las Powerpuff Girls intenta resolver los acertijos que Him les está planteando a las chicas antes de un límite de tiempo. Los acertijos y tareas probarán sus facultades físicas y mentales. Sin embargo, si fallan en completarlos todos a tiempo, el Profesor Utonium PAGARÁ...

Un director falso llamado Bernie Bernstein ilusiona las chicas en crear su propia película, pero el Profesor descubre que todo es una estafa y el director solo quiere robar el dinero de la ciudad de Townsville.

Mientras Bubbles dibujaba con sus tizas, Buttercup se harta de que utilice el patio como una pizarra gigante y pisa sus tizas, hiriéndole y haciéndole llorar. Bubbles recibe unas Tizas Mágicas capaces de dar vida a todo lo que dibujan de una mariposa (Him disfrazado) Bubbles, enfadada, dibuja a cuatro monstruos que empiezan a desolar el Parvulario. Him se revela y le dice que todo era para aprovecharse de sus sentimientos. Bubbles vuelve expresarse aún más enfadada, pero esta vez de forma positiva.

Es el día de las profesiones y en el jardín de Infancia, el profesor Utonium explica que es científico y que el nunca se hubiera dedicado a ello si no fuera por tres niñas que vio cuando él era pequeño. Mojo Jojo aprovecha la ocasión para viajar al pasado con el último invento del profesor, una máquina del tiempo, para deshacerse de él cuando aún era un niño a fin de que las Powerpuff Girls no nazcan.

las Powerpuff Girls tratan de unirse a la "Asociación Mundial de Super Hombres" (AWSM) liderada por el Mayor América. Así que intentan superar una serie de pruebas para ingresar en la asociación, pero son discriminadas por ellos solo porque son chicas.

Una lluvia extraña cae sobre la ciudad de Townsville, y parece que son pequeños robots que destruyen todo a su paso. Las chicas tendrán que encoger de tamaño para luchar contra esta clase de amenaza.

Bubbles rescata de una muerte predecible a una ardilla. A consecuencia de lo que había pasado, la ardilla sale herida, así que Bubbles le da la químico X para que se recupere. No solo se recupera, sino que obtiene super-poderes también. Bautizada como Súper Bala, ingresa como un miembro más de las chicas, demostrando ser de lo más eficaz, pero pronto empieza a echar de menos sus raíces en el bosque.

Un ser extraterrestre ataca la ciudad, y todo lo que planean las chicas este ser ya lo prevé, así que piden la ayuda de Mojo para que peleen maldad contra maldad. Mojo logra detenerlo por un momento, pero luego empieza a fallar y ve que el monstruo está haciendo todo lo que él había soñado, así que se enfada por ello y comienza atacarlo sin piedad hasta que el extraterrestre diga que Mojo es el más malvado.

Dick Harley, un antiguo compañero del Profesor Utonium, se da cuenta de que las hijas de su colega no son normales, así que le sugiere invertirlas en negocios mundiales, pero el profesor se molesta y se niega completamente, pero Dick no se da por vencido y engaña a las chicas para así darle la químico X, haciendo copias masivas y repartiéndolas a nivel mundial, las chicas al enterarse de las malas intenciones de Dick, le exigen que les devuelva la químico X, y él se la traga, convirtiéndose en un monstruo, y capturándolas en una máquina para absorber la químico X del trío heroico, pero el profesor viene en su rescate. Las deficientes clonaciones lo atrapan y antes de que se aleje más le dice a sus hijas que las ama, eso hace que las clonaciones se opongan a Dick y así fracase, mientras el profesor, salva a sus hijas.

Nota: Aparece como un cameo el El Lagarto Juancho como un monstruo gigante en New York.

Una nueva vecina llamada Robyn se muda a la vecindad de las Powerpuff Girls. Las cuatro se vuelven las mejores amigas, hasta que el Alcalde de Townsville necesita de las tres para dejar todo bajo control, y comienzan a dejar sola a Robyn. Princesa se aprovecha de que Robyn esta sola para usarla en un crimen y hacerla pasar por ladrona para así Princesa quedar como heroína y que las chicas la acepten.