Mojo Jojo vole les joyaux d'Anubis. Grâce à leurs pouvoirs, il transforme toute la population de Townsville en chien.

Le professeur rencontre une jolie jeune femme dans un supermarché et en tombe amoureux. Il l'invite chez lui mais découvre qu'il s'agit d'une imposture.

La ville est envahie par les cafards, les trois filles sont chargées de la libérer.

Trois affreux bandits s'évadent de prison. En cavale, ils commettent leurs délits déguisés en Supers Nanas. Dans la confusion ce sont les Supers Nanas qui sont reconnues coupables et emprisonnées.

Diable Rouge prend les commandes sur Bulle par l'intermédiaire de sa peluche et essaie de désunir les Supers Nanas.

Les Invertébrés veulent devenir de vrais criminels. Ils commettent ainsi leur pire crime en rendant tout Townsville malade.

Rebelle a le béguin pour Ace, le chef de la Bande des Ripoux. La Bande profite de cette opportunité pour mettre Bulle et Belle en danger.

Grosfilou développe un sens aigu de la propriété. Il décide d'annexer Townsville et de mettre tous ses habitants K.O.

Les Supers Nanas tentent de faire exploser une boule à facette géante censée cacher derrière le soleil dans l'espace et provoquer une nuit perpétuelle. Pendant ce temps, des monstres de la nuit essayent de détruire Townsville.

Al Usion, un illusionniste zombie, revient des ténèbres pour terroriser Townsville. Il prend Belle pour une petite fille qui aurait ruiné sa carrière jadis.

La bande des Ripoux sème la panique auprès des Supers Nanas en les appelant, se faisant passer pour le maire en danger.

Lui possède tous les alliés des Supers Nanas. Ils sont agressifs avec les trois filles qui sont obligées de combattre ceux qu'elles aiment.

Les habitants de Townsville se tournent vers un nouveau super héros, Majorman, et délaissent ainsi les Supers Nanas. Mais ce concurrent s'avère être un imposteur avec ses mises en scènes par des coups montés.

Mojo Jojo kidnappe le professeur Utonium. Quand les Supers Nanas vont à sa rescousse, elles découvrent que Mojo Jojo est en réalité leur frère.

Rebelle se moque d'Elmer, un petit garçon de son école, parce qu'il mange de la colle. Elle refuse de s'excuser. À la récré, Elmer avale accidentellement une mouche toxique qui est tombé dans la colle, et il se transforme en géant de colle.

Une chaleur d'enfer s'abat sur Townsville : une boule de feu géante fonce droit sur la ville. Pour Belle c'est le moment idéal de perfectionner son nouveau super pouvoir glaçant.

Bulle, qui en a assez d'être considérée comme un bébé, s'entraîne à être forte et courageuse pour qu'elle décide de combattre seule.

Mojo Jojo kidnappe le maire et lui bande les yeux. S'il ne peut rien voir, il entend que les Supers Nanas, venues le sauver, n'arrêtent pas de rire.

Bulle, Belle et Rebelle adoptent un chat blanc. Ce dernier hypnotise le professeur Utonium pour s'approprier un diamant qui donne un pouvoir aux chats de Townsville.

Grofilou remporte les élections pour devenir maire. Mais son prédécesseur n'a pas l'intention de se laisser faire.

Bariolé le clown bénéfique perd ses couleurs et sa mémoire en heurtant une citerne remplie de javel. Il se met alors à voler progressivement toutes les couleurs de la ville et du parc de Townsville.

Pour venir à bout des Supers Nanas, Mojo Jojo crée les Sales Petits Mecs dans la prison, leurs doubles masculins. Elles sont presque vaincues, mais elles rétorquent avec une arme secrète : la gentillesse et le baiser.

Par peur pour ses filles, le professeur Utonium construit La Super Nana Dynamo, un super robot géant. Les Supers Nanas sont réticentes à s'en servir, elles préfèrent vaincre par leurs propres moyens. Mais le jour vient où elles y sont bien obligées. Elles gagnent la bataille de justesse contre un gigantesque poisson-ballon, mais, dans le processus, elles détruisent aussi la ville.