Obwohl die Powerpuff Girls gelernt haben, dass man selbst die ekeligsten Insekten nicht zerquetschen darf, müssen sie die Stadt Townsville von einer riesigen Kakerlaken-Plage befreien, die ihr Widersacher Roachcoach verursacht hat. Was also unternehmen, ohne den Tieren Leid anzutun? Die Girls nehmen ein gigantisches Einmachglas zur Hilfe. Doch Roachcoach lässt sich nicht so leicht überlisten.

Eine absurde Idee: der teuflische Bösewicht Mojo-Jojo will alle Menschen in Hunde verwandeln, die er dann zum Stehlen abrichtet. Doch so leicht kann der Affe sein Vorhaben nicht in die Tat umsetzen. Die Powerpuff Girls machen ihm einen Strich durch die Rechnung.

Weil die Powerpuff Girls in einen Streit geraten, glaubt der Bösewicht Him, er könne die drei jetzt ganz auseinander treiben. Er schickt ihnen das Plüschtier Octi, das Bubbles zuflüstert, Buttercup wolle Blossom als Anführerin ablösen. Bubbles möchte, dass sich die beiden Schwestern wieder vertragen, erreicht aber nur das Gegenteil. Da plötzlich verwandelt sich Octi in einen Riesenkraken und bringt eines der Powerpuff Girls in seine Gewalt. Und schon sind die beiden Schwestern wieder bereit zur Teamarbeit, um die Dritte im Bunde zu retten.

Die Powerpuff Girls bekommen es mit den randalierenden Rowdies zu tun. Die Bengels sorgen in der ganzen Stadt für Unruhe. Leider verliebt sich Buttercup in den Anführer der Rowdies und schließt mit der Gang Freundschaft. Ihre Schwestern sehen das gar nicht gerne, denn sie ahnen, was Anführer Ace im Schilde führt. Er will Buttercup für einen miesen Plan benutzen.

Der Boogie-Man liebt die Dunkelheit. Nur dann nämlich wagt er sich aus seinem Versteck und erschreckt alle Kinder der Stadt. Damit er Tag und Nacht sein Unwesen treiben kann, verdunkelt er mit Hilfe eines Tricks die Sonne. Doch er hat nicht mit den Powerpuff Girls gerechnet. Die vertreiben den Bösewicht und sorgen dafür, dass es wieder hell wird.

Die Powerpuff Girls werden von einer Gang an der Nase herumgeführt. Die Mitglieder der Bande rufen die Mädchen an, geben sich als Bürgermeister der Stadt aus und schicken sie von einem Einsatz zum nächsten. Natürlich immer umsonst. Als dann wirklich der wahre Bürgermeister bei den Powerpuff Girls anruft, glauben die ihm nicht.

Buttercup becomes smitten with Ace, the leader of the Ganggreen Gang. However, when the gang exploits her infatuation and lures Blossom and Bubbles into danger, Buttercup quickly comes to her sisters' rescue and shows the boys the real meaning of the word "crush."

Buttercup zeigt sich von ihrer schlechten Seite und macht sich im Kindergarten über Elmer lustig. Der isst gerne Klebstoff. Als er eines Tages, dank einer Riesenportion Kleber zu einem Monster mutiert, muss Buttercup mit Rache rechnen. Erst als sie sich bei Elmer entschuldigt, wird der wieder zum lieben kleinen Jungen.

Bubbles glaubt, ihre Schwestern und der Professor hielten sie für ein schwaches Mädchen. Deswegen wird sie ständig von einem zu harten Training verschont. Als sie jedoch plötzlich allein gegen Mojo Jojo antreten muss, kann sie unter Beweis stellen, wie stark sie wirklich ist.

Die Powerpuff Girls retten bei einem Einsatz ein süßes Kätzchen, das sie mit nach Hause nehmen. Der Professor ist anfangs dagegen, ein Tier aufzunehmen, lässt sich dann aber überreden. Leider, denn in Wirklichkeit ist die Katze ein Gauner, der nichts anderes plant, als die Machtübernahme der Stadt.

The Ganggreen Gang gets hold of the Mayor's hotline to the Powerpuff Girls and makes prank calls, sending the Girls on a wild goose chase all over town. However, when it's the notorious villain's Mojo Jojo, Fuzzy, and Him that the gang disturbs, they learn the price of making prank calls.

Die Powerpuff Girls bekommen ernstzunehmende Konkurrenz. Mojo Jojo hat die Rowdyruff Boys konstruiert. Das sind ganz schön harte Jungs, die es den drei Mädchen nicht leicht machen. Doch ganz gleich, wie stark sie sind, gegen die Powerpuff Girls kommen auch sie nicht an.

There's a new man in town: Major Man, an impossibly perfect superhero who cuts in on the Girls' turf. Unfortunately, Major Man isn't as perfect as he is supposed to be as the girls soon discover, and come up with an idea to make Major Man reveal the fraud that he is in the midst of a monster attack.

Mojo Jojo kidnaps the Professor in a plot to steal the girls' powers when they arrive.

On a very hot and humid day Blossom discovers that she has ice powers.

Bubbles is tired of people dismissing her as more sugar than spice. When she sets out to prove she's hardcore, she takes everyone by surprise, even Mojo Jojo.

Mojo kidnaps the Mayor and the Powerpuff Girls rescue him, but when the Mayor tries to get the story out of them each Powerpuff Girl has their own version.

Bubbles saves a seemingly innocent little cat from the clutches of an evil villain, but when the Girls discover it's actually the Cat who is evil, they must save the Professor from becoming the "purr-fect" victim.

The Mayor creates a commotion in Townsville about being re-elected as Mayor again, but he wakes up Fuzzy Lumpkins who get's annoyed. The people like Fuzzy and vote him Mayor.

The Powerpuff Girls play baseball and the ball goes into Mojo's home. They ask him to look for the ball, but Mojo takes advantage of the situation and tries to destroy them.

A clown get's hit by a bleach truck and turns into an evil mime.

Mojo Jojo creates the ultimate weapons against the Powerpuff Girls. They're Brick, Boomer, and Butch: The Rowdyruff Boys, male equivalents. When regular fighting doesn't work against the Boys, the Girls have to use their feminine wiles to seal a victory.

Worried about the Girls' safety, the Professor creates Powerpuff Dynamo, a state-of-the-art giant robot, to help them in battle. When a dynamite duel breaks out between Dynamo and a Giant Fish Balloon Monster, a parody of Godzilla or Gamera, Little Tokyo, Townsville is the stage of an explosive battle.