schnelle Aufklärung. Denn schon kurz nach der Tat meldet sich ein Zeuge. Doch dann wird dieser auch getötet – auf dem Polizeirevier, mit derselben Waffe wie der Dealer. Für Gordon ist klar: Der Täter muss ein Cop sein, der in Drogengeschäfte verwickelt ist. Um seinen misstrauischen Kollegen zu beweisen, dass er Recht hat, geht Gordon ein hohes Risiko ein.

In Gotham treibt ein Serienmörder sein Unwesen. Die Getöteten haben eine Gemeinsamkeit: Alle leiden unter einer Phobie. Bullock findet heraus, dass es eine Phobiker-Selbsthilfegruppe gibt. Jeder dort könnte das nächste Opfer sein – auch die attraktive Scottie. Mooney hat sich unterdessen, nachdem sie die Stadt verlassen musste, auf ein Schiff geflüchtet. Von dem vermeintlich sicheren Rückzugsort aus versucht sie, Rache an Penguin zu nehmen …

Gordon und Bullock kommen bei ihrer Suche nach Dr. Crane dem Ziel immer näher. Doch als sie den verrückten Wissenschaftler endlich erwischen, ist es zu spät: Er hat an seinem Sohn ein furchtbares Experiment vollendet. Fish Mooney wacht derweil in einem Verlies auf – und übernimmt schon bald das Kommando über die anderen Gefangenen. Erst als eine schwer verletzte Frau in den dunklen Keller gebracht wird, realisiert Mooney, welch grausamen Zweck sie und die anderen dienen.

Eigentlich sind Gordon und Dr. Thompkins ganz privat im Zirkus. Doch schnell wird aus dem romantischen Date beruflicher Ernst. In der Manege kommt es zu einer wüsten Prügelei zwischen verfeindeten Artisten-Familien. Als Gordon dem Auslöser des Gewaltausbruchs auf den Grund geht, enthüllt er ein schlimmes Verbrechen. Zusammen mit Dr. Thompkins, die nicht von seiner Seite weichen will, nimmt Gordon die Ermittlungen unter den misstrauischen und eigenwilligen Zirkusleuten auf.

Eine Bande von Bankräubern hält Gotham in Atem. Das Markenzeichen der Kriminellen: rote Sturmhauben. Gordon und Bullock nehmen die Ermittlungen auf. Während Bullock auf einen schnellen Ermittlungserfolg aus ist, glaubt Gordon, dass die Sache komplizierter ist … Unterdessen bekommen Bruce Wayne und Alfred späten Besuch. Der Überraschungsgast ist sehr unterhaltsam – aber auch gefährlich.

Gordon hat genug von den Intrigen von Commissioner Loeb. Er will endlich die berüchtigten Akten finden, die der Chef als Druckmittel über jeden Polizisten führt. Wie sich zeigt, sind die geheimen Unterlagen extrem gut versteckt. Gordon sieht nur einen Weg, an sie heranzukommen: Er muss mit Penguin zusammenarbeiten. Auf der Suche nach den Papieren kommt allerdings ein ganz anderes, dunkles Geheimnis ans Tageslicht. Seit Jahrzehnten hat Loeb es mit allen Mitteln gehütet …

Gotham City ist in Alarmbereitschaft: Gordon und Bullock sehen sich mit einem alten Fall konfrontiert, bei dem es ein perfider Serienkiller namens Ogre auf junge Frauen abgesehen hat. Schon bald stellt sich heraus, dass sich Ogre vor allem Angehörige von Polizisten aussucht, die in seinem Fall ermitteln.

Jim Gordon und sein Kollege Harvey Bullock sind weiterhin auf der Suche nach dem als Ogre bekannten Serienmörder. Der ist gerade dabei, sich in Gordons Umfeld einzuschleichen. Bei Barbara Kean stößt er jedoch an seine Grenzen …

Barbara Kean befindet sich weiter in der Gewalt von Serienkiller Ogre. Langsam, aber sicher wird sein zerstörerischer Einfluss auf sie immer stärker. Schließlich lässt sich Barbara auf einen grausamen Deal ein … Währenddessen sind Jim Gordon und Harvey Bullock Ogre und seinem Opfer dicht auf der Spur. Doch die Zeit wird knapp. Kommen sie noch rechtzeitig, um einen weiteren Mord zu verhindern?

Auf den Straßen von Gotham City erreicht der Krieg zwischen den verfeindeten Mafia-Gangs seinen Höhepunkt. Mitten drin: Fish Mooney – sie ist zurückgekehrt, um die Herrschaft über die Stadt doch noch an sich zu reißen. Mit diesem Wunsch ist sie nicht allein. Auch Penguin und Maroni wollen die Kontrolle übernehmen. Im Machtkampf um Gotham ist kein Leben mehr sicher …

Für Jim läuft es nicht gut: Er wurde in den uniformierten Dienst degradiert und nach einer Handgreiflichkeit mit einem Kollegen gefeuert. Kurzerhand bittet er Gothams neuen König, Pinguin, um Hilfe. Der macht ihm einen unmoralischen Vorschlag. Indes dringen Bruce und Alfred in die geheimen Kellergewölbe von Bruces Vater ein. Dort findet Bruce einen Brief seines Vaters, in dem steht, dass er sich auf seinem Lebensweg entweder für Glück oder die Wahrheit entscheiden muss …

Galavan stellt eine Truppe aus Verbrechern zusammen; die Maniax sollen für Chaos und Schrecken in der Stadt sorgen. Bei einem Angriff auf das Gotham City Police Department wird Commissioner Essen getötet. Jim wird indessen von Barbara aus dem Revier gelockt. Bruce sucht im Computer seines Vaters nach Geheimnissen von Wayne Enterprises. Alfred hingegen hat Angst um seinen Schützling und zerstört aus Sorge den Rechner.

Nach dem Massaker im Gotham City Police Department ist Gordon auf der Jagd nach Jerome. Die Spur führt zu dessen Vater. Als Bullock und Gordon ihn aufsuchen wollen, finden sie ihn jedoch tot auf. Bei einer Wohltätigkeitsgala ermordet Jerome den stellvertretenden Bürgermeister. Als er schließlich auch noch Bruce zu töten versucht, bringt Galavan den Attentäter um und wird so zum Helden des Abends. 

Penguin ist auf der Jagd nach dem Drahtzieher, der hinter dem Arkham-Ausbruch steckt. Schließlich wird er von Galavan eingeladen. Dort erfährt er nicht nur mehr über dessen dunklen Pläne, sondern auch, dass er die Kandidaten, die sich zur Wahl des Bürgermeisters stellen, ermorden soll. Derweil stellt sich auf dem Revier ein neuer Polizeichef vor. Captain Barnes rekrutiert für eine neue Spezialeinheit des GCPD einige Abgänger der Polizeiakademie.

Penguin versucht weiterhin einen Weg zu finden, seine Mutter zu befreien und gegen Galavan vorzugehen. Während er in dessen Auftrag mehrere Brandanschläge plant, kommt ihm eine Idee, wie er Galavan den Garaus machen kann. Galavan bittet indes Jim um Unterstützung bei seiner Wahlkampagne. Der lehnt zuerst ab, ändert jedoch seine Meinung, nachdem ein Kollege bei einem Einsatz ums Leben gekommen ist. Jim wird klar, dass er Rückhalt von der Politik benötigt, um Dinge zu ändern

Penguins Plan, Butch bei Galavan einzuschleusen scheint zunächst aufzugehen, bis Butch beim Spionieren erwischt wird und somit zwischen die Fronten gerät. Indes hilft Selina Bridgit an Geld zu kommen, damit sie die Stadt verlassen kann. Gemeinsam überfallen sie eine Untergrundauktion. Allerdings werden sie von einer Überwachungskamera gefilmt, sodass Jim Gordon Selina auf die Schliche kommt …

Penguin wird von Butch in das Lagerhaus, in dem seine Mutter gefangen gehalten wird, gelockt. Dort wartet Galavan bereits auf ihn, und Tabitha tötet Penguins Mutter vor dessen Augen. Als dem wütenden Penguin die Flucht gelingt, lässt Galavan den Ausnahmezustand ausrufen und fordert seine Verhaftung. Indessen verbringen Bruce und Silver viel Zeit miteinander. Selina ist skeptisch, und bei einem Besuch bei Bruce offenbart Silver ihre dunkle Seite … 

Jim Gordon will Theo Galavans Pläne schnellstmöglich vereiteln. Doch der Schurke ist ihm einen Schritt voraus, denn die von ihm manipulierte Barbara Kean lockt Gordon in eine Falle. Edward Nygma möchte derweil die Leiche von Miss Kringle im Wald vergraben. Dabei trifft er auf Penguin, der sich versteckt hat und ihn um Hilfe bittet.

Gordon und Barnes suchen nach Galavans Verhaftung in dessen Wohnung nach Beweismitteln. Dabei werden sie von Eduardo Flamingo angegriffen, einem gefährlichen Auftragskiller, der von Tabitha engagiert wurde. Penguin kommt derweil in Nygmas Wohnung wieder zu Bewusstsein, wo sich Nygma um seine Wunden kümmert. Bruce lädt Silver ein, weil er hofft, dass er von ihr Informationen über den Mörder seiner Eltern erhalten kann. Alfred ist nicht besonders begeistert von Bruces Vorgehen.

Galavans Anhörung vor Gericht steht an. Er wird schließlich freigesprochen, weil Aubrey James seine Aussage widerruft. Der wütende Gordon greift daraufhin Galavan an und wird verhaftet. Derweil schmiedet Bruce mit Selinas Hilfe einen Plan, um Silver endlich zum Reden bringen. Kommt Bruce tatsächlich endlich hinter die Identität des Mörders seiner Eltern?

Jim wurde von Penguin gerettet, und die beiden beschließen, Galavan gemeinsam den Garaus zu machen. Indes soll die von Galavan manipulierte Silver Bruce dazu bringen, sich in sie zu verlieben. Doch der durchschaut ihren Plan …

Gordon ist nach Galavans Tod nach Gotham zurückgekehrt und bekommt seinen Job wieder; der wahnsinnige Penguin wird derweil nach Arkham gebracht. Dort praktiziert auch ein gewisser Victor Fries. Der Wissenschaftler plant, seine todkranke Frau einzufrieren und ein Heilmittel zu finden, um sie dann zu reanimieren. Um die richtige Formel für das Einfrieren und Auftauen zu erforschen, entführt er Menschen und unterzieht diese Experimenten im Keller seines Hauses.

Die Jagd auf Victor Fries ist in vollem Gange. Der Plan, seine Frau als Köder zu verwenden, um ihn so nach Arkham zu locken, funktioniert. Allerdings ist Dr. Strange sehr interessiert an Fries’ Formel und verhilft ihm wenig später wieder zur Flucht. Alfred hat derweil den echten Namen des Mörders von Bruces Eltern herausgefunden. Bruce bittet daraufhin Selina, ihm eine Pistole zu besorgen.

Bruce und Alfred machen sich auf die Suche Matches Malone, der Bruce’ Eltern getötet hat. Als sich Alfred verletzt und ins Krankenhaus muss, ist Bruce auf sich allein gestellt. Schließlich findet er Malone; er entscheidet sich jedoch dagegen, ihn zu erschießen, da der Mann nur einen Auftrag ausgeführt hat. Bruce will den Auftraggeber zur Rede stellen. Derweil wird Penguins Behandlung nach einigen Tests durch Doktor Strange als beendet erklärt. 

Der rachsüchtige Nygma will Gordon um jeden Preis aus dem Weg räumen. Während Gordon einem vermeintlichen Kunsträuber und Bombenleger auf der Spur ist, tappt er in Nygmas Falle. Wenig später wird er wegen eines Mordes, den er nicht begangen hat, verhaftet und verurteilt. Indessen wurde Pinguin aus Arkham entlassen und trifft am Grab seiner Mutter auf seinen totgeglaubten Vater. 

Jim Gordon wurde verhaftet und sitzt im Gefängnis. Derweil versucht Bullock, die Unschuld seines Partners zu beweisen; allerdings kommt er keinen Schritt voran. Schweren Herzens bittet er schließlich Don Falcone um Hilfe. Penguin hingegen genießt sein neues Familienleben. Als sich herausstellt, dass sein Vater krank ist, beschließt Grace, den vermeintlichen Alleinerben Penguin aus dem Weg zu schaffen …

Bruce lebt mittlerweile mit Selina auf der Straße. Um Gordon aus seiner misslichen Lage heraushelfen zu können, muss er jedoch wieder nach Hause, wo er eine schwerwiegende Entscheidung treffen muss. Gordon ist weiterhin auf der Jagd nach der Person, die ihm den Mord an Pinkney angehängt hat. Er bittet Nygma um Hilfe …

Auf dem Computer seines Vaters Thomas stößt Bruce auf Hinweise, die ihn zu Karen Jennings und nach Pinewood führen. Karen war das erste Versuchsobjekt von Dr. Strange, das aber gerettet wurde. Gordon geht derweil weiterhin seinen eigenen Ermittlungen nach und erhält Unterstützung von der gerade aus Arkham entlassenen Barbara.

Galavan kann sich nicht mehr an seine Vergangenheit erinnern. Dr. Strange verleiht ihm daraufhin eine neue Persönlichkeit: „Azrael“, eine mythische Figur aus den heiligen Schriften von Galavans Familie. Dr. Strange beauftragt ihn, Gordon zu töten. Als Azrael in das Polizeirevier eindringt, kommt es zu einem Kampf zwischen Captain Barnes und Azrael. Dabei wird Barnes schwer verletzt …

Bullock und Gordon sind weiterhin auf der Suche nach Azrael. Die Spur führt zu Dr. Strange, doch der hat bereits alle möglichen Beweise gegen ihn vernichtet. Als Gordon und Bullock Tabitha um Hilfe bitten, führt sie die beiden in die Gruft der Dumas, in der ein legendäres Schwert liegt. Plötzlich taucht Azrael auf, der sich mithilfe von Tabitha an Teile seiner Vergangenheit erinnert und damit auch an seinen ursprünglichen Plan, Bruce Wayne zu töten …

Nachdem Barnes schwer verletzt wurde, wird Bullock zum Captain ernannt. Gordon, Bruce und Lucius überlegen sich, wie sie Selina aus Arkham befreien sollen. Ihr Plan geht allerdings schief und sie werden gefangen genommen. Dr. Strange erweckt indes mehrere Tote wieder zum Leben; allerdings fehlt allen jegliche Erinnerung an ihr früheres Leben. Lediglich Fish Mooney weiß, wer sie ist …

Gordon, Lucius und Bruce sind immer noch in Dr. Stranges Gefangenschaft. Der Rat, dessen Befehle Strange ausüben soll, besteht auf die Schließung von Arkham und die Tötung der Gefangenen. Als die Polizei vor den Toren Arkhams steht, wird sie jedoch durch einen Doppelgänger Gordons aufgehalten. Die Evakuierung der Gefangenen verläuft wie geplant – bis Fish Mooney ihre neuen Kräfte einsetzt. Wird Gotham der neuen Bedrohung standhalten?